Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Tcf25-205ENSMUST00000212470 2572 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Arid4b-204ENSMUST00000110536 5783 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Dnajb12-201ENSMUST00000020309 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Zgpat-201ENSMUST00000029105 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Mok-202ENSMUST00000070565 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Arhgef10l-203ENSMUST00000097820 4382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Rgl1-201ENSMUST00000027760 4572 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Galnt13-202ENSMUST00000112634 7639 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Eif2b1-201ENSMUST00000031334 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Nup188-205ENSMUST00000138666 534 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Ntpcr-205ENSMUST00000143504 520 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Gm15862-201ENSMUST00000146349 361 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Cebpzos-202ENSMUST00000180077 602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 1700086L19Rik-202ENSMUST00000185822 1028 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Atf5-203ENSMUST00000209072 595 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 CT009510.1-201ENSMUST00000227972 270 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Pds5b-208ENSMUST00000202170 6598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Tmed1-201ENSMUST00000034698 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Gpr3-202ENSMUST00000105911 2518 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Stx6-201ENSMUST00000027743 4589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Larp1b-205ENSMUST00000191805 1581 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Nectin2-201ENSMUST00000075447 2735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Podn-203ENSMUST00000106709 3170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Keap1-201ENSMUST00000049567 3172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Tpm2-202ENSMUST00000107913 2098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Rflnb-201ENSMUST00000021207 3512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Tyro3-201ENSMUST00000028763 3989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sf3b1Q99NB9 Ttll5-204ENSMUST00000110220 2655 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Pias3-201ENSMUST00000064900 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Med26-201ENSMUST00000058534 2997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Rell1-204ENSMUST00000154169 3241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Hagh-202ENSMUST00000118788 1191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Gm14268-201ENSMUST00000132465 682 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 AA543401-201ENSMUST00000164248 1269 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Skiv2l-ps1-201ENSMUST00000173935 658 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Gm25948-201ENSMUST00000175334 112 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 AC158982.1-201ENSMUST00000228377 901 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Ccdc172-201ENSMUST00000069419 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Fgf17-202ENSMUST00000227123 1336 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Sptbn4-203ENSMUST00000108363 4724 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Sptbn4-204ENSMUST00000108364 4740 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Dnase2a-201ENSMUST00000003910 1715 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Hr-201ENSMUST00000022691 5487 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
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Sf3b1Q99NB9 Agpat1-202ENSMUST00000114140 1941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Agpat1-208ENSMUST00000174595 1911 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Nes-201ENSMUST00000090973 6126 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Snx1-201ENSMUST00000034946 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Arl6ip1-201ENSMUST00000032888 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Lhx3-202ENSMUST00000054099 2184 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Trnt1-201ENSMUST00000057578 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Gm13074-201ENSMUST00000124848 2735 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Tfap2c-201ENSMUST00000030391 2838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Gtf3c4-204ENSMUST00000171404 7127 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Tmx4-201ENSMUST00000038228 5488 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Wbp4-201ENSMUST00000022601 3704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
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Sf3b1Q99NB9 Zfx-204ENSMUST00000113927 6933 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Tex19.2-201ENSMUST00000039146 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Gm5089-201ENSMUST00000081580 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Ddc-202ENSMUST00000109659 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Atf3-201ENSMUST00000027941 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Wfikkn1-201ENSMUST00000095487 1981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Akirin2-201ENSMUST00000084299 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Mef2b-205ENSMUST00000163756 1337 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
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Sf3b1Q99NB9 Nespas-202ENSMUST00000150276 1262 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 9130230N09Rik-201ENSMUST00000174568 663 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Slc12a5-208ENSMUST00000202479 1202 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Tssk3-201ENSMUST00000000421 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
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Sf3b1Q99NB9 Atad3aos-201ENSMUST00000067628 971 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Zfp553-201ENSMUST00000056232 3043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Taf10-203ENSMUST00000141116 4281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Casc3-201ENSMUST00000017384 3963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Klc4-201ENSMUST00000003642 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Dcdc2a-201ENSMUST00000036932 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Apmap-201ENSMUST00000046399 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Abhd3-203ENSMUST00000117828 1962 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Sigirr-201ENSMUST00000097958 1990 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Usp43-202ENSMUST00000108677 4447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Sybu-203ENSMUST00000110269 2920 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Col11a2-201ENSMUST00000087497 6048 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 9430015G10Rik-208ENSMUST00000169550 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 CT025626.1-201ENSMUST00000223735 1455 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Adamts14-201ENSMUST00000092486 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Rab3a-202ENSMUST00000110090 1375 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Pmpca-201ENSMUST00000076431 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Gm6018-201ENSMUST00000216090 1306 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Gm22065-201ENSMUST00000103753 110 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Gm22066-201ENSMUST00000103761 110 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Gm24932-201ENSMUST00000103763 110 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Gm24115-201ENSMUST00000103799 110 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Gm22190-201ENSMUST00000103827 110 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Gm22191-201ENSMUST00000103831 110 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Gm24721-201ENSMUST00000103849 110 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Gm28018-201ENSMUST00000103869 110 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Gm26399-201ENSMUST00000103937 110 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Mir449b-201ENSMUST00000104833 80 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
Sf3b1Q99NB9 Gm14057-201ENSMUST00000120631 482 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.6 ms