Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Gm9898-201ENSMUST00000065469 1161 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Nutf2-201ENSMUST00000008594 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Erich4-201ENSMUST00000098663 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Sik2-201ENSMUST00000041375 3552 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Selplg-201ENSMUST00000100874 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Ggnbp2-211ENSMUST00000168434 3056 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Jph4-202ENSMUST00000124493 3200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Cep57-201ENSMUST00000034398 2523 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Hhat-201ENSMUST00000044190 2839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Traf1P39428 C77080-201ENSMUST00000052602 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Dlx4os-201ENSMUST00000156477 1664 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Fbxo34-201ENSMUST00000043112 2937 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 St7l-211ENSMUST00000200132 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Rims3-201ENSMUST00000071093 6505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Srgn-204ENSMUST00000160987 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Rnf181-201ENSMUST00000069580 1434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Des-201ENSMUST00000027409 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Polr2i-202ENSMUST00000108192 508 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Rerg-203ENSMUST00000119610 890 ntTSL 3 BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 1810032O08Rik-206ENSMUST00000144049 966 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Olfr520-201ENSMUST00000098264 951 ntAPPRIS P1 BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Hist2h3b-201ENSMUST00000098843 488 ntAPPRIS P1 BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Pigb-207ENSMUST00000184389 2079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Tmem200c-201ENSMUST00000178545 3213 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Cxxc5-201ENSMUST00000060722 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Lck-202ENSMUST00000102596 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Zfp13-202ENSMUST00000115516 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Gps1-208ENSMUST00000208737 1843 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Rps6kl1-201ENSMUST00000019379 2304 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Mcm9-201ENSMUST00000075540 4882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Osr1-201ENSMUST00000057021 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Gcnt4-201ENSMUST00000171324 5087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Lrr1-201ENSMUST00000110621 1500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Cep55-203ENSMUST00000169673 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Srsf11-204ENSMUST00000121326 3106 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Irf7-201ENSMUST00000026571 1916 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Aaed1-207ENSMUST00000222570 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Yipf5-201ENSMUST00000025364 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
Traf1P39428 H2-K1-201ENSMUST00000025181 1605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Sgsm2-201ENSMUST00000057631 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Meig1-204ENSMUST00000115083 567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Gm37171-201ENSMUST00000192636 1185 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Gm43397-201ENSMUST00000196422 481 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Gm9945-201ENSMUST00000067523 932 ntAPPRIS P1 BASIC17.41■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Ifnz-201ENSMUST00000105144 1462 ntAPPRIS P1 BASIC17.41■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Adcy3-207ENSMUST00000152065 4728 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Klhl34-201ENSMUST00000087157 1935 ntAPPRIS P1 BASIC17.41■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Nes-203ENSMUST00000160694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Safb-201ENSMUST00000095224 3106 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Gm13332-201ENSMUST00000120451 1398 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 AC126250.1-201ENSMUST00000228343 1768 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Atf3-201ENSMUST00000027941 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Narfl-201ENSMUST00000002350 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Usp43-202ENSMUST00000108677 4447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Elavl3-203ENSMUST00000215901 3037 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Snx17-201ENSMUST00000031029 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Prr23a3-201ENSMUST00000167951 1817 ntAPPRIS P1 BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Slc5a5-201ENSMUST00000000809 2928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Gm12866-201ENSMUST00000128998 1671 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Fbxo44-202ENSMUST00000105705 1034 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Gm13365-201ENSMUST00000121188 973 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Arfgap1-213ENSMUST00000184394 1209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Nmur1-202ENSMUST00000212058 1287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Gm29909-201ENSMUST00000214500 922 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Hnrnpa1l2-ps2-201ENSMUST00000022493 963 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Sbk2-201ENSMUST00000032598 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Npb-201ENSMUST00000061309 418 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Jup-202ENSMUST00000107403 2386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Trpc3-201ENSMUST00000029271 3694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Smox-208ENSMUST00000110188 1991 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Rassf3-201ENSMUST00000026902 3522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Gm26728-202ENSMUST00000203423 1333 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Rabggta-205ENSMUST00000227061 2882 ntAPPRIS P1 BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Ddx39-202ENSMUST00000109810 1794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Stxbp6-201ENSMUST00000053768 4553 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Irf1-201ENSMUST00000019043 2069 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Pds5b-208ENSMUST00000202170 6598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.38
Traf1P39428 Map3k7-201ENSMUST00000037607 5773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Traf1P39428 Wnk1-202ENSMUST00000060043 10575 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Traf1P39428 Kif12-205ENSMUST00000156618 2258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Traf1P39428 Zfp688-201ENSMUST00000106300 1015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Traf1P39428 Il15ra-206ENSMUST00000114834 784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Traf1P39428 Gm20646-202ENSMUST00000199521 660 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Traf1P39428 Gm5312-201ENSMUST00000203728 547 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
Traf1P39428 Tspan32-211ENSMUST00000207211 1220 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Traf1P39428 Mlnr-ps-201ENSMUST00000208959 969 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
Traf1P39428 AC159635.2-201ENSMUST00000223092 817 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Traf1P39428 CT009510.1-201ENSMUST00000227972 270 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
Traf1P39428 Med20-201ENSMUST00000024778 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Traf1P39428 Cnot11-203ENSMUST00000161515 3482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Traf1P39428 Rhot1-203ENSMUST00000077451 3297 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Traf1P39428 Acvrl1-204ENSMUST00000120028 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Traf1P39428 Kit-204ENSMUST00000144270 5241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Traf1P39428 Cry1-201ENSMUST00000020227 3026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Traf1P39428 Dcaf17-201ENSMUST00000064141 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Traf1P39428 P4ha2-201ENSMUST00000019050 2230 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Traf1P39428 Nfya-206ENSMUST00000160319 1407 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Traf1P39428 Slc35f1-201ENSMUST00000105473 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Traf1P39428 Zyx-207ENSMUST00000203652 2605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Traf1P39428 Tal1-201ENSMUST00000030489 4213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.4 ms