Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Zswim7-201ENSMUST00000072916 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Cldn13-201ENSMUST00000008987 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Otud5-201ENSMUST00000033494 4259 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Tnfrsf1a-201ENSMUST00000032491 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Wac-201ENSMUST00000074919 3070 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Eif4h-201ENSMUST00000036125 2367 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Tango6-202ENSMUST00000211979 2722 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Zkscan17-202ENSMUST00000101150 3771 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 App-202ENSMUST00000226232 3120 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6583-201ENSMUST00000051117 2233 ntAPPRIS P1 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Pex11b-207ENSMUST00000165842 1562 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Pi4k2b-202ENSMUST00000031082 3034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Lmbr1-204ENSMUST00000198105 2274 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Itpripl1-201ENSMUST00000110386 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Zpbp2-201ENSMUST00000017339 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gldnos-201ENSMUST00000149237 841 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16137-201ENSMUST00000161571 664 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Pkig-209ENSMUST00000164399 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6473-201ENSMUST00000188572 1210 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37230-201ENSMUST00000194491 818 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Chrna3-202ENSMUST00000214204 2414 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 B3gnt5-202ENSMUST00000119468 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Rbfox2-204ENSMUST00000171751 3558 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Psmd8-202ENSMUST00000182328 1391 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Cachd1-201ENSMUST00000030257 5765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Tle2-213ENSMUST00000146358 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Rabggta-205ENSMUST00000227061 2882 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Mid1-206ENSMUST00000112107 3194 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Clnkos-201ENSMUST00000114080 439 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5566-201ENSMUST00000116118 459 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26839-201ENSMUST00000180686 842 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr286-202ENSMUST00000205305 969 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Bet1l-209ENSMUST00000211624 769 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5519-201ENSMUST00000042061 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Rhox9-201ENSMUST00000089062 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 2900055J20Rik-201ENSMUST00000096572 723 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Car10-205ENSMUST00000107861 2613 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Stat3-207ENSMUST00000138438 2506 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16011-201ENSMUST00000121567 2662 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Twf2-204ENSMUST00000188650 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Trim11-203ENSMUST00000108810 2301 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Cyb5r1-201ENSMUST00000027726 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Pigs-201ENSMUST00000048073 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnj14-201ENSMUST00000071937 2681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Vav1-204ENSMUST00000169220 2810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm24543-201ENSMUST00000103867 82 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl9-202ENSMUST00000118543 1193 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 D11Bhm181e-201ENSMUST00000122252 282 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Pcp2-202ENSMUST00000128566 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Mcfd2-202ENSMUST00000129616 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Kansl3-206ENSMUST00000187628 336 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45098-201ENSMUST00000207179 657 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Dupd1-202ENSMUST00000224735 548 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Vkorc1-201ENSMUST00000033074 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Dcdc2a-201ENSMUST00000036932 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Rph3al-202ENSMUST00000066504 988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Plcl2-201ENSMUST00000043938 4050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Atp6v0a1-203ENSMUST00000103110 2716 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8334-201ENSMUST00000112755 1662 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Ints8-203ENSMUST00000108319 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Ccdc88bQ4QRL3 Ttyh3-202ENSMUST00000197452 4576 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Cyb5r3-201ENSMUST00000018186 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem40-202ENSMUST00000112946 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Trak1-209ENSMUST00000210798 5363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Fgfr1op2-203ENSMUST00000067404 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Gfpt1-202ENSMUST00000113655 1255 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Mir8102-201ENSMUST00000184148 139 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Nradd-201ENSMUST00000035069 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Myl3-201ENSMUST00000079784 937 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Plk1-201ENSMUST00000033154 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Rgs9-201ENSMUST00000020920 2434 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb2-201ENSMUST00000100077 3086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Aen-201ENSMUST00000107421 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Rmdn1-201ENSMUST00000029888 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 H2afy2-201ENSMUST00000020283 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8749-201ENSMUST00000117737 331 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 4930417O22Rik-201ENSMUST00000123249 1184 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Pfdn5-205ENSMUST00000166658 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Shd-206ENSMUST00000225145 998 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Myl6b-201ENSMUST00000026428 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Pemt-201ENSMUST00000000310 953 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Tpm4-201ENSMUST00000003575 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Pdzd11-202ENSMUST00000059099 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Ptcd2-201ENSMUST00000022153 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnab2-202ENSMUST00000105648 1576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Patz1-205ENSMUST00000110043 3702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Asap2-203ENSMUST00000090834 5097 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Gale-201ENSMUST00000102540 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Lingo3-201ENSMUST00000053986 3439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Pde4a-201ENSMUST00000003395 2524 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Rpn2-201ENSMUST00000029171 2621 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Rgs20-203ENSMUST00000119256 883 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 1010001B22Rik-201ENSMUST00000181488 589 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26808-201ENSMUST00000181569 411 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Aif1-201ENSMUST00000025257 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Haus1-201ENSMUST00000048192 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Cenpm-201ENSMUST00000089155 1109 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Gm31774-201ENSMUST00000212910 1366 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Serhl-201ENSMUST00000078218 1371 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Ccdc88bQ4QRL3 Nucb1-201ENSMUST00000033096 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.9 ms