Protein–RNA interactions for Protein: Q8C9S8

Atg4a, Cysteine protease ATG4A, mousemouse

Predictions only

Length 396 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Atg4aQ8C9S8 Flywch1-202ENSMUST00000086325 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Whrn-207ENSMUST00000107393 4028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Gm5357-201ENSMUST00000212720 1924 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Whrn-203ENSMUST00000084510 4049 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Zswim4-201ENSMUST00000039480 4625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Nt5c-202ENSMUST00000106530 836 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Zfp125-202ENSMUST00000144811 704 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Krtap19-3-201ENSMUST00000075284 526 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Gm10313-201ENSMUST00000095320 1002 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Tspan32-204ENSMUST00000105923 1499 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Mtcl1-201ENSMUST00000086693 7221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Zmynd11-207ENSMUST00000110638 4003 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Camk2g-217ENSMUST00000226630 1937 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Fbxl8-201ENSMUST00000036221 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Zscan2-201ENSMUST00000044115 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Spatc1-201ENSMUST00000074173 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Gm8909-203ENSMUST00000173353 1428 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Pde1c-203ENSMUST00000164037 3068 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Bicd2-203ENSMUST00000110085 4588 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Mrpl58-203ENSMUST00000106539 2522 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Prex1-201ENSMUST00000036719 6533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Cyb5rl-204ENSMUST00000106760 840 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Gm14140-201ENSMUST00000119999 995 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Caly-202ENSMUST00000166758 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Ccer2-201ENSMUST00000178767 1054 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 St6galnac2-201ENSMUST00000079545 3643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Ccdc154-202ENSMUST00000182292 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Htr7-205ENSMUST00000166074 3079 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Tmem116-203ENSMUST00000094357 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Spock1-203ENSMUST00000185905 2794 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Fbxw2-205ENSMUST00000113078 1872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Gm28372-201ENSMUST00000188900 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Zfp36l2-201ENSMUST00000060366 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Htatip2-201ENSMUST00000085272 1418 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Bmt2-202ENSMUST00000203078 4462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Smad3-201ENSMUST00000034973 5090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Mfap2-203ENSMUST00000166376 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Cyhr1-204ENSMUST00000177359 1110 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 1700021A07Rik-203ENSMUST00000188024 404 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Tma7-203ENSMUST00000192801 386 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Gm44107-201ENSMUST00000203242 573 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Bex3-201ENSMUST00000053540 930 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Meaf6-201ENSMUST00000055213 872 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Tpm2-202ENSMUST00000107913 2098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Dcaf5-201ENSMUST00000054145 5706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Slc30a5-201ENSMUST00000067246 3179 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Plch2-212ENSMUST00000186598 2119 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Usp6nl-202ENSMUST00000114937 7484 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Idh3b-201ENSMUST00000028892 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Ube2d3-212ENSMUST00000197859 3833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Shisa7-201ENSMUST00000066041 6006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Pqbp1-202ENSMUST00000115654 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Aen-201ENSMUST00000107421 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Ube2j1-202ENSMUST00000124992 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Sesn1-202ENSMUST00000099931 3809 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Fam133b-201ENSMUST00000115527 1491 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Sh3glb1-202ENSMUST00000198254 5945 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Acvr2a-201ENSMUST00000063886 5686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Pald1-201ENSMUST00000020289 4282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Top3b-201ENSMUST00000023465 3073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Gnpda2-202ENSMUST00000120789 1594 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Gemin7-204ENSMUST00000122055 609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Rps27l-203ENSMUST00000127896 575 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Dusp3-205ENSMUST00000143177 391 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Hsf4-203ENSMUST00000172525 1276 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Rpl31-205ENSMUST00000194746 703 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Tamm41-201ENSMUST00000032461 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Pmm1-202ENSMUST00000071462 1059 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Simc1-202ENSMUST00000121401 4819 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Pprc1-203ENSMUST00000111899 5246 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Repin1-207ENSMUST00000163452 2959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Nup88-202ENSMUST00000108530 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Tgfb2-201ENSMUST00000045288 5116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Arhgef10l-206ENSMUST00000105799 4508 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Cdhr5-201ENSMUST00000080654 2133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Git2-204ENSMUST00000112185 5032 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Cep152-201ENSMUST00000089776 5768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Atg4aQ8C9S8 Atp8b1-201ENSMUST00000025482 6440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 Rrnad1-206ENSMUST00000160074 1620 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 2310011J03Rik-201ENSMUST00000020341 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 Tcf3-206ENSMUST00000105342 2928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 Lhx1os-201ENSMUST00000126072 589 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 Pcp2-205ENSMUST00000142431 524 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 4930570G19Rik-204ENSMUST00000149387 986 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 A830052D11Rik-201ENSMUST00000181729 1130 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 Timm13-204ENSMUST00000219896 542 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 Hgfac-201ENSMUST00000030985 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 Sf3b6-201ENSMUST00000046207 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 Mrpl34-201ENSMUST00000048914 607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 Ndufv3-202ENSMUST00000064798 485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 Mxra8os-201ENSMUST00000097740 687 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 Pacs1-201ENSMUST00000025786 4339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 Crocc-203ENSMUST00000102491 6582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 Gm5069-201ENSMUST00000050581 1328 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 Mtg2-201ENSMUST00000087563 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 Kif12-201ENSMUST00000030042 2250 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 Trnt1-201ENSMUST00000057578 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 Syne4-201ENSMUST00000054594 1355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 Klhl12-202ENSMUST00000112232 3220 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Atg4aQ8C9S8 Strn4-201ENSMUST00000019220 3535 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 37.7 ms