Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Rps2-ps2-201ENSMUST00000194305 881 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Rgcc-201ENSMUST00000022595 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Ube2s-201ENSMUST00000079496 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Trim32-201ENSMUST00000050850 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Noct-201ENSMUST00000023849 3059 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Mettl7a2-202ENSMUST00000176287 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Mettl7a2-201ENSMUST00000088142 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Wdr47-201ENSMUST00000051145 4222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Shroom3-202ENSMUST00000113054 6401 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Slc7a7-206ENSMUST00000197440 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Ap4b1-201ENSMUST00000047285 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 1600014C10Rik-205ENSMUST00000178876 3283 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 4933435F18Rik-202ENSMUST00000154878 2174 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Gm20546-201ENSMUST00000173141 1889 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Arpc1b-201ENSMUST00000085679 3105 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Fkbp4-201ENSMUST00000032508 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Prkcz2-201ENSMUST00000206136 1756 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Zdhhc6-209ENSMUST00000225495 1711 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Gapdh-202ENSMUST00000117757 1273 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Gm12441-201ENSMUST00000121806 588 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Vgll2-201ENSMUST00000058347 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Selenok-201ENSMUST00000112268 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Gm16029-201ENSMUST00000161643 2427 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Vwa2-201ENSMUST00000026068 4049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Gm9889-202ENSMUST00000206983 1577 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Slc4a5-202ENSMUST00000113899 5039 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Pom121l2-202ENSMUST00000117882 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Olfr56-201ENSMUST00000056759 1925 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Eif4g1-204ENSMUST00000115460 5638 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Ubb-201ENSMUST00000019649 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Vopp1-202ENSMUST00000127485 2908 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Tpm2-201ENSMUST00000030184 2175 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Hnrnpr-204ENSMUST00000131671 2543 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Iqce-202ENSMUST00000077890 2494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Hsph1-211ENSMUST00000202361 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Pitx3-201ENSMUST00000026259 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Syt13-201ENSMUST00000028648 3761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Arhgap4-204ENSMUST00000114406 2749 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Pcyox1l-201ENSMUST00000025472 2017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Hoga1-201ENSMUST00000081714 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Iqcd-202ENSMUST00000094391 1673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Lman2-201ENSMUST00000021940 4315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Psmd4-202ENSMUST00000107237 1332 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Mgll-205ENSMUST00000150180 1312 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Ptn-201ENSMUST00000101534 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Rasd1-201ENSMUST00000062405 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Ptp4a1-202ENSMUST00000076587 2851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Myh14-202ENSMUST00000107899 6390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Gm16764-202ENSMUST00000148931 433 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Snx12-204ENSMUST00000156473 1114 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Gm28626-201ENSMUST00000187004 520 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Gm37939-201ENSMUST00000192309 447 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 Tm2d1-201ENSMUST00000030292 952 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Rnf40Q3U319 H2-K1-205ENSMUST00000172912 1570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Mpp3-201ENSMUST00000062801 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Slc2a6-202ENSMUST00000102890 1887 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Zfp784-201ENSMUST00000062428 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Ctu2-201ENSMUST00000116412 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Mfrp-202ENSMUST00000161381 4254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Asprv1-201ENSMUST00000043400 1547 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Rnf180-203ENSMUST00000224662 2734 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Pias2-201ENSMUST00000114776 2089 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Ncbp2-201ENSMUST00000023460 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Crem-201ENSMUST00000025069 2931 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Carlr-201ENSMUST00000181515 2574 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Crhr2-203ENSMUST00000114374 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Mtfp1-201ENSMUST00000004868 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Csnk1d-201ENSMUST00000018274 3675 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Clstn1-202ENSMUST00000105691 4459 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 9330182L06Rik-201ENSMUST00000069538 4688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Serp1-201ENSMUST00000029385 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Cblb-204ENSMUST00000227062 3728 ntAPPRIS P2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 AC166574.6-201ENSMUST00000227889 1806 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 4930558J18Rik-201ENSMUST00000181949 2052 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Mrps28-201ENSMUST00000042148 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Clpb-202ENSMUST00000106998 2287 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Camk2b-209ENSMUST00000109813 4023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Camk2b-204ENSMUST00000090443 4004 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Pafah1b1-202ENSMUST00000102520 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Rnf123-201ENSMUST00000047746 4722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Rnf135-201ENSMUST00000017839 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 8030474K03Rik-202ENSMUST00000151231 1940 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Foxo3-203ENSMUST00000105502 6848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Pqlc1-204ENSMUST00000129043 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Cyp2d10-201ENSMUST00000072776 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 4930438A08Rik-201ENSMUST00000108834 2093 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Spdef-202ENSMUST00000114870 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Wdr31-203ENSMUST00000120095 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Siglecf-201ENSMUST00000012798 2510 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Cbln4-201ENSMUST00000087950 2902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Rasa4-202ENSMUST00000100570 2660 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Ap2a1-202ENSMUST00000107857 3301 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Parm1-201ENSMUST00000040576 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Slc10a3-202ENSMUST00000073067 1910 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Sema6d-208ENSMUST00000103241 6157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Mrps18a-202ENSMUST00000123646 621 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Smim22-201ENSMUST00000178155 429 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Gm44965-201ENSMUST00000204121 360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 Tomm20-202ENSMUST00000212771 458 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Rnf40Q3U319 D130020L05Rik-202ENSMUST00000220889 769 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 40.3 ms