Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Alms1-ps2-201ENSMUST00000160606 1170 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 9130230N09Rik-201ENSMUST00000174568 663 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 BC023719-201ENSMUST00000174728 978 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 2810013P06Rik-201ENSMUST00000186531 2137 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Hddc3-206ENSMUST00000206074 565 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Vsig2-204ENSMUST00000215271 891 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 1700018B24Rik-201ENSMUST00000036023 593 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Fam162a-201ENSMUST00000004057 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Ifng-201ENSMUST00000068592 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Dbx1-201ENSMUST00000032717 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Ttc13-203ENSMUST00000118134 3277 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Polr3d-202ENSMUST00000180358 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Chrna4-201ENSMUST00000067120 4565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Fam81a-201ENSMUST00000034749 3703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Cog8-201ENSMUST00000034391 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Tef-201ENSMUST00000023024 4079 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Tcf3-207ENSMUST00000105343 2920 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Rnf220-203ENSMUST00000102690 1842 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Spdef-201ENSMUST00000025054 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Kctd8-201ENSMUST00000054095 2859 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Isg20l2-201ENSMUST00000055984 2893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm13410-201ENSMUST00000117058 1415 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Tgfb1i1-207ENSMUST00000167965 1746 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Brap-201ENSMUST00000031414 3744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Ttl-201ENSMUST00000035812 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm11453-201ENSMUST00000117318 1007 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Tm7sf2-209ENSMUST00000161528 732 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm45711-202ENSMUST00000164175 979 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Kansl3-206ENSMUST00000187628 336 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm37277-201ENSMUST00000194052 1111 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 AC159635.2-201ENSMUST00000223092 817 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 AC158538.2-201ENSMUST00000225455 906 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Tst-201ENSMUST00000058659 1096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gtf3c4-204ENSMUST00000171404 7127 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Zfp142-201ENSMUST00000027315 6480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 B4galt7-201ENSMUST00000064701 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Snrk-201ENSMUST00000118886 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gata5-201ENSMUST00000015771 3277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Fhl1-201ENSMUST00000023854 2356 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Nfkbid-202ENSMUST00000108175 2000 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm29361-201ENSMUST00000183323 2000 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Cd151-203ENSMUST00000177840 1708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Wnt8b-201ENSMUST00000041163 3376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Ret-202ENSMUST00000088790 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Cacna1h-202ENSMUST00000159048 8174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm26755-201ENSMUST00000180703 2657 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Trim7-202ENSMUST00000109213 2356 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Rundc3b-201ENSMUST00000047485 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Pqlc1-205ENSMUST00000131780 2080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm20412-201ENSMUST00000173249 633 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 4930478K11Rik-201ENSMUST00000181875 715 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 2410004P03Rik-203ENSMUST00000190691 953 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gtpbp10-211ENSMUST00000198799 648 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Lce1d-201ENSMUST00000029524 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Apobec2-201ENSMUST00000046549 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Zfand6-208ENSMUST00000209117 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Syt3-202ENSMUST00000118962 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 BC024978-204ENSMUST00000179391 1748 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Tmem229b-201ENSMUST00000056660 3860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Tox2-201ENSMUST00000099110 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Prmt1-203ENSMUST00000207370 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Zdhhc15-201ENSMUST00000042070 5509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Bpifb3-201ENSMUST00000088950 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Sucla2-203ENSMUST00000160507 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Wac-215ENSMUST00000171042 2205 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Tmem119-201ENSMUST00000067853 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm3054-201ENSMUST00000111075 265 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Kbtbd2-202ENSMUST00000114323 3816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm12008-201ENSMUST00000117791 755 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm16198-201ENSMUST00000118766 670 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 1700060J05Rik-201ENSMUST00000138377 1060 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Crem-221ENSMUST00000142690 1256 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm27618-201ENSMUST00000183671 60 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Mir8102-201ENSMUST00000184148 139 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 1700028E10Rik-205ENSMUST00000202024 924 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 1700016B15Rik-201ENSMUST00000209027 733 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm45785-201ENSMUST00000209690 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Ccdc182-201ENSMUST00000037268 1204 ntAPPRIS P1 BASIC16.77■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Psrc1-201ENSMUST00000090561 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Naprt-201ENSMUST00000023237 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Ehmt2-202ENSMUST00000078061 3746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Slc8b1-202ENSMUST00000076051 2661 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 App-203ENSMUST00000226801 3299 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Lmnb2-202ENSMUST00000105332 1643 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 C130074G19Rik-201ENSMUST00000048308 3035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Rsrc1-205ENSMUST00000161726 3213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Kank1-201ENSMUST00000049400 5637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Dmpk-203ENSMUST00000108474 2591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Gm45723-201ENSMUST00000212135 1783 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Pex11b-207ENSMUST00000165842 1562 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Commd10-201ENSMUST00000049388 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 0610010F05Rik-203ENSMUST00000109532 4106 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Mief2-201ENSMUST00000018743 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Mfge8-201ENSMUST00000032825 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Kif21a-204ENSMUST00000109287 6124 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Kif21a-205ENSMUST00000109288 6142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Insig1-201ENSMUST00000059155 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Endov-203ENSMUST00000106245 5126 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Trpv4-203ENSMUST00000112219 2295 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
Col6a1Q04857 Vmn1r17-204ENSMUST00000228294 2084 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.1 ms