Protein–RNA interactions for Protein: Q8CEG5

Ccdc28b, Coiled-coil domain-containing protein 28B, mousemouse

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc28bQ8CEG5 Map6-204ENSMUST00000127492 4920 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ccdc28bQ8CEG5 Mtfr2-201ENSMUST00000169712 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ccdc28bQ8CEG5 Chuk-201ENSMUST00000026217 3502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ccdc28bQ8CEG5 Denr-201ENSMUST00000023869 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ccdc28bQ8CEG5 Gm38042-201ENSMUST00000191614 5208 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Ccdc28bQ8CEG5 Capn12-201ENSMUST00000066880 3040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ccdc28bQ8CEG5 Aqp3-201ENSMUST00000055327 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Ccdc28bQ8CEG5 Arpin-201ENSMUST00000048731 2277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Trp53rkb-203ENSMUST00000151826 4426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Cacng2-201ENSMUST00000019290 5510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Cep63-201ENSMUST00000093791 2696 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Gss-201ENSMUST00000079691 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 2210408F21Rik-204ENSMUST00000136571 478 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Psmd13-209ENSMUST00000164681 726 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Gm29257-201ENSMUST00000186115 639 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Gm9987-201ENSMUST00000069768 567 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Odf1-201ENSMUST00000081966 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Wdr33-202ENSMUST00000082319 1152 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Pih1d1-201ENSMUST00000085375 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Nupl1-207ENSMUST00000225311 2475 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Kdm7a-201ENSMUST00000002305 9566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Cd72-202ENSMUST00000098104 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Tpgs2-202ENSMUST00000148255 3424 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Cpsf6-206ENSMUST00000176670 2227 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 H2-DMb1-201ENSMUST00000114232 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Ube2d1-201ENSMUST00000020085 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Fam109b-201ENSMUST00000050349 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Nop53-201ENSMUST00000044158 3176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Dnm1l-203ENSMUST00000115749 4068 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Dnm1l-202ENSMUST00000096229 4056 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Upf1-202ENSMUST00000215817 4518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Wwox-202ENSMUST00000109107 2383 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Rasal3-204ENSMUST00000135618 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Acot6-201ENSMUST00000056822 3388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Hps1-204ENSMUST00000160455 2952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Nrcam-202ENSMUST00000110748 6275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Itgav-202ENSMUST00000111740 6788 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Dpysl3-204ENSMUST00000121805 5484 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Nt5c2-203ENSMUST00000172239 3148 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Ncs1-201ENSMUST00000000199 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Acbd5-206ENSMUST00000155602 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Pld3-201ENSMUST00000117095 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Pld3-202ENSMUST00000117611 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 1700024G13Rik-201ENSMUST00000100723 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Gm23547-201ENSMUST00000158210 271 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Gm2479-201ENSMUST00000173312 1053 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Has3-202ENSMUST00000175987 1154 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Gm7889-201ENSMUST00000185591 958 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Gm30437-201ENSMUST00000206086 1201 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 6530437J22Rik-201ENSMUST00000207515 773 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 1700016B15Rik-201ENSMUST00000209027 733 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Fkbp3-201ENSMUST00000021332 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 AC156576.2-201ENSMUST00000222752 503 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Ppp1r27-201ENSMUST00000026121 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Akip1-201ENSMUST00000033335 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Rpl39l-201ENSMUST00000044103 805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Ppt1-202ENSMUST00000097902 1191 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Sirt2-201ENSMUST00000072965 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Tmem108-204ENSMUST00000189588 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Mfsd1-201ENSMUST00000029344 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Lrp8os2-204ENSMUST00000188737 3078 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Kcnma1-214ENSMUST00000190044 3747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Pxylp1-204ENSMUST00000120101 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Iqcm-201ENSMUST00000034033 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Brix1-201ENSMUST00000022855 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Rnf180-203ENSMUST00000224662 2734 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 4930481A15Rik-201ENSMUST00000128542 2106 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Mapt-203ENSMUST00000106989 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Cux1-212ENSMUST00000176778 5520 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Irx3os-201ENSMUST00000062522 2988 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Slc25a32-201ENSMUST00000022908 5905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Gm10605-202ENSMUST00000183019 3198 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Fars2-208ENSMUST00000224611 1750 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Hoxa3-201ENSMUST00000114434 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Ppp2r2c-201ENSMUST00000031003 4088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Prkcz-201ENSMUST00000030922 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Atp13a3-201ENSMUST00000061350 7220 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Phactr3-203ENSMUST00000108915 2694 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Phactr3-204ENSMUST00000108916 2656 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Acvrl1-204ENSMUST00000120028 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Fbxo27-202ENSMUST00000108280 2031 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Nov-201ENSMUST00000050027 2869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Gm11860-201ENSMUST00000122346 1010 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Gm40977-203ENSMUST00000222324 886 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Grcc10-201ENSMUST00000004389 863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Olfr279-201ENSMUST00000050451 933 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Caprin2-201ENSMUST00000072324 2952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 C530025M09Rik-201ENSMUST00000099264 690 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Mfsd3-201ENSMUST00000019224 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Map4-201ENSMUST00000035055 6091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Slc33a1-203ENSMUST00000161659 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Gm13337-201ENSMUST00000119183 1594 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Sh2b3-204ENSMUST00000122426 2777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Tmem2-201ENSMUST00000025663 6585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Eif4g1-203ENSMUST00000115457 5440 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Lrrc14-210ENSMUST00000155735 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Cacna1b-201ENSMUST00000041342 6984 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Tsc2-205ENSMUST00000226398 5459 ntAPPRIS P2 BASIC15.05■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Sept12-201ENSMUST00000170323 2576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Ccdc28bQ8CEG5 Syn2-201ENSMUST00000009538 2708 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.2 ms