Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Kdm4b-202ENSMUST00000086835 4360 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Chtf18-201ENSMUST00000048054 3214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 B4galt3-202ENSMUST00000111313 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Ebag9-202ENSMUST00000226165 1931 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Nlrx1-203ENSMUST00000169651 3621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Tap1-206ENSMUST00000170086 2953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Uvrag-201ENSMUST00000037968 5157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Gpr142-202ENSMUST00000106584 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Oaz2-204ENSMUST00000136166 700 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Gm27459-201ENSMUST00000184860 107 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
Usp4P35123 1700016B15Rik-201ENSMUST00000209027 733 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Gpr142-201ENSMUST00000045319 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Olfr571-201ENSMUST00000061738 969 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Cebpzos-201ENSMUST00000063817 753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Sult2b1-201ENSMUST00000075571 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Csdc2-201ENSMUST00000038757 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Foxl1-201ENSMUST00000181609 2705 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Ints10-203ENSMUST00000110241 2322 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Tle1-202ENSMUST00000072695 3644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Fam189b-203ENSMUST00000119707 2415 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Hgfac-201ENSMUST00000030985 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Ubb-201ENSMUST00000019649 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Dnaja3-201ENSMUST00000060067 2648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Nupr1l-201ENSMUST00000178355 1827 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Wbscr25-202ENSMUST00000148729 2075 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Plekha8-202ENSMUST00000119706 6739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Gm5478-201ENSMUST00000100184 2566 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Mier2-201ENSMUST00000062855 2562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 AC167013.2-201ENSMUST00000228520 2684 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Qsox1-207ENSMUST00000194632 2433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Agpat1-208ENSMUST00000174595 1911 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Sf3b4-201ENSMUST00000076372 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Fgf17-201ENSMUST00000022697 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Fam219b-201ENSMUST00000093833 3001 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Mkrn3-201ENSMUST00000094340 2547 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Tom1l2-205ENSMUST00000102682 2256 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Rragb-201ENSMUST00000039720 2258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Gm37297-201ENSMUST00000192974 2384 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Ctsg-201ENSMUST00000015583 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Apopt1-204ENSMUST00000163220 671 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Gm5864-201ENSMUST00000202263 970 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 AC153889.1-201ENSMUST00000219257 330 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 AC125350.1-201ENSMUST00000225115 903 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Ddx49-201ENSMUST00000008004 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Tor1aip2-205ENSMUST00000111757 6118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Ablim2-205ENSMUST00000114205 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Denr-201ENSMUST00000023869 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Dkk1-201ENSMUST00000025803 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Pacs2-201ENSMUST00000084891 5480 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Pcdha7-201ENSMUST00000192631 5337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Nde1-201ENSMUST00000023359 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Pim1-201ENSMUST00000024811 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Il11ra1-201ENSMUST00000098132 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Cpsf6-206ENSMUST00000176670 2227 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Midn-202ENSMUST00000099492 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Gm4756-202ENSMUST00000208039 2344 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Casc4-204ENSMUST00000110586 4032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Pex1-202ENSMUST00000121291 4555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Sf1-204ENSMUST00000113489 2863 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Nes-203ENSMUST00000160694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 2210408F21Rik-212ENSMUST00000152157 490 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Gm43514-201ENSMUST00000198852 424 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Shisa5-218ENSMUST00000200515 1005 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Gm6443-201ENSMUST00000203599 874 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 4931422A03Rik-201ENSMUST00000056170 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Ppt1-202ENSMUST00000097902 1191 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Bnipl-202ENSMUST00000107195 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Nupl2-201ENSMUST00000049887 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Dab2ip-202ENSMUST00000091010 6455 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Prrg4-201ENSMUST00000028593 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Gyg-203ENSMUST00000178328 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Lrp11-201ENSMUST00000019931 3386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Frmd5-207ENSMUST00000138157 4230 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Gm14780-201ENSMUST00000118387 2737 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Wwp2-205ENSMUST00000212543 1996 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Ccdc158-203ENSMUST00000150359 3353 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Fam160b1-201ENSMUST00000036407 5630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Papd5-202ENSMUST00000118952 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Fam169b-202ENSMUST00000125685 2821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Sybu-203ENSMUST00000110269 2920 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Msl2-201ENSMUST00000085177 4889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Cacna2d2-202ENSMUST00000085092 5183 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Uqcc2-203ENSMUST00000119227 452 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Pafah1b3-207ENSMUST00000155118 679 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Gm26871-202ENSMUST00000180774 695 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Gm40457-201ENSMUST00000205319 1174 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Gm40977-203ENSMUST00000222324 886 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Prm2-201ENSMUST00000037996 621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Zbtb14-203ENSMUST00000112676 3909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Atg9a-208ENSMUST00000189702 4110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Sirt5-203ENSMUST00000220576 1579 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Cct6b-202ENSMUST00000100722 1871 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Slc33a1-202ENSMUST00000160883 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Rexo4-202ENSMUST00000114020 2278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Irf8-205ENSMUST00000162001 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Rfx5-207ENSMUST00000137088 4333 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Slc18b1-206ENSMUST00000179321 2843 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Cadm3-202ENSMUST00000111220 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Usp4P35123 Gm2061-201ENSMUST00000180623 2761 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Usp4P35123 AI849053-201ENSMUST00000181021 2658 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.8 ms