Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Rhbg-201ENSMUST00000171887 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Igf2-203ENSMUST00000105935 650 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Gm15920-201ENSMUST00000118998 402 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Bnipl-204ENSMUST00000137250 1251 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 A530058N18Rik-205ENSMUST00000143993 550 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Psmg3-202ENSMUST00000182602 733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Gm20646-202ENSMUST00000199521 660 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Gm30684-201ENSMUST00000205632 600 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Lce1f-201ENSMUST00000047153 728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Sfxn5-202ENSMUST00000059034 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Gm9898-201ENSMUST00000065469 1161 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Hist1h2ac-201ENSMUST00000171127 2482 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Taf5l-202ENSMUST00000165628 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Zfp36l3-201ENSMUST00000071711 2347 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Chst3-203ENSMUST00000167915 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 AL691505.1-201ENSMUST00000219965 1618 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Gm1043-204ENSMUST00000207866 4296 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Ddx49-201ENSMUST00000008004 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Kank1-201ENSMUST00000049400 5637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Lrig2-207ENSMUST00000199070 5991 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Lefty2-201ENSMUST00000085797 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Ifnz-201ENSMUST00000105144 1462 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Fam133b-205ENSMUST00000197082 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 AC163637.1-201ENSMUST00000215491 1894 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Bnip2-202ENSMUST00000085393 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Etnk2-203ENSMUST00000135222 2297 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Dpagt1-201ENSMUST00000054708 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Pex5l-206ENSMUST00000108226 2632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Gm26761-201ENSMUST00000180650 2192 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Agrn-206ENSMUST00000180572 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Hook2-201ENSMUST00000064495 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Cachd1-202ENSMUST00000097955 4277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Gm10244-202ENSMUST00000156905 474 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Arfgap1-213ENSMUST00000184394 1209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 5430405H02Rik-203ENSMUST00000185402 904 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Ftl1-ps1-202ENSMUST00000222435 938 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Sh2b1-201ENSMUST00000032978 3393 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Git2-204ENSMUST00000112185 5032 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Stard7-201ENSMUST00000110374 1530 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 5730480H06Rik-205ENSMUST00000196950 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Prr23a3-201ENSMUST00000167951 1817 ntAPPRIS P1 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Hsd17b7-202ENSMUST00000111353 1446 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Paqr9-201ENSMUST00000079597 8367 ntAPPRIS P1 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Cnot10-206ENSMUST00000216785 1723 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Rmdn1-201ENSMUST00000029888 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Ssfa2-201ENSMUST00000111784 4999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Gata5-201ENSMUST00000015771 3277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Hectd3-201ENSMUST00000050067 4583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Ccdc166-201ENSMUST00000182172 2584 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Tbc1d2-202ENSMUST00000107750 1941 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Khdc1c-201ENSMUST00000070223 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Dnajc8-206ENSMUST00000105940 772 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Hoxa13-202ENSMUST00000114416 769 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Bcl2l2-204ENSMUST00000172844 498 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Hddc3-206ENSMUST00000206074 565 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Rnaseh2a-201ENSMUST00000065049 1006 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Pard6a-202ENSMUST00000098444 1273 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Camk2d-221ENSMUST00000171289 2217 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Ube2l6-201ENSMUST00000102642 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Gm7901-201ENSMUST00000120430 1597 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Fam133b-201ENSMUST00000115527 1491 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Por-202ENSMUST00000122113 2606 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Wscd2-201ENSMUST00000094452 4302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Gm13410-201ENSMUST00000117058 1415 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Terf1-203ENSMUST00000188371 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Ddx51-201ENSMUST00000031478 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Pde1c-203ENSMUST00000164037 3068 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 A330040F15Rik-202ENSMUST00000224046 1918 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Cpne6-203ENSMUST00000165262 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Gramd4-204ENSMUST00000138134 4292 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Ltbp1-201ENSMUST00000001927 6671 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Wee1-201ENSMUST00000033326 3419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Gfm2-211ENSMUST00000161913 1829 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Meig1-204ENSMUST00000115083 567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 1700108N11Rik-201ENSMUST00000153051 917 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Rabep1-208ENSMUST00000179114 1264 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Rac3-201ENSMUST00000018156 1076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Gm10576-201ENSMUST00000191927 825 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Npb-201ENSMUST00000061309 418 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Ralb-201ENSMUST00000004565 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Zfp358-203ENSMUST00000208423 2200 ntAPPRIS P1 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Zfp281-202ENSMUST00000112046 4937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Ubr3-201ENSMUST00000055758 8072 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Asic4-202ENSMUST00000113577 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.18
Sf3b1Q99NB9 Kctd20-208ENSMUST00000168507 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sf3b1Q99NB9 Camsap3-201ENSMUST00000057028 4450 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sf3b1Q99NB9 Mbd6-201ENSMUST00000026476 4165 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sf3b1Q99NB9 Shisa7-201ENSMUST00000066041 6006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sf3b1Q99NB9 Chuk-202ENSMUST00000119591 3481 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sf3b1Q99NB9 Pip4k2a-201ENSMUST00000006912 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sf3b1Q99NB9 Rhcg-201ENSMUST00000032766 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sf3b1Q99NB9 Men1-201ENSMUST00000056391 2975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sf3b1Q99NB9 Rnf103-202ENSMUST00000114178 3431 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sf3b1Q99NB9 Ewsr1-202ENSMUST00000073308 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sf3b1Q99NB9 Cfap97-202ENSMUST00000110376 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sf3b1Q99NB9 Hsd17b4-201ENSMUST00000025385 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sf3b1Q99NB9 1500011B03Rik-202ENSMUST00000112160 1333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sf3b1Q99NB9 4931440P22Rik-202ENSMUST00000147424 2430 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sf3b1Q99NB9 Prmt6-203ENSMUST00000190378 3051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Sf3b1Q99NB9 Acap3-202ENSMUST00000105584 4365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 42.5 ms