Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 BC026585-201ENSMUST00000046743 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 A830012C17Rik-201ENSMUST00000131498 1665 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Slc22a3-201ENSMUST00000024595 3501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Il9r-202ENSMUST00000128311 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Spdya-204ENSMUST00000167641 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Traf5-201ENSMUST00000085573 1964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Tom1l2-205ENSMUST00000102682 2256 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Sncaip-205ENSMUST00000178011 3433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Endou-202ENSMUST00000100249 2405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Pacsin2-203ENSMUST00000171436 3693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Mkl2-203ENSMUST00000115809 667 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Snu13-203ENSMUST00000166578 1061 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Erdr1-204ENSMUST00000179483 688 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Lsamp-207ENSMUST00000189229 637 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Lsamp-210ENSMUST00000191610 1297 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 1700028E10Rik-205ENSMUST00000202024 924 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Tpi-rs5-201ENSMUST00000216947 774 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Nt5dc2-201ENSMUST00000090212 1407 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Dclk1-211ENSMUST00000199169 1499 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 4921539H07Rik-202ENSMUST00000200072 1665 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Wnt8b-201ENSMUST00000041163 3376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Foxp4-204ENSMUST00000113265 3999 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Pcbp3-201ENSMUST00000001148 2013 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Stx7-201ENSMUST00000020174 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Tatdn2-205ENSMUST00000204753 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Fgfr2-215ENSMUST00000122054 3323 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15201-201ENSMUST00000136472 1210 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Pou2f3-202ENSMUST00000176636 2522 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38225-201ENSMUST00000194001 393 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 4930408O17Rik-202ENSMUST00000222624 1131 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Dpp7-201ENSMUST00000028332 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Cfd-201ENSMUST00000061653 922 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl10-ps2-201ENSMUST00000098432 645 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Wnt4-201ENSMUST00000045747 4194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Sh2b3-204ENSMUST00000122426 2777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp691-201ENSMUST00000052715 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Fut7-203ENSMUST00000114278 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Fut7-201ENSMUST00000041654 1970 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gal3st1-203ENSMUST00000109981 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc90b-201ENSMUST00000032842 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp4-201ENSMUST00000033930 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Aifm2-202ENSMUST00000080099 1329 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26935-201ENSMUST00000182686 519 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27306-201ENSMUST00000183970 107 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Panct2-202ENSMUST00000188631 625 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxd12-201ENSMUST00000001878 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 P4ha2-202ENSMUST00000093107 2263 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Zcchc2-202ENSMUST00000119166 6368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Aim2-204ENSMUST00000166137 2079 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3373-202ENSMUST00000177556 1955 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3500-201ENSMUST00000177986 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Elf3-202ENSMUST00000185752 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gk5-201ENSMUST00000085217 2815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gps1-202ENSMUST00000116305 1827 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Fa2h-201ENSMUST00000038475 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Agbl5-202ENSMUST00000114700 3296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Vps53-204ENSMUST00000129256 650 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl4-201ENSMUST00000003386 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11937-201ENSMUST00000076478 396 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Kdelc2-201ENSMUST00000037853 3642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Lamp2-201ENSMUST00000016678 1769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 8430429K09Rik-204ENSMUST00000146456 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Rrnad1-206ENSMUST00000160074 1620 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Zfand6-208ENSMUST00000209117 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Chst8-204ENSMUST00000205259 1980 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Rcn3-201ENSMUST00000019683 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Rogdi-201ENSMUST00000023191 1431 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Phospho2-201ENSMUST00000028494 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Anks6-201ENSMUST00000084616 3552 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Fam171a1-203ENSMUST00000091505 3449 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Mtif3-203ENSMUST00000110564 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Mtif3-204ENSMUST00000110566 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Pam16-201ENSMUST00000014445 596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15939-201ENSMUST00000160756 2147 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27430-201ENSMUST00000184585 107 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Ighv8-7-201ENSMUST00000194349 297 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44333-201ENSMUST00000197168 107 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Lce1d-201ENSMUST00000029524 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Dkkl1-201ENSMUST00000033057 1149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Cradd-201ENSMUST00000053594 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Nap1l4-201ENSMUST00000072727 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Senp7-211ENSMUST00000202000 3218 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp637-202ENSMUST00000112859 421 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Lcn6-202ENSMUST00000114197 635 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Haghl-203ENSMUST00000133071 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 AC153527.1-201ENSMUST00000220412 602 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6566-201ENSMUST00000221468 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Cartpt-201ENSMUST00000022150 827 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Cartpt-202ENSMUST00000224142 1238 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Mesp1-201ENSMUST00000032760 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26688-201ENSMUST00000181176 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Hist3h2a-201ENSMUST00000108817 2146 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 E230016M11Rik-201ENSMUST00000130657 1764 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 AC164565.1-201ENSMUST00000217520 1484 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Mmp15-201ENSMUST00000034243 5135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Med7-203ENSMUST00000109232 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13823-201ENSMUST00000119930 345 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gm36536-201ENSMUST00000194241 959 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gm34964-201ENSMUST00000207398 417 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 Gmppa-201ENSMUST00000037796 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.2 ms