Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Gdpd2-202ENSMUST00000113744 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Dlgap3-202ENSMUST00000106092 2901 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Pcsk6-201ENSMUST00000055576 4405 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Zfp821-203ENSMUST00000212000 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Gm10564-201ENSMUST00000097750 3113 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Rmdn1-201ENSMUST00000029888 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Ankrd50-202ENSMUST00000120875 4945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Ifngr1-201ENSMUST00000020188 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Tpm4-201ENSMUST00000003575 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Golt1a-201ENSMUST00000094557 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Ntng1-203ENSMUST00000106570 1386 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Pde4d-208ENSMUST00000120671 2455 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Rabepk-202ENSMUST00000113086 1106 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Btf3-204ENSMUST00000134542 780 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Traf1P39428 AC151286.1-201ENSMUST00000198489 145 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Higd1a-206ENSMUST00000215300 605 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Ifitm10-201ENSMUST00000059223 3412 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Trim39-203ENSMUST00000113706 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Large2-201ENSMUST00000068586 2445 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Mef2b-203ENSMUST00000110143 1312 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Traf1P39428 AC119177.1-201ENSMUST00000227647 1332 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Fuz-213ENSMUST00000209039 1453 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Fam103a1-201ENSMUST00000042166 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Fam222b-202ENSMUST00000100782 2473 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Chuk-202ENSMUST00000119591 3481 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Rnps1-203ENSMUST00000163717 1920 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Gm12689-201ENSMUST00000094955 1359 ntAPPRIS P1 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Tcf3-209ENSMUST00000105345 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Pmpca-201ENSMUST00000076431 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Fzd10-201ENSMUST00000117102 3250 ntAPPRIS P1 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 9930021J03Rik-204ENSMUST00000177155 6632 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Brap-201ENSMUST00000031414 3744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Gtdc1-202ENSMUST00000100127 2422 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Rabep1-201ENSMUST00000076270 5408 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Commd5-202ENSMUST00000109793 920 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Tmx4-203ENSMUST00000110120 2602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 H2af-ps-201ENSMUST00000119066 295 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Cfap69-205ENSMUST00000135252 2188 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Grip1os3-202ENSMUST00000146294 957 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Rell1-204ENSMUST00000154169 3241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 B230217C12Rik-203ENSMUST00000164364 1859 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Ndufa1-201ENSMUST00000016571 419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Gm27301-201ENSMUST00000184012 127 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Cox7a2l-201ENSMUST00000025095 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Reep4-201ENSMUST00000047218 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Tspo-201ENSMUST00000047419 837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Vill-207ENSMUST00000141185 1645 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Ubp1-206ENSMUST00000216558 1623 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Kri1-201ENSMUST00000038671 2598 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Kctd20-208ENSMUST00000168507 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Cdcp1-201ENSMUST00000039229 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Zkscan3-203ENSMUST00000116434 2600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Capn1-201ENSMUST00000025891 3100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Pccb-201ENSMUST00000035116 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Bnip2-202ENSMUST00000085393 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Gjb1-202ENSMUST00000119080 1513 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 4933435F18Rik-202ENSMUST00000154878 2174 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Zbtb11-201ENSMUST00000050248 4920 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Ret-202ENSMUST00000088790 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Rasgef1b-206ENSMUST00000161516 2523 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Rnf14-203ENSMUST00000171461 3351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Fam81a-201ENSMUST00000034749 3703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Anxa3-201ENSMUST00000031447 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Lypd1-201ENSMUST00000027582 1447 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Arid3c-201ENSMUST00000084698 1417 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Usf2-202ENSMUST00000108119 849 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Etfrf1-204ENSMUST00000111723 842 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Fam241b-208ENSMUST00000142796 1135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Rbmx-206ENSMUST00000143310 1296 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Ighv1-15-201ENSMUST00000192077 351 ntAPPRIS P1 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Epc1-202ENSMUST00000050542 565 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Ubqln4-201ENSMUST00000008748 3330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Myb-203ENSMUST00000188495 3693 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Trpc1-204ENSMUST00000189137 4559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Tpm3-202ENSMUST00000118566 2190 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Ubr2-202ENSMUST00000113337 7633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Snn-201ENSMUST00000089011 2902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Pdlim1-201ENSMUST00000068439 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Arhgef2-202ENSMUST00000107510 4390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Chrna4-201ENSMUST00000067120 4565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Mrps2-201ENSMUST00000038600 2080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Emilin3-202ENSMUST00000109454 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Rnf145-201ENSMUST00000019333 3570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Ror1-201ENSMUST00000039630 5762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Dnase1l2-201ENSMUST00000088506 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Gm5648-201ENSMUST00000122244 1587 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Sdc1-205ENSMUST00000171158 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Ddit4l-201ENSMUST00000053855 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Gm26840-201ENSMUST00000180784 2980 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Fyn-201ENSMUST00000063091 3562 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Asphd1-202ENSMUST00000106339 518 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Rasd2-201ENSMUST00000132133 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Gm26308-201ENSMUST00000157768 69 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Gm44492-201ENSMUST00000197012 141 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Gm18246-201ENSMUST00000221023 728 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
Traf1P39428 1700080E11Rik-201ENSMUST00000035180 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Prss48-201ENSMUST00000061343 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Ndufb6-201ENSMUST00000095128 659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Nes-201ENSMUST00000090973 6126 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Traf1P39428 Gm16279-201ENSMUST00000149452 2945 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.9 ms