Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Trim33-201ENSMUST00000029444 8875 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Tead2-203ENSMUST00000107801 3396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Crhr2-209ENSMUST00000213026 1443 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Abhd11-202ENSMUST00000111216 972 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp125-202ENSMUST00000144811 704 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 1700128F08Rik-202ENSMUST00000213708 717 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Klk5-201ENSMUST00000048444 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Cndp2-202ENSMUST00000168419 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Tlk2-204ENSMUST00000106941 3699 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Ablim2-202ENSMUST00000101280 3042 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Nfic-207ENSMUST00000221817 1531 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Ppef2-201ENSMUST00000031359 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Dap3-201ENSMUST00000090938 4760 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Guf1-202ENSMUST00000087228 3433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Uros-203ENSMUST00000106145 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Lcn5-202ENSMUST00000100312 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Ncr3-ps-201ENSMUST00000134687 525 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18737-201ENSMUST00000173594 937 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9824-201ENSMUST00000178707 561 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43691-201ENSMUST00000196625 697 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Syce1l-201ENSMUST00000034219 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Syce1l-202ENSMUST00000095173 791 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Hspa1b-201ENSMUST00000172753 2803 ntAPPRIS P1 BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem199-201ENSMUST00000052566 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Prnd-202ENSMUST00000110170 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Elf2-212ENSMUST00000194641 5919 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd13b-201ENSMUST00000037593 3105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12428-201ENSMUST00000119844 727 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11543-201ENSMUST00000120758 370 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 AI413582-204ENSMUST00000154473 836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 4933437G19Rik-201ENSMUST00000197910 1178 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Hgfac-201ENSMUST00000030985 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Rab33a-201ENSMUST00000033430 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Trappc4-201ENSMUST00000034623 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Hes5-201ENSMUST00000049621 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Iqcf3-201ENSMUST00000062917 1131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Atad3aos-201ENSMUST00000067628 971 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Med16-201ENSMUST00000105378 3197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Slc37a4-203ENSMUST00000213388 2344 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 A830009L08Rik-201ENSMUST00000181054 2807 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Syt9-201ENSMUST00000073459 3817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Rbfox2-209ENSMUST00000228087 1694 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Cdc25a-201ENSMUST00000094324 3632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Cldn14-204ENSMUST00000169391 1456 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Ubap1-202ENSMUST00000108060 2514 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Arxes2-201ENSMUST00000058119 1532 ntAPPRIS P1 BASIC24.73■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18766-201ENSMUST00000189811 808 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Pspn-201ENSMUST00000002740 474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr45b-201ENSMUST00000026173 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Taf6-201ENSMUST00000048698 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Mfsd6-205ENSMUST00000156876 4932 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Cbfb-203ENSMUST00000109394 2487 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Fhad1-201ENSMUST00000036701 1366 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Sema6d-202ENSMUST00000076335 6276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Ero1l-201ENSMUST00000022378 4418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Prob1-201ENSMUST00000097619 3021 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Kat8-201ENSMUST00000033070 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 H60b-201ENSMUST00000105522 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Apip-201ENSMUST00000011055 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Nr2f1-202ENSMUST00000125176 841 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Mir99ahg-211ENSMUST00000183099 1189 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 B9d2-203ENSMUST00000205658 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Gm39228-201ENSMUST00000212456 301 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Smim8-201ENSMUST00000029972 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Esrrb-206ENSMUST00000167891 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 H1fnt-201ENSMUST00000060855 1326 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Krt14-201ENSMUST00000007272 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Rab3a-204ENSMUST00000110093 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16845-201ENSMUST00000180419 1415 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Slc9a3r1-201ENSMUST00000021077 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Farp2-202ENSMUST00000122402 2816 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Maged1-201ENSMUST00000026142 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Dmkn-204ENSMUST00000085691 2007 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Fgf13-201ENSMUST00000033473 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Lrwd1-201ENSMUST00000006301 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14206-201ENSMUST00000132973 747 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Lamtor1-201ENSMUST00000033131 1119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Zfyve27-201ENSMUST00000099443 2573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Parg-204ENSMUST00000164137 3013 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Atp6v0a2-201ENSMUST00000037865 5345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Spg21-201ENSMUST00000034955 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Ubl4b-201ENSMUST00000052853 1387 ntAPPRIS P1 BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 2810408A11Rik-202ENSMUST00000100969 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Ddc-201ENSMUST00000066237 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf25-202ENSMUST00000113721 1451 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Snx14-206ENSMUST00000173039 2970 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Maf-202ENSMUST00000109104 6360 ntAPPRIS P2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Guca1b-201ENSMUST00000024774 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17501-201ENSMUST00000181247 1700 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Tcf21-202ENSMUST00000218002 1788 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Taf5l-202ENSMUST00000165628 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Trbc1-201ENSMUST00000103291 512 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Trbc2-201ENSMUST00000103299 692 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Pou2f3-rs1-201ENSMUST00000120271 1046 ntBASIC24.7■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Hras-203ENSMUST00000124314 1073 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Hrasls5-201ENSMUST00000025929 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Tex264-201ENSMUST00000046735 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Lamp2-203ENSMUST00000074913 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
Ccdc88bQ4QRL3 Cyb561a3-201ENSMUST00000168445 1474 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc88bQ4QRL3 0610009E02Rik-201ENSMUST00000133463 1609 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 45.3 ms