Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Gm37280-201ENSMUST00000194583 375 ntTSL 3 BASIC14.55□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Pgpep1-208ENSMUST00000211715 676 ntTSL 3 BASIC14.55□□□□□ -0.08
Lire1P11260 AC159301.1-201ENSMUST00000225130 1182 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Prm2-201ENSMUST00000037996 621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Cldn7-201ENSMUST00000018713 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Lingo1-202ENSMUST00000114247 2287 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Nfkb1-201ENSMUST00000029812 4117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Ripor2-201ENSMUST00000038477 3371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Hook2-201ENSMUST00000064495 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Haus4-201ENSMUST00000022784 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Tmem39a-214ENSMUST00000171687 2667 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Gm26892-201ENSMUST00000181695 1636 ntTSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Cops6-201ENSMUST00000019638 1787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Mfsd4b3-201ENSMUST00000095749 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Lats2-210ENSMUST00000174694 3287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Abhd3-203ENSMUST00000117828 1962 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Lrrfip1-212ENSMUST00000189617 2155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Cacna2d3-201ENSMUST00000022567 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Sucla2-203ENSMUST00000160507 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Tpr-203ENSMUST00000124973 7430 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Xrcc1-205ENSMUST00000205573 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 St6gal2-202ENSMUST00000086878 2606 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Gm10605-202ENSMUST00000183019 3198 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Heg1-205ENSMUST00000152782 8161 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Oraov1-203ENSMUST00000105895 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Tnnt1-203ENSMUST00000108587 1059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Chchd2-ps-201ENSMUST00000117487 462 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Gm15510-201ENSMUST00000123644 1172 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Gm13524-201ENSMUST00000125869 662 ntTSL 3 BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Mkln1os-202ENSMUST00000144232 964 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Rnf5-201ENSMUST00000015622 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Tm4sf5-201ENSMUST00000019063 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Gm29707-201ENSMUST00000196325 491 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Gm9449-201ENSMUST00000207265 1011 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Slc25a43-201ENSMUST00000047655 1111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Rps4l-201ENSMUST00000071745 943 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Gm11611-201ENSMUST00000134289 1326 ntTSL 3 BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Kif1c-203ENSMUST00000102554 6684 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Gfra2-202ENSMUST00000227633 1480 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Bicdl1-204ENSMUST00000121746 1568 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Rad23a-202ENSMUST00000109761 1842 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Isyna1-204ENSMUST00000210005 1914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Slc9a3r1-201ENSMUST00000021077 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Psmd13-201ENSMUST00000026560 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Dclk2-208ENSMUST00000194452 2066 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Tmem143-203ENSMUST00000209350 2466 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Agk-201ENSMUST00000031977 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Ppp1r37-201ENSMUST00000058444 3816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Slc6a11-201ENSMUST00000032451 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Slc4a5-202ENSMUST00000113899 5039 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Ptprk-201ENSMUST00000166468 6177 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Ankrd33b-204ENSMUST00000123325 7466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Id4-201ENSMUST00000021810 3849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Gtf2ird1-201ENSMUST00000073161 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Csrnp1-204ENSMUST00000215916 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Papd4-201ENSMUST00000048702 2990 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Tm9sf1-204ENSMUST00000121937 2398 ntTSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Erich6-201ENSMUST00000041115 2195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Tbc1d4-209ENSMUST00000161991 6483 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Lpcat1-208ENSMUST00000223060 2141 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Mettl27-204ENSMUST00000111219 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Inip-202ENSMUST00000107526 1438 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 0610010F05Rik-203ENSMUST00000109532 4106 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Shroom3-202ENSMUST00000113054 6401 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Klk12-202ENSMUST00000107970 1115 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Gm16272-201ENSMUST00000128218 388 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Olfr572-203ENSMUST00000215782 1233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Ank1-201ENSMUST00000033947 1030 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Prdx6-201ENSMUST00000051925 959 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Olfr601-201ENSMUST00000080474 990 ntAPPRIS P1 BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Pla2g12b-201ENSMUST00000009790 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Rusc1-202ENSMUST00000090929 3706 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 D630014O11Rik-201ENSMUST00000160562 3019 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Pex5l-206ENSMUST00000108226 2632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Gm43697-201ENSMUST00000199637 2581 ntBASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Ttc22-201ENSMUST00000047922 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Drd2-201ENSMUST00000075764 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Tesk2-203ENSMUST00000106459 2444 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Alox12-202ENSMUST00000108574 2314 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Vcan-205ENSMUST00000159337 2273 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Retreg3-202ENSMUST00000107295 3179 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Adamtsl1-201ENSMUST00000048885 1842 ntTSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Fhl3-201ENSMUST00000038684 1664 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Abcg5-202ENSMUST00000163375 1613 ntTSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Sox18-201ENSMUST00000054491 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Cdk9-202ENSMUST00000120105 1565 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Tpbg-201ENSMUST00000006559 3603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Ndufaf3-201ENSMUST00000074208 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Gtf2h5-201ENSMUST00000039487 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Lrrc25-201ENSMUST00000052437 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Pisd-201ENSMUST00000061895 2183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
Lire1P11260 Mansc4-201ENSMUST00000100780 1125 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Lire1P11260 Pih1d1-202ENSMUST00000107811 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Lire1P11260 Gmnn-202ENSMUST00000110382 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Lire1P11260 Gm13312-201ENSMUST00000119631 718 ntBASIC14.52□□□□□ -0.09
Lire1P11260 Kctd14-202ENSMUST00000121987 1210 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Lire1P11260 Prkcg-202ENSMUST00000172109 2119 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Lire1P11260 Faap20-210ENSMUST00000178473 1076 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Lire1P11260 Cklf-201ENSMUST00000034342 667 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Lire1P11260 Grin1os-201ENSMUST00000129723 2891 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 73.2 ms