Protein–RNA interactions for Protein: O55187

Cbx4, E3 SUMO-protein ligase CBX4, mousemouse

Predictions only

Length 551 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cbx4O55187 Wt1-201ENSMUST00000111098 2395 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Cbx4O55187 Chst3-203ENSMUST00000167915 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Cbx4O55187 Slc41a3-202ENSMUST00000044019 2412 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Cbx4O55187 Tmem108-204ENSMUST00000189588 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Cbx4O55187 Dclk2-201ENSMUST00000029719 4012 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Cbx4O55187 Zfp422-203ENSMUST00000112880 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Cbx4O55187 Slc5a5-201ENSMUST00000000809 2928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Cbx4O55187 Flot1-209ENSMUST00000174080 1383 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Cbx4O55187 Pnkp-203ENSMUST00000107876 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Cbx4O55187 Lhx3-202ENSMUST00000054099 2184 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Cbx4O55187 Naa50-203ENSMUST00000159514 3756 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Cbx4O55187 Fkbp14-202ENSMUST00000117375 1830 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Cbx4O55187 Mcfd2-201ENSMUST00000024963 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Cbx4O55187 Hs3st5-201ENSMUST00000058738 3078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Cbx4O55187 Atat1-202ENSMUST00000061052 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Cbx4O55187 Podn-203ENSMUST00000106709 3170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Cbx4O55187 Iqck-201ENSMUST00000098087 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Zbtb46-205ENSMUST00000180222 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Gm45212-201ENSMUST00000205831 3403 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Rcbtb1-201ENSMUST00000022551 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Kif21a-201ENSMUST00000067205 6307 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Ntng2-210ENSMUST00000177689 1679 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Ogfrl1-201ENSMUST00000027343 4844 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Kctd10-201ENSMUST00000001125 1026 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Gm15358-201ENSMUST00000119249 520 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Pym1-202ENSMUST00000163377 1158 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Gm27177-205ENSMUST00000184792 706 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Gm37584-201ENSMUST00000193595 1290 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Gm43347-201ENSMUST00000200226 580 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Gm20383-201ENSMUST00000203799 1227 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 AC093926.2-201ENSMUST00000214468 1228 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Espn-212ENSMUST00000105658 2815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Ocln-205ENSMUST00000160859 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Ppp4r3a-202ENSMUST00000163095 4083 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Lrrc57-202ENSMUST00000102497 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Nkain2-203ENSMUST00000191234 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Tmem200c-201ENSMUST00000178545 3213 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Dab2ip-202ENSMUST00000091010 6455 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Ptgs1-201ENSMUST00000062069 2867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Cbx4O55187 Cd151-201ENSMUST00000058746 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Fam241b-204ENSMUST00000125704 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Med7-203ENSMUST00000109232 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Gprin1-201ENSMUST00000099506 4141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Trim41-201ENSMUST00000047145 3432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Dnm2-211ENSMUST00000173397 3510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Tcf3-204ENSMUST00000105340 2826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Tcf3-202ENSMUST00000020379 2829 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Sox13-205ENSMUST00000153799 3693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Oraov1-203ENSMUST00000105895 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Kxd1-202ENSMUST00000117580 696 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 4933405L10Rik-201ENSMUST00000013302 1214 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Psmc4-206ENSMUST00000140053 1244 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Gm4535-201ENSMUST00000182274 558 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 2010010A06Rik-202ENSMUST00000186356 694 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Gm19710-202ENSMUST00000200320 493 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Dcdc2c-201ENSMUST00000020963 1041 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Stum-205ENSMUST00000211561 1063 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Rangrf-201ENSMUST00000038644 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Lhb-201ENSMUST00000072453 678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Gm10355-201ENSMUST00000097146 517 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Btaf1-201ENSMUST00000099494 7204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Otol1-201ENSMUST00000053013 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Impad1-201ENSMUST00000084949 6543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Kdm3a-201ENSMUST00000065509 4816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Dnm1l-203ENSMUST00000115749 4068 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Dnm1l-202ENSMUST00000096229 4056 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Tomm34-201ENSMUST00000018466 2302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Foxl2-201ENSMUST00000051312 3256 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Olfr533-202ENSMUST00000211093 2397 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Asic4-201ENSMUST00000037708 2464 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Skor1-203ENSMUST00000119146 3610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Zdhhc8-201ENSMUST00000076957 4867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Gyg-203ENSMUST00000178328 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Usp53-201ENSMUST00000090379 6185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Espnl-202ENSMUST00000176156 2886 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Cbx4O55187 Tfap2a-203ENSMUST00000223869 2037 ntBASIC15.05■□□□□ 0
Cbx4O55187 Malt1-201ENSMUST00000049248 5073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Cbx4O55187 Zmynd11-204ENSMUST00000110635 3881 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
Cbx4O55187 Gtdc1-202ENSMUST00000100127 2422 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Cbx4O55187 Gm45351-201ENSMUST00000210683 2545 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Cbx4O55187 Cyp2ab1-201ENSMUST00000023513 2720 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
Cbx4O55187 Tigd5-201ENSMUST00000192937 4801 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ 0
Cbx4O55187 Camkv-201ENSMUST00000035700 3277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Cbx4O55187 Fgf20-202ENSMUST00000118639 587 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
Cbx4O55187 Gm11780-201ENSMUST00000136880 516 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Cbx4O55187 Gm27459-201ENSMUST00000184860 107 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Cbx4O55187 Gm29629-201ENSMUST00000187926 386 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
Cbx4O55187 D530014G21Rik-201ENSMUST00000208416 587 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Cbx4O55187 Gm38575-201ENSMUST00000213881 652 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
Cbx4O55187 Pdcd6-201ENSMUST00000022060 1131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Cbx4O55187 AC159301.1-201ENSMUST00000225130 1182 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Cbx4O55187 Dap3-202ENSMUST00000107491 1375 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Cbx4O55187 Fdps-203ENSMUST00000196709 1382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Cbx4O55187 Rab23-201ENSMUST00000088287 4322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Cbx4O55187 Gm10505-201ENSMUST00000151398 1587 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Cbx4O55187 Atp6v1c2-201ENSMUST00000020884 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Cbx4O55187 Krt23-201ENSMUST00000006969 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Cbx4O55187 Gfm2-211ENSMUST00000161913 1829 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
Cbx4O55187 Kmt5b-208ENSMUST00000113977 6002 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Cbx4O55187 Zbed5-201ENSMUST00000041466 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 37.9 ms