Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Elmo2-203ENSMUST00000094329 3466 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Med22-201ENSMUST00000015920 973 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Gpx4-207ENSMUST00000183037 735 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Gpbar1-201ENSMUST00000077985 1075 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Otp-201ENSMUST00000022195 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Sphk1-201ENSMUST00000063396 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Golga5-201ENSMUST00000021609 3390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 AC093043.3-201ENSMUST00000226531 2273 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Dapk1-207ENSMUST00000226059 5009 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Zranb2-203ENSMUST00000106058 2924 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Sept6-203ENSMUST00000115239 1845 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13233-201ENSMUST00000118760 1443 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13244-201ENSMUST00000118855 1446 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Sox12-201ENSMUST00000063332 4169 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Smoc2-201ENSMUST00000024660 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp879-202ENSMUST00000109133 2229 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Kir3dl1-201ENSMUST00000113104 1031 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp715-201ENSMUST00000012796 907 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Trim28-201ENSMUST00000005705 3245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Slco3a1-201ENSMUST00000026897 4589 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Kctd1-202ENSMUST00000168989 3456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 E130218I03Rik-203ENSMUST00000125921 666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 E130218I03Rik-206ENSMUST00000135228 544 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 E130218I03Rik-207ENSMUST00000143448 591 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 4930573H18Rik-201ENSMUST00000197696 906 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 4930593C16Rik-202ENSMUST00000214011 714 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 9230110C19Rik-202ENSMUST00000215478 533 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Sftpb-204ENSMUST00000183018 1490 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Rcn3-208ENSMUST00000211352 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Spsb3-201ENSMUST00000024976 1947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Slc44a2-210ENSMUST00000217461 3478 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Nptxr-201ENSMUST00000023057 5004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a19-201ENSMUST00000021089 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Amfr-201ENSMUST00000053766 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxw2-205ENSMUST00000113078 1872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Krt74-201ENSMUST00000088018 1648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2z-201ENSMUST00000100528 3997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Nap1l5-201ENSMUST00000059539 1844 ntAPPRIS P1 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Gm36445-203ENSMUST00000209951 1597 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14026-201ENSMUST00000120625 1789 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11738-201ENSMUST00000134069 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Spsb1-203ENSMUST00000105685 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27164-201ENSMUST00000184359 723 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Gm31816-201ENSMUST00000209388 1294 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 AI463170-203ENSMUST00000219353 430 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Nipa2-201ENSMUST00000032635 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Crem-239ENSMUST00000165086 2778 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Ehmt2-204ENSMUST00000114033 3882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Usp27x-201ENSMUST00000115744 3240 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo27-201ENSMUST00000039998 1946 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Epc2-201ENSMUST00000092123 4697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf44-204ENSMUST00000125871 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Folr1-204ENSMUST00000106985 1313 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5105-201ENSMUST00000053318 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Lca5l-202ENSMUST00000113804 3162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Fam222b-202ENSMUST00000100782 2473 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Sept1-201ENSMUST00000106313 1285 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Eef1akmt4-201ENSMUST00000115522 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Fmnl2-204ENSMUST00000127122 5508 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17613-201ENSMUST00000138893 669 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Fam171a1-204ENSMUST00000115099 4149 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Agap2-202ENSMUST00000217941 5573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Efcab8-203ENSMUST00000175856 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Sec61a2-209ENSMUST00000193792 2110 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Tbc1d19-201ENSMUST00000037337 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Dok2-201ENSMUST00000022698 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Taf15-201ENSMUST00000021018 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43548-201ENSMUST00000197139 2353 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Oser1-202ENSMUST00000104954 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Diablo-202ENSMUST00000111586 719 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Cops9-202ENSMUST00000112999 653 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Cend1-204ENSMUST00000164387 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Sdc1-205ENSMUST00000171158 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Snapc2-203ENSMUST00000208316 1190 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 AC124732.2-201ENSMUST00000221977 316 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Commd9-201ENSMUST00000028584 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Diablo-201ENSMUST00000031385 681 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Pola2-201ENSMUST00000025752 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Map4k5-203ENSMUST00000110570 4498 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Rbpms2-202ENSMUST00000169003 1803 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc103-201ENSMUST00000021307 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Egfl7-202ENSMUST00000102907 1372 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Nfe2l2-201ENSMUST00000102672 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Foxp4-203ENSMUST00000113263 3156 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 P3h1-201ENSMUST00000030393 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Fam219b-202ENSMUST00000114200 3017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Teddm2-202ENSMUST00000123490 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26889-201ENSMUST00000181523 2252 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc88bQ4QRL3 Mtfr1l-202ENSMUST00000116279 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Vmn2r-ps89-201ENSMUST00000209195 1010 ntBASIC24.83■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Vsig2-204ENSMUST00000215271 891 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 CT025535.1-201ENSMUST00000227172 491 ntBASIC24.83■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Ifng-201ENSMUST00000068592 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 2310022A10Rik-201ENSMUST00000067386 2701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Aste1-202ENSMUST00000123807 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Yipf5-201ENSMUST00000025364 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Sirt5-206ENSMUST00000221481 1548 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Cdh24-201ENSMUST00000067784 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Arfgap1-214ENSMUST00000185115 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc88bQ4QRL3 Adrb3-203ENSMUST00000121838 1864 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.6 ms