Protein–RNA interactions for Protein: Q9ERG0

Lima1, LIM domain and actin-binding protein 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 753 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lima1Q9ERG0 Fbxo5-201ENSMUST00000019907 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Hoxb1-201ENSMUST00000019117 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Gjb6-201ENSMUST00000039380 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 E330009J07Rik-202ENSMUST00000101492 6742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Pogk-204ENSMUST00000135673 2433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Otud4-202ENSMUST00000173078 7354 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Tomm6os-201ENSMUST00000155812 2944 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Dnajc27-202ENSMUST00000049584 2934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Sytl1-202ENSMUST00000105908 1730 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 H2-DMb1-201ENSMUST00000114232 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Gm11839-201ENSMUST00000120647 1953 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Gm25016-201ENSMUST00000158399 131 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Gpd1-203ENSMUST00000162194 1515 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Kcng4-202ENSMUST00000164382 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Nlrx1-203ENSMUST00000169651 3621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Cdadc1-204ENSMUST00000171683 1892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Gm23634-201ENSMUST00000175071 91 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Pagr1a-203ENSMUST00000206416 558 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Med25-210ENSMUST00000208253 3693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Gm6858-201ENSMUST00000208582 1468 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Sptlc1-201ENSMUST00000021920 2606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Papd7-204ENSMUST00000223344 2118 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Zc3h13-203ENSMUST00000227049 6144 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Otol1-201ENSMUST00000053013 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Camsap1-201ENSMUST00000091268 7978 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Cep63-201ENSMUST00000093791 2696 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Alk-201ENSMUST00000086639 4866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Pex1-202ENSMUST00000121291 4555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Rnd1-201ENSMUST00000003451 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Slc16a6-202ENSMUST00000070152 4219 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Psen2-204ENSMUST00000111106 2020 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Rad23a-202ENSMUST00000109761 1842 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Gpt2-201ENSMUST00000034136 3639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Tyk2-205ENSMUST00000214864 1662 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Psmd8-203ENSMUST00000186182 1512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Trp53rkb-203ENSMUST00000151826 4426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Slc12a5-207ENSMUST00000202223 5690 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Vsig10-202ENSMUST00000111967 4236 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Ppil3-204ENSMUST00000117069 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Tmem60-201ENSMUST00000115259 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Gm6623-201ENSMUST00000173570 544 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Gm6345-202ENSMUST00000180900 204 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Ankrd39-202ENSMUST00000194894 664 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 3110040N11Rik-201ENSMUST00000026092 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Taar2-201ENSMUST00000079134 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Appl1-201ENSMUST00000036570 7642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Camta1-202ENSMUST00000097774 8533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Dhx33-202ENSMUST00000108527 5184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Mettl21a-202ENSMUST00000114079 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Usp33-202ENSMUST00000117492 3886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 AC132265.1-201ENSMUST00000219233 1665 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Gid8-201ENSMUST00000029090 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Slc38a7-201ENSMUST00000040481 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Gm42743-201ENSMUST00000051089 1511 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Atg4d-201ENSMUST00000065005 5951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Dusp15-203ENSMUST00000123121 2993 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Tmem254b-201ENSMUST00000022418 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Pgc-201ENSMUST00000024782 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Anxa4-201ENSMUST00000001187 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Slc12a5-201ENSMUST00000099092 6028 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Sirpa-202ENSMUST00000099113 3342 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 9130024F11Rik-202ENSMUST00000185204 2628 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Rbm7-202ENSMUST00000213276 2629 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Col16a1-201ENSMUST00000044565 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 0610009B22Rik-202ENSMUST00000109098 892 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Apopt1-204ENSMUST00000163220 671 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Gm20033-201ENSMUST00000180470 572 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Snhg4-201ENSMUST00000181664 1190 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Gm44430-201ENSMUST00000203376 995 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Prm2-201ENSMUST00000037996 621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Gm10605-202ENSMUST00000183019 3198 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Efs-202ENSMUST00000227037 2540 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Sez6-202ENSMUST00000093995 4239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Nodal-201ENSMUST00000049339 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Dzip1-201ENSMUST00000004055 4079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Ythdf3-202ENSMUST00000108346 4929 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Snrpd2-201ENSMUST00000049294 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Fstl1-201ENSMUST00000114763 3789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Golt1b-201ENSMUST00000032372 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Cd151-202ENSMUST00000106000 1865 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Gstm4-201ENSMUST00000029489 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Gm10052-201ENSMUST00000168019 960 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Cd70-201ENSMUST00000019633 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Syde2-204ENSMUST00000212479 3810 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Grcc10-201ENSMUST00000004389 863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Gm7729-201ENSMUST00000050143 801 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
Lima1Q9ERG0 Papd5-202ENSMUST00000118952 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Lima1Q9ERG0 Dok7-201ENSMUST00000050709 2498 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Lima1Q9ERG0 Pgap2-203ENSMUST00000120119 1979 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Lima1Q9ERG0 Exo5-204ENSMUST00000177880 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Lima1Q9ERG0 Exo5-201ENSMUST00000030375 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Lima1Q9ERG0 Bud23-202ENSMUST00000085984 1516 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Lima1Q9ERG0 Poc1b-204ENSMUST00000159990 3449 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Lima1Q9ERG0 Kdf1-203ENSMUST00000121797 2256 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Lima1Q9ERG0 Kit-204ENSMUST00000144270 5241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Lima1Q9ERG0 Impdh1-207ENSMUST00000162099 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Lima1Q9ERG0 Prtg-201ENSMUST00000055535 9148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Lima1Q9ERG0 Srrm3-204ENSMUST00000144211 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lima1Q9ERG0 Tm6sf2-202ENSMUST00000110160 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lima1Q9ERG0 Renbp-202ENSMUST00000116578 1418 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.7 ms