Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Ncf1-201ENSMUST00000016094 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Dnajc7-201ENSMUST00000014339 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Cd5l-201ENSMUST00000015998 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Lipo3-202ENSMUST00000112508 2839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Scrt1-201ENSMUST00000096365 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Dnajc28-201ENSMUST00000049244 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Spg21-202ENSMUST00000213957 1302 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Fam159b-201ENSMUST00000043061 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Nedd4l-202ENSMUST00000163516 8163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Cobl-203ENSMUST00000109651 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Apoa5-201ENSMUST00000034584 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Chst13-201ENSMUST00000070890 1653 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 6430548M08Rik-204ENSMUST00000108951 5531 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Gm5357-201ENSMUST00000212720 1924 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Bhlhe41-202ENSMUST00000111703 744 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Atp6v1g2-203ENSMUST00000130992 524 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Odf3b-201ENSMUST00000049968 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Lce1a1-201ENSMUST00000074142 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Trp53i11-201ENSMUST00000090554 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Rab23-201ENSMUST00000088287 4322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Anxa4-201ENSMUST00000001187 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Fosl2-201ENSMUST00000031017 6537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Alas1-207ENSMUST00000141118 3399 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 4833445I07Rik-201ENSMUST00000193193 1642 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Rbm7-202ENSMUST00000213276 2629 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Hspb6-201ENSMUST00000044048 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Sema6c-213ENSMUST00000168321 3553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Idh1-201ENSMUST00000097709 2302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Mbtd1-202ENSMUST00000063718 3785 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Mindy1-212ENSMUST00000168223 1812 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Ren1-201ENSMUST00000094556 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Pla2g16-203ENSMUST00000136756 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Usp4P35123 4933421O10Rik-201ENSMUST00000155691 3847 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Bicc1-201ENSMUST00000014473 3231 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Cyp2a5-201ENSMUST00000005685 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Esco1-203ENSMUST00000115864 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Lmnb2-202ENSMUST00000105332 1643 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Tpm2-203ENSMUST00000107914 1164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Smim1-210ENSMUST00000146054 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Senp1-204ENSMUST00000180657 3806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Gm28626-201ENSMUST00000187004 520 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Tbx3-202ENSMUST00000079719 4982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Lats1-202ENSMUST00000165952 7209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Usp4P35123 C77080-201ENSMUST00000052602 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Kif17-201ENSMUST00000030539 3453 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Hnrnpm-201ENSMUST00000087582 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Met-203ENSMUST00000115443 6809 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Anxa2-201ENSMUST00000034756 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Brsk2-202ENSMUST00000075528 2160 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Islr2-203ENSMUST00000163897 4303 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Rbm15-201ENSMUST00000061772 4343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Kif21a-204ENSMUST00000109287 6124 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Kif21a-205ENSMUST00000109288 6142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Serpinf1-201ENSMUST00000000769 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Lck-202ENSMUST00000102596 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Urah-202ENSMUST00000106050 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Gm12359-202ENSMUST00000141696 713 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Gm12359-203ENSMUST00000153181 680 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 0610025J13Rik-203ENSMUST00000180374 713 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Tmem178b-203ENSMUST00000180886 712 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Arhgef2-223ENSMUST00000176804 3086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Gcnt4-201ENSMUST00000171324 5087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Snph-204ENSMUST00000109877 3367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Usp1-201ENSMUST00000030289 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Hoxaas2-202ENSMUST00000155922 1567 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Abl1-201ENSMUST00000028190 5794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Zbtb33-202ENSMUST00000115142 2567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Cmtm3-201ENSMUST00000034343 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Pqlc3-208ENSMUST00000222203 1706 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 CN725425-202ENSMUST00000190436 2041 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Hsp90b1-201ENSMUST00000020238 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Fam167a-201ENSMUST00000121288 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Patz1-202ENSMUST00000093402 3173 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Nrip2-201ENSMUST00000001561 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Atp6v0b-208ENSMUST00000150204 935 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Gm6257-201ENSMUST00000163864 910 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Mthfsl-204ENSMUST00000186863 725 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Jagn1-202ENSMUST00000204254 1147 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Nfat5-211ENSMUST00000151114 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Stum-201ENSMUST00000136521 6506 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Slc44a3-201ENSMUST00000039197 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Tead2-203ENSMUST00000107801 3396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Zfp703-202ENSMUST00000154256 3152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Repin1-207ENSMUST00000163452 2959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Id4-201ENSMUST00000021810 3849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Pnma1-201ENSMUST00000061425 2359 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Abcb4-201ENSMUST00000003717 4079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Hpse-201ENSMUST00000045617 3117 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Ddx20-201ENSMUST00000090680 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Zfp821-203ENSMUST00000212000 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Usp4P35123 F2-201ENSMUST00000028681 1988 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Scyl1-201ENSMUST00000025890 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Arhgef9-217ENSMUST00000197364 1796 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Afg3l2-201ENSMUST00000025408 3085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Tyk2-205ENSMUST00000214864 1662 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Mycbp-201ENSMUST00000030400 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Fubp3-201ENSMUST00000055244 3648 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Adcy5-201ENSMUST00000114913 7007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Cacna1h-202ENSMUST00000159048 8174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Usp4P35123 Asic1-201ENSMUST00000023758 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 41.2 ms