Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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Rnf40Q3U319 Crhbp-201ENSMUST00000045583 1701 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Gm26829-201ENSMUST00000180581 934 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Gm27011-201ENSMUST00000182352 972 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Gm28510-201ENSMUST00000190572 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Gm18115-201ENSMUST00000221209 621 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Eif4a2-201ENSMUST00000023599 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Gdf15-201ENSMUST00000003808 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Exoc3l-201ENSMUST00000057855 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Ubqln1-201ENSMUST00000058735 3686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Polr3d-202ENSMUST00000180358 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Neil3-201ENSMUST00000047768 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Rtf1-201ENSMUST00000028767 4664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Hic2-202ENSMUST00000115698 2765 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Hectd2-201ENSMUST00000047247 4731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Pld2-202ENSMUST00000108556 3391 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Edn3-201ENSMUST00000029030 3117 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Zfp13-201ENSMUST00000057029 2139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Reep1-201ENSMUST00000121469 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Mdfic-206ENSMUST00000189359 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Sfta3-ps-205ENSMUST00000220379 2187 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Arhgef40-204ENSMUST00000182061 4756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Kcnh1-201ENSMUST00000078470 7242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Loxl2-202ENSMUST00000100420 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
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Rnf40Q3U319 Rad54l2-201ENSMUST00000046502 9305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Stx5a-201ENSMUST00000010254 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Rnf31-201ENSMUST00000019443 3485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Nmnat3-203ENSMUST00000112938 848 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Cyp4f41-ps-201ENSMUST00000126790 1077 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
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Rnf40Q3U319 Smco4-202ENSMUST00000178999 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
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Rnf40Q3U319 Cox4i1-201ENSMUST00000034276 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 A930018P22Rik-201ENSMUST00000040374 822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Smco4-201ENSMUST00000045620 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
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Rnf40Q3U319 Ankrd10-202ENSMUST00000169782 5156 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
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Rnf40Q3U319 Speg-206ENSMUST00000122266 917 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
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Rnf40Q3U319 Fndc3a-201ENSMUST00000089017 6143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Capn7-201ENSMUST00000022451 3648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Large2-214ENSMUST00000176774 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
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Rnf40Q3U319 Reps2-202ENSMUST00000112334 7675 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Abr-203ENSMUST00000094012 5236 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Zbtb7b-204ENSMUST00000107435 4333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 1110004F10Rik-202ENSMUST00000106607 1153 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
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Rnf40Q3U319 Nudt8-203ENSMUST00000122924 1082 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Smim27-201ENSMUST00000129758 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Gm6270-201ENSMUST00000132731 559 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
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Rnf40Q3U319 Gm21868-201ENSMUST00000185623 1230 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Gm20803-202ENSMUST00000190968 1230 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Cnih3-204ENSMUST00000209607 564 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Ntpcr-201ENSMUST00000034313 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Otop2-201ENSMUST00000055490 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Barhl2-201ENSMUST00000086795 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 4930461C15Rik-201ENSMUST00000133622 1302 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Fam174a-202ENSMUST00000186780 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Rnf40Q3U319 Twsg1-201ENSMUST00000024906 4046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
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Rnf40Q3U319 Mkrn3-201ENSMUST00000094340 2547 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
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