Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Lgals7-201ENSMUST00000081457 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Exo5-204ENSMUST00000177880 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Exo5-201ENSMUST00000030375 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Fam174b-201ENSMUST00000107456 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Col4a2-201ENSMUST00000033899 6450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Gm3045-201ENSMUST00000212844 1825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Gm9917-201ENSMUST00000180865 5192 ntTSL 3 BASIC14.7□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Ggnbp2-211ENSMUST00000168434 3056 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Fgf17-201ENSMUST00000022697 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Gm43598-201ENSMUST00000202482 2479 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Rab34-201ENSMUST00000002128 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Dennd4c-201ENSMUST00000045512 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Adamts20-201ENSMUST00000035342 6027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Zscan2-201ENSMUST00000044115 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Psmd5-201ENSMUST00000028225 4397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Spire2-202ENSMUST00000212404 2158 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Ppp1r12b-202ENSMUST00000086444 3137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Zbtb46-205ENSMUST00000180222 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Arid3a-203ENSMUST00000105377 4952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
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Use1Q9CQ56 Fbxl16-201ENSMUST00000045692 3478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Coro1c-201ENSMUST00000004646 3491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Ccdc88c-202ENSMUST00000085096 6313 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Fdft1-204ENSMUST00000224625 3698 ntAPPRIS P1 BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Pigb-207ENSMUST00000184389 2079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Cnbp-203ENSMUST00000113619 1661 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Foxp2-207ENSMUST00000115477 6760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Zscan10-204ENSMUST00000118369 1006 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Gm7507-201ENSMUST00000183053 1008 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
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Use1Q9CQ56 Snrpf-201ENSMUST00000020203 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Flt3l-206ENSMUST00000210197 834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Hint2-201ENSMUST00000030192 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Mtnr1b-201ENSMUST00000057920 1095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 4930451I11Rik-201ENSMUST00000061695 481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Igfbp1-201ENSMUST00000020704 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Pdhb-201ENSMUST00000022268 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Rhd-201ENSMUST00000030627 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Smyd4-201ENSMUST00000044530 3517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Akap1-201ENSMUST00000018572 3758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Tnfrsf11a-201ENSMUST00000027559 5027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Car10-205ENSMUST00000107861 2613 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Gm16759-201ENSMUST00000126238 1393 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
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Use1Q9CQ56 AL691505.1-201ENSMUST00000219965 1618 ntTSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Rnf38-202ENSMUST00000098098 5061 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Pld4-201ENSMUST00000063888 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Gpam-201ENSMUST00000061856 3832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Dffb-201ENSMUST00000030893 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
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Use1Q9CQ56 Nacc2-201ENSMUST00000028300 6378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Ehd4-201ENSMUST00000028755 3730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Arrdc1-201ENSMUST00000028349 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Mis12-206ENSMUST00000164220 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
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Use1Q9CQ56 Selplg-201ENSMUST00000100874 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Tnfrsf13c-202ENSMUST00000109535 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
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Use1Q9CQ56 Hs3st3a1-201ENSMUST00000058652 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Ddx39-201ENSMUST00000019576 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
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Use1Q9CQ56 4930512B01Rik-201ENSMUST00000021378 1856 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Trim54-202ENSMUST00000202769 1408 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Skor1-202ENSMUST00000116613 3591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Tfap2a-203ENSMUST00000223869 2037 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Actn3-201ENSMUST00000006626 2880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Gm15234-201ENSMUST00000141485 1058 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Rwdd1-201ENSMUST00000019917 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Pthlh-202ENSMUST00000204197 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 F420014N23Rik-202ENSMUST00000219079 659 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 AC130713.1-201ENSMUST00000228853 1096 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
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Use1Q9CQ56 Bclaf3-201ENSMUST00000057180 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Desi2-201ENSMUST00000027783 8802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Tatdn2-205ENSMUST00000204753 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Ppp1r11-201ENSMUST00000040402 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Gmppa-202ENSMUST00000113584 1692 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Cdk16-201ENSMUST00000033380 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Kirrel-202ENSMUST00000107618 7278 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
Use1Q9CQ56 Stard7-201ENSMUST00000110374 1530 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.5 ms