Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC3

Trim41, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM41, mousemouse

Predictions only

Length 630 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim41Q5NCC3 Gm29361-201ENSMUST00000183323 2000 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Ephb4-203ENSMUST00000111055 4296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Inppl1-201ENSMUST00000035836 4995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Rbl2-201ENSMUST00000034091 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Slc33a1-203ENSMUST00000161659 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Hbs1l-203ENSMUST00000092674 2625 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Crebzf-201ENSMUST00000061767 3376 ntAPPRIS P1 BASIC26.81■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Adgra3-201ENSMUST00000030971 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Dhdds-202ENSMUST00000105885 998 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Olfr975-201ENSMUST00000054067 933 ntAPPRIS P1 BASIC26.81■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Ube2d3-202ENSMUST00000166033 2504 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Fscn1-207ENSMUST00000198017 2157 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Itga9-201ENSMUST00000044165 7020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Tmem237-201ENSMUST00000087475 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Arid3c-201ENSMUST00000084698 1417 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Washc1-202ENSMUST00000116556 2887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Gm13337-201ENSMUST00000119183 1594 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Gabra5-202ENSMUST00000206382 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Tbc1d9b-202ENSMUST00000101270 5213 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Crk-203ENSMUST00000108425 4290 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Gm35549-203ENSMUST00000204619 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Cdipt-205ENSMUST00000206450 951 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Mrpl4-201ENSMUST00000003386 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Nutf2-201ENSMUST00000008594 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Chmp2b-201ENSMUST00000004965 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Cacna1a-202ENSMUST00000122053 7589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Nhs-201ENSMUST00000081569 4881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Lpar5-203ENSMUST00000171989 1458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Golph3-201ENSMUST00000059680 2652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Map3k10-202ENSMUST00000108341 3403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 4930524O07Rik-203ENSMUST00000193135 2289 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Uts2r-201ENSMUST00000039044 1703 ntAPPRIS P1 BASIC26.79■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Rps6kb2-201ENSMUST00000025749 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Taf5l-201ENSMUST00000093039 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Gm6912-201ENSMUST00000117218 544 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Bnipl-204ENSMUST00000137250 1251 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 AC160980.1-201ENSMUST00000224136 970 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Cyp2d40-201ENSMUST00000055721 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 2610318N02Rik-201ENSMUST00000093336 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Ccdc106-202ENSMUST00000108571 1318 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 AC159621.2-201ENSMUST00000223519 1326 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Mtg2-201ENSMUST00000087563 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Tead3-201ENSMUST00000114799 2448 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Acat2-203ENSMUST00000159697 1800 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Plekhh3-201ENSMUST00000043397 3056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Marveld1-201ENSMUST00000061111 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Ap2a2-201ENSMUST00000003038 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Mob2-206ENSMUST00000211206 2140 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Pdk3-201ENSMUST00000045748 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Tuba8-201ENSMUST00000032233 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Men1-204ENSMUST00000113500 2742 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Ubr5-201ENSMUST00000110336 9242 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Ifna12-201ENSMUST00000102806 797 ntAPPRIS P1 BASIC26.78■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Nmi-202ENSMUST00000112705 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Gm12490-201ENSMUST00000120255 560 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Zfp715-201ENSMUST00000012796 907 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 C8g-201ENSMUST00000015227 822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Thap2-203ENSMUST00000218989 527 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Tfap2d-201ENSMUST00000037294 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Mllt11-201ENSMUST00000065482 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Clgn-202ENSMUST00000109831 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Trim39-203ENSMUST00000113706 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Atp8b2-201ENSMUST00000069805 5559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Baiap2-204ENSMUST00000106231 4005 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Fbrsl1-201ENSMUST00000056124 2700 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Lrrtm1-202ENSMUST00000159616 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Zfp764-201ENSMUST00000059199 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 B230217O12Rik-201ENSMUST00000181921 1642 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Cr1l-208ENSMUST00000194111 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Susd3-202ENSMUST00000058196 1418 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Mir449b-201ENSMUST00000104833 80 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Rgs19-204ENSMUST00000108772 779 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 1700060J05Rik-201ENSMUST00000138377 1060 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Mir6990-201ENSMUST00000183724 91 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Cfdp1-201ENSMUST00000034432 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Wipf1-201ENSMUST00000094681 4728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Snap91-202ENSMUST00000074468 4336 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Gm26774-201ENSMUST00000181534 2401 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Matk-203ENSMUST00000119547 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Fmr1-201ENSMUST00000088546 4409 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Spdya-201ENSMUST00000064420 1877 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
Trim41Q5NCC3 Ube2d2b-201ENSMUST00000072578 1678 ntAPPRIS P1 BASIC26.76■■□□□ 1.87
Trim41Q5NCC3 Gjb3-202ENSMUST00000106091 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Trim41Q5NCC3 Vill-207ENSMUST00000141185 1645 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Trim41Q5NCC3 Tmem88-201ENSMUST00000050140 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Trim41Q5NCC3 Gm42893-201ENSMUST00000198035 1502 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
Trim41Q5NCC3 Fam131b-201ENSMUST00000031891 4065 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Trim41Q5NCC3 Lyrm1-203ENSMUST00000106517 1279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Trim41Q5NCC3 Ropn1l-201ENSMUST00000110408 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Trim41Q5NCC3 Platr13-201ENSMUST00000133945 375 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
Trim41Q5NCC3 Actr8-201ENSMUST00000016115 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Trim41Q5NCC3 Trp53tg5-201ENSMUST00000017864 934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Trim41Q5NCC3 Nmur1-202ENSMUST00000212058 1287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
Trim41Q5NCC3 Swi5-201ENSMUST00000050410 775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Trim41Q5NCC3 Ak3-201ENSMUST00000025696 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Trim41Q5NCC3 Glt28d2-201ENSMUST00000033643 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Trim41Q5NCC3 Pdlim1-201ENSMUST00000068439 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Trim41Q5NCC3 Samm50-201ENSMUST00000023071 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Trim41Q5NCC3 Ubp1-206ENSMUST00000216558 1623 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Trim41Q5NCC3 Lman1-202ENSMUST00000120461 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 117.4 ms