Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Tcp1-207ENSMUST00000143961 614 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm26664-201ENSMUST00000181140 705 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm32050-201ENSMUST00000209793 638 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 2010107E04Rik-203ENSMUST00000222874 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 AC131709.1-201ENSMUST00000224731 1180 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Chchd2-201ENSMUST00000094280 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Flvcr1-201ENSMUST00000085635 4040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm10044-203ENSMUST00000166813 1471 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Nkapl-201ENSMUST00000068235 1463 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gpc5-202ENSMUST00000175665 2187 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Cbx8-201ENSMUST00000026663 3580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Cask-203ENSMUST00000115436 8260 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Pi4k2b-202ENSMUST00000031082 3034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Fam221a-201ENSMUST00000060561 2730 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Tbrg4-212ENSMUST00000189268 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Zic5-201ENSMUST00000039118 4767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 R3hdm4-202ENSMUST00000171416 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Prss54-201ENSMUST00000052690 1438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Tprn-201ENSMUST00000114336 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Slc29a4-201ENSMUST00000058418 2789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Ankrd10-201ENSMUST00000033905 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Pqlc1-205ENSMUST00000131780 2080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Atp6v1c2-201ENSMUST00000020884 1569 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Denr-201ENSMUST00000023869 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm11594-201ENSMUST00000122313 162 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Mir8117-201ENSMUST00000184773 107 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm2756-201ENSMUST00000195851 400 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm19710-202ENSMUST00000200320 493 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Pabpn1l-202ENSMUST00000212966 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Anapc15-202ENSMUST00000035395 836 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Nfkbid-202ENSMUST00000108175 2000 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Slc8b1-202ENSMUST00000076051 2661 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Fmnl3-203ENSMUST00000120633 4290 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm14026-201ENSMUST00000120625 1789 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Wac-215ENSMUST00000171042 2205 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm4353-201ENSMUST00000111755 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Nup35-201ENSMUST00000028382 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Htatsf1-201ENSMUST00000088652 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Dlgap1-201ENSMUST00000060072 5420 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Ttll11-202ENSMUST00000112976 3077 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Clvs2-203ENSMUST00000160299 2610 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Rnf103-202ENSMUST00000114178 3431 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Msantd3-202ENSMUST00000064807 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Dnajc25-201ENSMUST00000095070 4023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Dhfr-201ENSMUST00000022218 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm14494-201ENSMUST00000118786 435 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Rpl36-ps8-201ENSMUST00000121187 315 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 A930006K02Rik-201ENSMUST00000149172 776 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Sap25-206ENSMUST00000177466 1005 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gsdmcl2-204ENSMUST00000186026 736 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gsdmcl1-202ENSMUST00000190937 735 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm10419-203ENSMUST00000197854 653 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Fahd2a-201ENSMUST00000028848 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Ccbe1-202ENSMUST00000130300 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Aire-213ENSMUST00000148469 1618 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm26755-201ENSMUST00000180703 2657 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 B4galt7-201ENSMUST00000064701 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Tbc1d9-201ENSMUST00000034145 4631 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gdpd5-201ENSMUST00000037528 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Bcr-201ENSMUST00000164107 6839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Klf5-201ENSMUST00000005279 3352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Nrbf2-201ENSMUST00000077839 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Vps37a-201ENSMUST00000098817 6379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Dcaf17-202ENSMUST00000102701 1703 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Higd1a-201ENSMUST00000060251 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Tmem119-201ENSMUST00000067853 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Trim7-202ENSMUST00000109213 2356 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Rnf170-209ENSMUST00000209300 1881 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Cabp1-201ENSMUST00000031519 1370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Dmrtb1-201ENSMUST00000069271 1861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Chst8-201ENSMUST00000078686 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Car7-201ENSMUST00000056051 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Exoc8-201ENSMUST00000098312 4598 ntAPPRIS P1 BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Ffar2-203ENSMUST00000168528 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Gm5253-201ENSMUST00000187104 1025 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Smim4-204ENSMUST00000203261 1219 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Gm45167-201ENSMUST00000208007 322 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Timm9-205ENSMUST00000221178 529 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 AC090659.1-201ENSMUST00000224334 768 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Mrpl54-201ENSMUST00000046114 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Slbp-202ENSMUST00000075670 1027 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Malsu1-203ENSMUST00000128616 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Tmem229b-206ENSMUST00000174697 3697 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 BC024978-204ENSMUST00000179391 1748 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Pomgnt2-206ENSMUST00000216669 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Traf1P39428 T-201ENSMUST00000074667 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Sgcd-201ENSMUST00000077221 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Syne4-201ENSMUST00000054594 1355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Gramd4-204ENSMUST00000138134 4292 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Tcta-201ENSMUST00000044725 1668 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Atxn7l2-203ENSMUST00000117784 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Rrbp1-201ENSMUST00000016072 5177 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Rgma-204ENSMUST00000139780 3371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Gm128-201ENSMUST00000090815 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Mri1-203ENSMUST00000126435 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Izumo1r-203ENSMUST00000117620 1095 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Sirpa-213ENSMUST00000163034 677 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Rpl31-205ENSMUST00000194746 703 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Traf1P39428 Gm31545-201ENSMUST00000209358 1219 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
Traf1P39428 CT943659.1-201ENSMUST00000215459 326 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 70.2 ms