Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Fbxo36-201ENSMUST00000097672 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Usp4P35123 S100a16-202ENSMUST00000098911 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Ngrn-201ENSMUST00000117989 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Shd-201ENSMUST00000044216 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Ogfod2-201ENSMUST00000024470 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Srrm1-208ENSMUST00000136342 3152 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Sema6d-201ENSMUST00000051419 4503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Stx6-201ENSMUST00000027743 4589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Tmc8-203ENSMUST00000117781 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Slc43a3-201ENSMUST00000090726 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gm26793-201ENSMUST00000180930 2732 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Agfg1-201ENSMUST00000063380 2896 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Bicd2-201ENSMUST00000048544 6309 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Rps27a-202ENSMUST00000102845 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Fndc11-202ENSMUST00000108835 1154 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Crhr2-203ENSMUST00000114374 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Dyrk3-201ENSMUST00000016670 3164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Mrps12-204ENSMUST00000171183 883 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gm3272-201ENSMUST00000181181 1229 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gm38973-201ENSMUST00000206810 878 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Tmem241-205ENSMUST00000209859 1426 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Mrpl36-203ENSMUST00000222030 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Iscu-201ENSMUST00000026937 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Zfp90-201ENSMUST00000034382 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Rspo4-201ENSMUST00000042217 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Fgfr1op2-203ENSMUST00000067404 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gmnn-201ENSMUST00000006898 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Cmtm7-202ENSMUST00000084867 874 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gm10566-201ENSMUST00000086739 996 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Zfx-201ENSMUST00000088102 7002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Sybu-209ENSMUST00000228639 4113 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Hnrnpu-201ENSMUST00000037748 7640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Nkain2-203ENSMUST00000191234 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Dact1-201ENSMUST00000061273 3650 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gm37912-201ENSMUST00000191895 3076 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Nxnl1-202ENSMUST00000163659 2730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Cyp4f37-201ENSMUST00000077639 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Shank1-203ENSMUST00000107938 9826 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Mcidas-201ENSMUST00000092089 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Hoxb1-201ENSMUST00000019117 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Irf3-201ENSMUST00000003284 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Mospd2-201ENSMUST00000004715 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Pgap2-203ENSMUST00000120119 1979 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Tor1aip1-201ENSMUST00000027738 1952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Cdadc1-204ENSMUST00000171683 1892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Acbd5-203ENSMUST00000114526 3725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Trip10-202ENSMUST00000224152 1812 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Skor1-202ENSMUST00000116613 3591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Hmgb3-204ENSMUST00000114582 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 2210011K15Rik-201ENSMUST00000190690 1741 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Hmgb3-203ENSMUST00000088874 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Dlgap4-204ENSMUST00000109566 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Hmg20b-204ENSMUST00000122993 1502 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Arhgef10l-206ENSMUST00000105799 4508 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Cilp2-201ENSMUST00000057831 4314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Bbs10-201ENSMUST00000040454 2744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gm13425-201ENSMUST00000145389 5391 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gm5934-201ENSMUST00000120734 2588 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Fgf8-205ENSMUST00000111927 843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Utp23-204ENSMUST00000161651 582 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Pabpn1l-202ENSMUST00000212966 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 AC122351.1-201ENSMUST00000220467 126 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Snhg10-202ENSMUST00000222812 527 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Imp3-201ENSMUST00000034827 924 ntAPPRIS P1 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Prrt2-201ENSMUST00000159916 2501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Cnnm2-201ENSMUST00000077666 3492 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Pcsk6-201ENSMUST00000055576 4405 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Syt6-202ENSMUST00000117221 4394 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Klhl12-202ENSMUST00000112232 3220 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Fbxo5-201ENSMUST00000019907 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gm15998-201ENSMUST00000135144 1844 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Ube2j1-202ENSMUST00000124992 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Slc41a3-202ENSMUST00000044019 2412 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Rhpn1-202ENSMUST00000121137 2283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Zfp385a-201ENSMUST00000168828 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Snn-201ENSMUST00000089011 2902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Ggn-205ENSMUST00000209019 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Slk-202ENSMUST00000051691 4239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Adgrl1-201ENSMUST00000045393 5643 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Magix-201ENSMUST00000115695 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Pdzd4-201ENSMUST00000002080 3970 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Grwd1-202ENSMUST00000131384 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Tle3-218ENSMUST00000178113 5205 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Mcrs1-201ENSMUST00000041190 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Fam151a-201ENSMUST00000047620 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Srpx-202ENSMUST00000115543 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 9130019P16Rik-201ENSMUST00000135612 1019 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Mir3081-201ENSMUST00000175305 84 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Flg-207ENSMUST00000180293 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Zfp524-203ENSMUST00000209030 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Rpl36al-201ENSMUST00000054544 526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Tmem35b-201ENSMUST00000094712 1120 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Kbtbd11-201ENSMUST00000069399 6973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Mrps27-201ENSMUST00000052249 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Ushbp1-201ENSMUST00000049184 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Fam124a-201ENSMUST00000039064 3558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Dzip3-201ENSMUST00000114516 3331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Mon1b-201ENSMUST00000035777 4998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Agbl5-202ENSMUST00000114700 3296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Utp3-201ENSMUST00000090413 1629 ntAPPRIS P1 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 38.3 ms