Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Bloc1s3-201ENSMUST00000077408 3188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Traf1P39428 Mapt-202ENSMUST00000106988 2202 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Traf1P39428 Kbtbd11-201ENSMUST00000069399 6973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Traf1P39428 Hist1h4k-201ENSMUST00000102983 312 ntAPPRIS P1 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Traf1P39428 Zc3h14-204ENSMUST00000110105 3514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Traf1P39428 Xiap-203ENSMUST00000115094 6542 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Traf1P39428 2200002J24Rik-201ENSMUST00000013227 333 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Traf1P39428 Pcp2-205ENSMUST00000142431 524 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Traf1P39428 Tsen15-205ENSMUST00000162371 431 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Traf1P39428 Dhrs7c-205ENSMUST00000168612 1108 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Traf1P39428 Gm38708-201ENSMUST00000203855 677 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Traf1P39428 AC127302.2-201ENSMUST00000215212 268 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
Traf1P39428 Gdf5-201ENSMUST00000040162 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Traf1P39428 Sirt6-201ENSMUST00000042923 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Traf1P39428 Mapk14-201ENSMUST00000004990 3547 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Traf1P39428 Mapk14-202ENSMUST00000062694 3547 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Traf1P39428 Prmt1-203ENSMUST00000207370 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Synpo-206ENSMUST00000130360 5159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Acaa1b-201ENSMUST00000010795 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Hspa1b-201ENSMUST00000172753 2803 ntAPPRIS P1 BASIC18.02■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Taf6l-206ENSMUST00000176610 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Naa50-204ENSMUST00000161326 4487 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Utp3-201ENSMUST00000090413 1629 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Espnl-201ENSMUST00000088904 5445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Dmpk-202ENSMUST00000108473 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Plbd2-201ENSMUST00000031597 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Fzd5-201ENSMUST00000063982 6915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 E530001F21Rik-201ENSMUST00000120991 730 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Rpl39l-202ENSMUST00000121292 550 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm13830-202ENSMUST00000144202 381 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Hsf4-203ENSMUST00000172525 1276 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm30097-202ENSMUST00000194580 329 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm7787-201ENSMUST00000216858 688 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Eif5a-203ENSMUST00000071026 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Rab34-203ENSMUST00000108322 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Ada-201ENSMUST00000017841 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm43598-201ENSMUST00000202482 2479 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Isg20l2-201ENSMUST00000055984 2893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Fubp3-202ENSMUST00000113482 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Knl1-201ENSMUST00000028799 5527 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Rbm42-202ENSMUST00000108141 1526 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Psmd14-201ENSMUST00000028278 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Taok3-202ENSMUST00000111975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Pip4k2a-201ENSMUST00000006912 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Poli-203ENSMUST00000159389 2662 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Zfp42-202ENSMUST00000209356 1744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Psmd12-203ENSMUST00000106752 1955 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Fosl2-201ENSMUST00000031017 6537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Twf2-201ENSMUST00000024047 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Pprc1-203ENSMUST00000111899 5246 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm14066-201ENSMUST00000134801 2057 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Celf1-201ENSMUST00000005643 4830 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Atp2b2-201ENSMUST00000089003 7067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm16011-201ENSMUST00000121567 2662 ntBASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Dtx3-204ENSMUST00000130855 1925 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Dtx3-201ENSMUST00000038217 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Slc48a1-201ENSMUST00000117892 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Tmem183a-201ENSMUST00000049470 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Bend6-204ENSMUST00000129464 1750 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 H2-Q4-201ENSMUST00000081435 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Npffr1-201ENSMUST00000020287 3479 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Chchd4-201ENSMUST00000040835 3472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Nkain4-202ENSMUST00000108873 865 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Dbi-207ENSMUST00000151708 491 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Nptn-211ENSMUST00000177064 582 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm19430-201ENSMUST00000193847 2137 ntBASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Scamp5-203ENSMUST00000214256 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Myef2-201ENSMUST00000067780 2999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Prpf3-207ENSMUST00000161476 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Lefty2-201ENSMUST00000085797 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Cxcl10-202ENSMUST00000118006 1353 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Cd151-203ENSMUST00000177840 1708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Dbx1-201ENSMUST00000032717 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Tmem50b-201ENSMUST00000023686 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Kctd8-201ENSMUST00000054095 2859 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Naa10-203ENSMUST00000114387 979 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm11185-201ENSMUST00000117732 1007 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm11455-201ENSMUST00000149285 733 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Caly-202ENSMUST00000166758 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Mymx-202ENSMUST00000169137 616 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Banf1-202ENSMUST00000170010 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm18489-201ENSMUST00000172565 551 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Ly6k-201ENSMUST00000060301 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Traf1P39428 9430038I01Rik-201ENSMUST00000068996 1126 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Pik3ip1-202ENSMUST00000093399 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Gm38575-203ENSMUST00000215824 1490 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Sucla2-203ENSMUST00000160507 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Galnt17-202ENSMUST00000160609 2875 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Traf1P39428 AC122901.1-201ENSMUST00000214203 1790 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Crhbp-202ENSMUST00000221025 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Hmgn1-201ENSMUST00000050884 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Rft1-201ENSMUST00000064230 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Pdlim7-206ENSMUST00000131306 1915 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Slc10a3-202ENSMUST00000073067 1910 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Wdr12-202ENSMUST00000117438 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Rai1-201ENSMUST00000064190 7348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Dennd4b-202ENSMUST00000129564 5647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Snap91-204ENSMUST00000098495 4150 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Dnajb11-204ENSMUST00000166487 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Traf1P39428 Ndufs7-202ENSMUST00000105364 983 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.1 ms