Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Vill-207ENSMUST00000141185 1645 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Rnf40Q3U319 Eif4g1-206ENSMUST00000115463 5378 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Rnf40Q3U319 Tmem39a-214ENSMUST00000171687 2667 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Rnf40Q3U319 Orai3-203ENSMUST00000121504 2141 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Rnf40Q3U319 Gjb6-201ENSMUST00000039380 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Rnf40Q3U319 Wbscr25-202ENSMUST00000148729 2075 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Rnf40Q3U319 Med14-202ENSMUST00000096495 6963 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Rnf40Q3U319 Srsf10-202ENSMUST00000097844 3055 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Rnf40Q3U319 Zfp553-202ENSMUST00000106312 3342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Rnf40Q3U319 1110065P20Rik-203ENSMUST00000137769 659 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Rnf40Q3U319 Gm6916-201ENSMUST00000205277 828 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Rnf40Q3U319 K230015D01Rik-201ENSMUST00000211969 1516 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
Rnf40Q3U319 Rb1cc1-201ENSMUST00000027040 7607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Rnf40Q3U319 2810474O19Rik-202ENSMUST00000100765 5356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Rab34-203ENSMUST00000108322 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Aig1-201ENSMUST00000019942 1439 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
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Rnf40Q3U319 Gm43399-201ENSMUST00000202546 2374 ntBASIC16.27■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Ubp1-206ENSMUST00000216558 1623 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Kctd14-205ENSMUST00000206279 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Ghrhr-202ENSMUST00000203241 1328 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Arhgap44-203ENSMUST00000093002 3982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Wwp2-205ENSMUST00000212543 1996 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Gm37297-201ENSMUST00000192974 2384 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Ppm1j-201ENSMUST00000002298 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Synm-204ENSMUST00000208231 4457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Tpm1-204ENSMUST00000113684 887 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
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Rnf40Q3U319 Tlx1os-201ENSMUST00000173437 620 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Gabarapl1-202ENSMUST00000204487 902 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Gm4881-201ENSMUST00000206705 1152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 AC132260.2-201ENSMUST00000224482 344 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 AC122769.4-201ENSMUST00000228166 901 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Med29-201ENSMUST00000003536 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Rnf146-201ENSMUST00000037548 4402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Cspp1-205ENSMUST00000122156 2535 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 4921539H07Rik-202ENSMUST00000200072 1665 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Fbxo34-203ENSMUST00000163324 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Npas3-204ENSMUST00000223358 3143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Leng9-201ENSMUST00000058358 2460 ntAPPRIS P1 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Mrm2-201ENSMUST00000031536 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Fam57a-205ENSMUST00000169560 1806 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 1700034H15Rik-202ENSMUST00000139827 4354 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Otol1-201ENSMUST00000053013 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
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Rnf40Q3U319 Tmem9b-202ENSMUST00000118571 1771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Pnpla2-202ENSMUST00000064151 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Pid1-207ENSMUST00000177458 2521 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Tmem198b-201ENSMUST00000051011 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Slc24a3-202ENSMUST00000110007 4048 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Chtf18-201ENSMUST00000048054 3214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Fam166b-201ENSMUST00000052829 1349 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Hoxb1-201ENSMUST00000019117 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Farp2-201ENSMUST00000120301 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Nop53-201ENSMUST00000044158 3176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Txndc11-203ENSMUST00000118679 3523 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Usp42-201ENSMUST00000053287 5151 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
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Rnf40Q3U319 Acvrl1-203ENSMUST00000119063 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Mettl22-201ENSMUST00000046470 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Sdr39u1-201ENSMUST00000111325 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Gm8369-204ENSMUST00000188633 1227 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
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Rnf40Q3U319 Esco1-203ENSMUST00000115864 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 4930474H06Rik-201ENSMUST00000132822 1590 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Ube2o-201ENSMUST00000082152 5205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Gpsm1-203ENSMUST00000078616 3127 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Trappc11-202ENSMUST00000120987 2060 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Atf4-201ENSMUST00000109605 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Mdfi-202ENSMUST00000066368 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 4930433J02Rik-201ENSMUST00000194719 1386 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Zfp839-201ENSMUST00000170060 3723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Mocos-201ENSMUST00000068006 2884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 C2cd2l-201ENSMUST00000065080 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Hmga1b-201ENSMUST00000105046 1626 ntAPPRIS P1 BASIC16.24■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Gm15512-201ENSMUST00000137359 2257 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Top3b-201ENSMUST00000023465 3073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Stk33-202ENSMUST00000106745 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 A930004D18Rik-201ENSMUST00000066163 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Naa10-205ENSMUST00000114390 797 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Gm7638-201ENSMUST00000121348 967 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Taz-208ENSMUST00000132437 768 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Gm37179-201ENSMUST00000194862 823 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Rpl18-204ENSMUST00000209693 535 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 B230217C12Rik-201ENSMUST00000054783 1189 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Lman1-202ENSMUST00000120461 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Rnf40Q3U319 Zbtb48-201ENSMUST00000066715 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
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Rnf40Q3U319 Ntng1-210ENSMUST00000138953 1443 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
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Rnf40Q3U319 Sema4c-201ENSMUST00000114991 3773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
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