Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

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Length 437 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Klhl33-202ENSMUST00000170855 1422 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Tbc1d19-201ENSMUST00000037337 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Pdzd4-201ENSMUST00000002080 3970 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Cnot11-203ENSMUST00000161515 3482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Zscan10-204ENSMUST00000118369 1006 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Zcchc17-202ENSMUST00000134159 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Hint3-203ENSMUST00000161074 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 5430416N02Rik-202ENSMUST00000181873 626 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 5830454E08Rik-202ENSMUST00000213974 744 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Pdcd6-201ENSMUST00000022060 1131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Nudt14-203ENSMUST00000221497 355 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Med26-201ENSMUST00000058534 2997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Ydjc-201ENSMUST00000069064 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Olfr601-201ENSMUST00000080474 990 ntAPPRIS P1 BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Aire-213ENSMUST00000148469 1618 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Kptn-201ENSMUST00000006178 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Psmd12-203ENSMUST00000106752 1955 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Tfeb-204ENSMUST00000113288 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Rabggta-201ENSMUST00000062861 2338 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Tmem184b-201ENSMUST00000074991 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Jade1-203ENSMUST00000168086 4790 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Bpifb3-201ENSMUST00000088950 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Pkp2-202ENSMUST00000161342 2931 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Krt9-201ENSMUST00000059707 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Gm26752-201ENSMUST00000181086 1537 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Tssc4-206ENSMUST00000177841 1364 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Btbd1-201ENSMUST00000026093 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Rab3a-201ENSMUST00000034301 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Krt23-201ENSMUST00000006969 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Rabggta-203ENSMUST00000169237 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Jade2-201ENSMUST00000020655 6273 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Pde4d-207ENSMUST00000120664 4207 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Chd4-202ENSMUST00000112390 6537 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Sfmbt1-201ENSMUST00000054230 7837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Gm10516-201ENSMUST00000180598 2615 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Sptlc2-201ENSMUST00000021424 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 1700045H11Rik-201ENSMUST00000128056 593 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Med11-202ENSMUST00000151013 445 ntTSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Fosb-206ENSMUST00000208446 1090 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Rbfox2-207ENSMUST00000227533 1041 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Ndufb9-201ENSMUST00000022980 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Fam159a-201ENSMUST00000053157 593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 1500035N22Rik-201ENSMUST00000075081 865 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 1600017P15Rik-201ENSMUST00000083427 412 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Sf1-203ENSMUST00000113488 2282 ntTSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Dnajb5-201ENSMUST00000037872 3291 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Nyx-201ENSMUST00000050434 5183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Rgma-204ENSMUST00000139780 3371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Ube2r2-201ENSMUST00000040008 3600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Actg1-202ENSMUST00000071555 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Zbtb11-201ENSMUST00000050248 4920 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Hoxaas2-202ENSMUST00000155922 1567 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Larp1b-205ENSMUST00000191805 1581 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Gm9889-202ENSMUST00000206983 1577 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Snupn-201ENSMUST00000068856 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Cpne6-207ENSMUST00000171643 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 BC037032-201ENSMUST00000140003 3974 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Asb2-204ENSMUST00000149431 2283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Hira-202ENSMUST00000120532 2063 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Enoph1-201ENSMUST00000031268 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Dmgdh-201ENSMUST00000048001 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Tdg-201ENSMUST00000092266 2959 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Rccd1-202ENSMUST00000121882 2324 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Trpc3-201ENSMUST00000029271 3694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
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ShhQ62226 B9d2-201ENSMUST00000108403 1021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Ftl2-ps-201ENSMUST00000118517 552 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Gm15920-201ENSMUST00000118998 402 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Atp6v1g2-203ENSMUST00000130992 524 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
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ShhQ62226 2200002J24Rik-201ENSMUST00000013227 333 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Jpx-202ENSMUST00000182447 712 ntTSL 3 BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 1810010D01Rik-204ENSMUST00000208788 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Tomm20l-201ENSMUST00000021482 578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 AC154222.1-201ENSMUST00000223882 475 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Bloc1s5-203ENSMUST00000224902 612 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 March3-201ENSMUST00000035278 860 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Mdk-202ENSMUST00000069423 773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Rpl27-201ENSMUST00000077856 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Gm15590-201ENSMUST00000078419 552 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Gpsm1-202ENSMUST00000066936 3384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Trappc10-201ENSMUST00000000384 5047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Itgb4-201ENSMUST00000021107 6014 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Sh3yl1-201ENSMUST00000020997 1750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Efemp2-204ENSMUST00000165485 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Lrrc7-204ENSMUST00000199890 6326 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 B4galt7-201ENSMUST00000064701 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Slc25a32-201ENSMUST00000022908 5905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Mesp2-201ENSMUST00000107394 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Sirt6-202ENSMUST00000119324 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Lmo4-202ENSMUST00000121112 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Dohh-201ENSMUST00000072751 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Lefty2-201ENSMUST00000085797 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Gba2-201ENSMUST00000030189 3544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Fads3-201ENSMUST00000115995 3269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Ppp1r37-201ENSMUST00000058444 3816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
ShhQ62226 Capn15-205ENSMUST00000212520 5216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
ShhQ62226 Taz-202ENSMUST00000114180 1786 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
ShhQ62226 Cadps2-205ENSMUST00000115358 4848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
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