Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Hsd17b12-201ENSMUST00000028619 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Casp8-204ENSMUST00000191201 1849 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Asic1-205ENSMUST00000228185 1818 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 1700025L06Rik-203ENSMUST00000211477 1623 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Shd-201ENSMUST00000044216 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Hs3st3b1-201ENSMUST00000094103 4911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Usp31-201ENSMUST00000046929 10198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Zfp395-201ENSMUST00000066994 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Wnt5b-201ENSMUST00000117171 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Atp11b-201ENSMUST00000029257 4868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Hs3st1-201ENSMUST00000053116 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Naa50-203ENSMUST00000159514 3756 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Hoxaas2-202ENSMUST00000155922 1567 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Gm9889-202ENSMUST00000206983 1577 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Kifc3-203ENSMUST00000169748 3384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Frmd5-207ENSMUST00000138157 4230 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Gm2788-202ENSMUST00000147173 1390 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Izumo1r-204ENSMUST00000121116 726 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 4933412L11Rik-201ENSMUST00000203702 1044 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Khdc1c-201ENSMUST00000070223 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Sorbs1-225ENSMUST00000226047 2582 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Upf1-202ENSMUST00000215817 4518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Pcolce2-201ENSMUST00000015498 4438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Gm45470-202ENSMUST00000210817 2192 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Gm42743-201ENSMUST00000051089 1511 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 9530059O14Rik-202ENSMUST00000181682 2093 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Klc4-201ENSMUST00000003642 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Pmpca-201ENSMUST00000076431 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Mob2-206ENSMUST00000211206 2140 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Dgkq-201ENSMUST00000053913 4938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Cables1-202ENSMUST00000171109 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Adat2-201ENSMUST00000019944 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Tmx4-203ENSMUST00000110120 2602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Nkain2-203ENSMUST00000191234 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Mars-206ENSMUST00000171564 2962 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Snx1-201ENSMUST00000034946 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Rab3d-202ENSMUST00000119055 694 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Serf1-205ENSMUST00000152286 465 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Apopt1-204ENSMUST00000163220 671 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Tnnt2-212ENSMUST00000189732 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 AC153881.2-201ENSMUST00000214877 204 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Efcab11-207ENSMUST00000223114 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Ewsr1-204ENSMUST00000093365 1290 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Nxpe3-201ENSMUST00000099705 6430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Pias3-201ENSMUST00000064900 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Fam222b-202ENSMUST00000100782 2473 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Samd4-204ENSMUST00000125688 1773 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Fam149b-211ENSMUST00000224930 2716 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Ube2d2b-201ENSMUST00000072578 1678 ntAPPRIS P1 BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Bclaf3-202ENSMUST00000112464 3366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Gm26761-201ENSMUST00000180650 2192 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Zmynd11-204ENSMUST00000110635 3881 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
Use1Q9CQ56 Arf2-202ENSMUST00000063347 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Arntl2-204ENSMUST00000111639 2923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Tcf3-203ENSMUST00000105339 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Trappc11-202ENSMUST00000120987 2060 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Akap7-203ENSMUST00000100012 2321 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Tcf3-201ENSMUST00000020377 2842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Arfgap2-202ENSMUST00000080008 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Chpf-202ENSMUST00000094818 3065 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Cadps2-206ENSMUST00000115361 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 App-202ENSMUST00000226232 3120 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Dse-201ENSMUST00000048010 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Gba2-201ENSMUST00000030189 3544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Gm27528-202ENSMUST00000222916 2012 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Gm42901-201ENSMUST00000197735 3171 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Gm15565-201ENSMUST00000118890 427 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Gm13420-201ENSMUST00000129574 1091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Utp23-204ENSMUST00000161651 582 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Prr23a1-201ENSMUST00000170349 883 ntAPPRIS P1 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Lamtor5-202ENSMUST00000199317 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Gm9745-201ENSMUST00000021573 684 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Banf1-201ENSMUST00000025762 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Coq7-201ENSMUST00000032887 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Krtap1-5-201ENSMUST00000054532 1041 ntAPPRIS P1 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Sftpb-201ENSMUST00000070437 1131 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 C530025M09Rik-201ENSMUST00000099264 690 ntAPPRIS P1 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Acadvl-202ENSMUST00000102574 2168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Tspan9-201ENSMUST00000032503 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Nagk-201ENSMUST00000037376 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Rgl1-203ENSMUST00000111859 5092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Fgf13-201ENSMUST00000033473 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Kcnq2-217ENSMUST00000149964 8209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Uck2-202ENSMUST00000053686 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Zfp553-201ENSMUST00000056232 3043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Cd151-203ENSMUST00000177840 1708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Six1-201ENSMUST00000050029 3316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Pdzrn3-201ENSMUST00000075994 4104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 St6galnac2-201ENSMUST00000079545 3643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Borcs5-201ENSMUST00000062755 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Mphosph8-201ENSMUST00000116468 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Disc1-208ENSMUST00000122389 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 AA467197-202ENSMUST00000110512 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Gm6433-201ENSMUST00000118634 875 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Rnf13-209ENSMUST00000199041 1062 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Mrpl36-203ENSMUST00000222030 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 3110040N11Rik-201ENSMUST00000026092 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Limd2-202ENSMUST00000064545 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Psmd4-201ENSMUST00000071664 1276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Use1Q9CQ56 Acbd5-203ENSMUST00000114526 3725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.2 ms