Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Gm8909-203ENSMUST00000173353 1428 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Sh3rf3-205ENSMUST00000153031 5682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Snph-203ENSMUST00000109875 4910 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Hira-202ENSMUST00000120532 2063 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Cdc23-201ENSMUST00000025228 2084 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Iqsec1-202ENSMUST00000101153 8036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Gm12355-201ENSMUST00000104933 1311 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Nr1h2-203ENSMUST00000107911 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Izumo1r-203ENSMUST00000117620 1095 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Dhrs7c-205ENSMUST00000168612 1108 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 1110035H17Rik-202ENSMUST00000205672 1231 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 AC093926.2-201ENSMUST00000214468 1228 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 CT943659.1-201ENSMUST00000215459 326 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Nek4-204ENSMUST00000226833 1252 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Col17a1-202ENSMUST00000086923 5477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Papd4-201ENSMUST00000048702 2990 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Pola2-202ENSMUST00000165143 2397 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Gm14634-201ENSMUST00000139163 1662 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Cdv3-202ENSMUST00000072249 3787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Shroom4-202ENSMUST00000103005 4839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Actr8-201ENSMUST00000016115 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Ftsj1-202ENSMUST00000115594 1529 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Slc48a1-201ENSMUST00000117892 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Lrrtm1-203ENSMUST00000161677 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Parg-204ENSMUST00000164137 3013 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Scrt1-202ENSMUST00000164703 3478 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Klf9-201ENSMUST00000036884 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Zfp318-201ENSMUST00000113481 7850 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Aig1-202ENSMUST00000105534 617 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Trappc6a-202ENSMUST00000108455 651 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Cnbp-202ENSMUST00000113617 952 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 4930481B07Rik-201ENSMUST00000128160 1089 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Gm11455-201ENSMUST00000149285 733 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Washc3-202ENSMUST00000171151 837 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Hsf4-203ENSMUST00000172525 1276 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Dpf3-205ENSMUST00000177801 1092 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Mtx2-201ENSMUST00000028511 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Crb3-201ENSMUST00000071826 1194 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Lmnb2-202ENSMUST00000105332 1643 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Aire-213ENSMUST00000148469 1618 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Pick1-202ENSMUST00000053926 2415 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Col18a1-202ENSMUST00000081654 5063 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Gdf5-201ENSMUST00000040162 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Dtx3-204ENSMUST00000130855 1925 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Dtx3-201ENSMUST00000038217 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Tuba8-201ENSMUST00000032233 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Ube2w-201ENSMUST00000117146 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Espnl-201ENSMUST00000088904 5445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 B4galt7-201ENSMUST00000064701 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Nploc4-201ENSMUST00000044271 4121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Msantd3-202ENSMUST00000064807 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Ptpro-203ENSMUST00000167679 5096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Gm11873-201ENSMUST00000117877 1304 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Marveld3-201ENSMUST00000001722 1330 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Tmem217-201ENSMUST00000114683 904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 BC022687-202ENSMUST00000177808 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Gm27702-201ENSMUST00000184512 56 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Gm38708-201ENSMUST00000203855 677 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 AC090659.1-201ENSMUST00000224334 768 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Fmr1nb-201ENSMUST00000069731 799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Rpl30-202ENSMUST00000079735 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Pnkp-202ENSMUST00000098478 1550 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Hhatl-201ENSMUST00000035110 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Traf2-202ENSMUST00000114234 2151 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Ttc13-202ENSMUST00000117624 3096 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Ptpdc1-201ENSMUST00000035824 4402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
Sf3b1Q99NB9 Ermp1-203ENSMUST00000159692 7058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Arntl-201ENSMUST00000047321 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Galnt18-201ENSMUST00000049430 2575 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Pde8b-202ENSMUST00000067082 2598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Fam178b-202ENSMUST00000170295 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Gm45188-201ENSMUST00000207592 1369 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Lrrc24-202ENSMUST00000049956 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Smpd4-221ENSMUST00000170996 1619 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Bpifb5-201ENSMUST00000045959 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Utp3-201ENSMUST00000090413 1629 ntAPPRIS P1 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Cul1-201ENSMUST00000031697 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Gm5421-201ENSMUST00000181698 2354 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Gm10516-201ENSMUST00000180598 2615 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Iqcd-201ENSMUST00000069259 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Krt16-201ENSMUST00000007280 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Cd40-202ENSMUST00000073707 1596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Cdk17-201ENSMUST00000069965 3615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 9530018F02Rik-201ENSMUST00000219513 2599 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Gm15655-201ENSMUST00000134649 440 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Pcp2-205ENSMUST00000142431 524 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Gm26768-201ENSMUST00000181097 966 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Gm2756-201ENSMUST00000195851 400 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Gm10419-203ENSMUST00000197854 653 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Pecr-202ENSMUST00000097698 932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Susd1-201ENSMUST00000040166 3295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Snx27-202ENSMUST00000107283 3531 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Kifc3-212ENSMUST00000213004 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Ankrd23-201ENSMUST00000054665 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Cend1-202ENSMUST00000124444 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Gm26904-201ENSMUST00000181301 1742 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Smtn-201ENSMUST00000020718 1747 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Dtx2-202ENSMUST00000111142 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Mrs2-201ENSMUST00000021772 7035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Sf3b1Q99NB9 Stard7-202ENSMUST00000110375 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24 ms