Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Enah-202ENSMUST00000111024 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Cnksr2-201ENSMUST00000026750 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Atp6v1b2-201ENSMUST00000006435 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Hipk2-206ENSMUST00000161779 7684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Afg1l-201ENSMUST00000041024 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Slit1-201ENSMUST00000025993 5045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Klhl40-201ENSMUST00000098272 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 A130010J15Rik-201ENSMUST00000110831 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Hoxc4-202ENSMUST00000165375 2121 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Nipsnap1-201ENSMUST00000038570 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Slc35b2-202ENSMUST00000223987 1766 ntBASIC17.33■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Layn-201ENSMUST00000098782 1786 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Col4a3bp-203ENSMUST00000179226 3040 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Inpp5e-202ENSMUST00000114090 2790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Pgc-201ENSMUST00000024782 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 G3bp2-204ENSMUST00000169094 2716 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Ppcs-202ENSMUST00000106316 954 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Nkain4-202ENSMUST00000108873 865 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm11508-201ENSMUST00000129337 440 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Tgfb1i1-203ENSMUST00000163609 1053 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm5091-201ENSMUST00000181658 1179 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Mir7023-201ENSMUST00000185093 64 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 2010010A06Rik-203ENSMUST00000190465 650 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm18622-201ENSMUST00000219361 595 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Nisch-208ENSMUST00000165981 2415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm18336-201ENSMUST00000180787 2298 ntAPPRIS P1 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Anapc7-201ENSMUST00000031422 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Dync1li2-201ENSMUST00000041769 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Chst2-201ENSMUST00000036267 7328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Ell2-201ENSMUST00000001583 4382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm17509-201ENSMUST00000165680 2375 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Fam155a-206ENSMUST00000208933 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Rnase10-202ENSMUST00000164632 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm2109-201ENSMUST00000189326 1409 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Was-201ENSMUST00000033505 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Ermp1-203ENSMUST00000159692 7058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Trnt1-203ENSMUST00000113248 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Pgap2-203ENSMUST00000120119 1979 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 4930481B07Rik-201ENSMUST00000128160 1089 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm4899-201ENSMUST00000178708 719 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm5312-201ENSMUST00000203728 547 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Zfp524-202ENSMUST00000207901 1263 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Nox4-202ENSMUST00000068829 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Rgl1-202ENSMUST00000111857 3037 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Il6st-206ENSMUST00000183886 3004 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Chsy3-201ENSMUST00000080721 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Myo9b-206ENSMUST00000212935 6316 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Sprn-201ENSMUST00000059241 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Mst1-204ENSMUST00000162886 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Fbxo9-202ENSMUST00000085311 2155 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Ilvbl-204ENSMUST00000218271 1606 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Snai3-201ENSMUST00000006762 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 9530018F02Rik-201ENSMUST00000219513 2599 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Trim67-202ENSMUST00000167588 8735 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Lypd1-205ENSMUST00000162899 1511 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Ckb-201ENSMUST00000001304 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Prr14-201ENSMUST00000033095 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 BC030336-201ENSMUST00000060175 4831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm4425-201ENSMUST00000172838 2857 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Sox4-201ENSMUST00000067230 4795 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Slc13a3-202ENSMUST00000109279 3131 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Pcsk5-202ENSMUST00000050715 5783 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Timm44-201ENSMUST00000003029 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Uts2r-201ENSMUST00000039044 1703 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Mafg-203ENSMUST00000106181 840 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm14641-201ENSMUST00000136486 452 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Esd-207ENSMUST00000176957 1117 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm43661-201ENSMUST00000199099 687 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm44596-201ENSMUST00000204223 647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Alkbh7-201ENSMUST00000002737 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Wfdc6b-201ENSMUST00000094346 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Dclk2-208ENSMUST00000194452 2066 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 9530068E07Rik-201ENSMUST00000036952 2467 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Psip1-201ENSMUST00000030207 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Snx30-201ENSMUST00000030080 7314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Itsn1-203ENSMUST00000095909 6103 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Tex261-201ENSMUST00000014892 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Klf9-201ENSMUST00000036884 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Slc6a8-206ENSMUST00000164449 2151 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Prnp-201ENSMUST00000091288 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Mrm2-201ENSMUST00000031536 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 E330011M16Rik-201ENSMUST00000193614 1794 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Wrb-201ENSMUST00000023913 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Chrd-202ENSMUST00000115423 2417 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Dancr-204ENSMUST00000132389 2347 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Sfxn4-203ENSMUST00000135808 1309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Pde8b-208ENSMUST00000162292 4235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Meig1-203ENSMUST00000115082 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Slc7a10-203ENSMUST00000135452 629 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm5745-201ENSMUST00000183748 313 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Avpi1-201ENSMUST00000018965 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 4930448I06Rik-201ENSMUST00000194002 546 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm17968-201ENSMUST00000194902 784 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Cyb561d2-205ENSMUST00000195235 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Cplx3-202ENSMUST00000215487 594 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Ndufs8-201ENSMUST00000075092 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Scrt1-202ENSMUST00000164703 3478 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gtf2e2-201ENSMUST00000167264 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 E130307A14Rik-213ENSMUST00000155482 2803 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Letm1-203ENSMUST00000148451 2478 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.3 ms