Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Gins1-201ENSMUST00000028948 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Cda-201ENSMUST00000030535 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Ifi27-204ENSMUST00000079294 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Axin1-202ENSMUST00000118904 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Nkx2-1-201ENSMUST00000001536 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Ptpdc1-201ENSMUST00000035824 4402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Taok3-203ENSMUST00000111978 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Ptprt-201ENSMUST00000109441 6623 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Itsn1-203ENSMUST00000095909 6103 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Ell2-201ENSMUST00000001583 4382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 1810041L15Rik-203ENSMUST00000189248 5296 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Apaf1-202ENSMUST00000159110 6433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Cyfip2-205ENSMUST00000165599 6659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Gstz1-205ENSMUST00000222885 1571 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Ppp1r11-201ENSMUST00000040402 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Bend5-201ENSMUST00000030274 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Elf2-201ENSMUST00000062009 3353 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Kctd15-203ENSMUST00000108070 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Gm11906-201ENSMUST00000124792 680 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Fam26f-201ENSMUST00000062784 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Gm5922-201ENSMUST00000214963 1723 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Bpifb5-201ENSMUST00000045959 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Cdc23-201ENSMUST00000025228 2084 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 App-201ENSMUST00000005406 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Raxos1-201ENSMUST00000181100 2547 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Xrcc1-205ENSMUST00000205573 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Bmp2k-201ENSMUST00000035635 7387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Rabl6-201ENSMUST00000058137 3230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Pofut1-204ENSMUST00000109794 1688 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Fam120c-201ENSMUST00000073364 5463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Galnt18-201ENSMUST00000049430 2575 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Arl11-201ENSMUST00000055159 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Stxbp3-201ENSMUST00000102621 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Galnt13-204ENSMUST00000112636 7530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 1810008I18Rik-202ENSMUST00000187848 819 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Gm43935-201ENSMUST00000203569 1050 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 1700037H04Rik-201ENSMUST00000028800 832 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Ly6g6f-201ENSMUST00000038507 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Igflr1-201ENSMUST00000043850 1186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Tbc1d12-201ENSMUST00000037302 4209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Kat2a-202ENSMUST00000103118 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Mettl7a2-202ENSMUST00000176287 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Mettl7a2-201ENSMUST00000088142 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Klhdc4-201ENSMUST00000045884 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Zfp384-207ENSMUST00000112427 3072 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Wnt2b-201ENSMUST00000029429 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Hoxb5-201ENSMUST00000049272 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Klhdc10-201ENSMUST00000068240 3951 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Cyp2ab1-201ENSMUST00000023513 2720 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Simc1-202ENSMUST00000121401 4819 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Jade2-202ENSMUST00000109090 6230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Rps6ka1-201ENSMUST00000003741 3085 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Dhodh-209ENSMUST00000143900 1455 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Pitx2-206ENSMUST00000174623 1493 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Alg3-201ENSMUST00000045918 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Tpd52-205ENSMUST00000120143 6317 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Pkp2-202ENSMUST00000161342 2931 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Mars-201ENSMUST00000037290 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Get4-202ENSMUST00000110878 1180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Chchd7-205ENSMUST00000120732 711 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Snhg15-203ENSMUST00000134527 675 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 1600014C10Rik-209ENSMUST00000179992 568 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Sox2ot-202ENSMUST00000196058 753 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Gm43073-201ENSMUST00000198200 1189 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Gnb2-212ENSMUST00000150063 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Tmem170-201ENSMUST00000034431 3878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Marveld3-201ENSMUST00000001722 1330 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Ankrd16-201ENSMUST00000056108 1618 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Phax-201ENSMUST00000008445 1942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Itm2c-201ENSMUST00000027425 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Snx8-204ENSMUST00000196130 2547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Ube2j2-201ENSMUST00000024056 3483 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Ush1c-208ENSMUST00000177212 1696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Nap1l1-206ENSMUST00000219143 1365 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Sik3-204ENSMUST00000126865 6287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Mxd4-201ENSMUST00000042701 3872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Smtn-201ENSMUST00000020718 1747 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Rab11fip4-201ENSMUST00000017783 7156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Nagpa-201ENSMUST00000023911 2143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Sox13-201ENSMUST00000094551 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Txnrd2-215ENSMUST00000206151 2874 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Traf1P39428 Fam83f-201ENSMUST00000023044 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Traf1P39428 Nubpl-201ENSMUST00000040090 2987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Traf1P39428 Sh3bp2-203ENSMUST00000118545 3034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Traf1P39428 Nt5c-202ENSMUST00000106530 836 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Traf1P39428 Gm14140-201ENSMUST00000119999 995 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
Traf1P39428 Gm15492-201ENSMUST00000156734 606 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Traf1P39428 BC051226-201ENSMUST00000172526 837 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Traf1P39428 Gm27646-201ENSMUST00000183989 110 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
Traf1P39428 AC084391.1-201ENSMUST00000200651 141 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
Traf1P39428 AC154222.1-201ENSMUST00000223882 475 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
Traf1P39428 AC159106.1-201ENSMUST00000224421 690 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
Traf1P39428 Cela3a-201ENSMUST00000024200 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Traf1P39428 Batf-201ENSMUST00000040536 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Traf1P39428 Dnph1-201ENSMUST00000046497 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Traf1P39428 2010003K11Rik-201ENSMUST00000048482 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Traf1P39428 Rhox6-201ENSMUST00000006362 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Traf1P39428 1700034J05Rik-202ENSMUST00000111622 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Traf1P39428 Ppp2r1b-211ENSMUST00000176798 2074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Traf1P39428 Nipal3-201ENSMUST00000102549 5153 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34.8 ms