Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Lrrc45-201ENSMUST00000026139 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Nyx-201ENSMUST00000050434 5183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Ppm1e-201ENSMUST00000055438 6344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Klhl42-201ENSMUST00000036003 6267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Adgrb2-205ENSMUST00000106017 5104 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Rgl2-201ENSMUST00000047503 3252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Anp32a-201ENSMUST00000085519 2113 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Shank3-202ENSMUST00000066545 4702 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Zfx-204ENSMUST00000113927 6933 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Cd82-205ENSMUST00000116457 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Arid4b-204ENSMUST00000110536 5783 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Fam214a-202ENSMUST00000170846 4355 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Capn15-205ENSMUST00000212520 5216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Rcc2-201ENSMUST00000038893 3767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Fam46b-201ENSMUST00000051676 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Snx2-201ENSMUST00000037850 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Gm8097-201ENSMUST00000117903 829 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12260-201ENSMUST00000122447 411 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12497-201ENSMUST00000138778 237 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Gm27702-201ENSMUST00000184512 56 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem270-202ENSMUST00000201316 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Gm42670-201ENSMUST00000201816 1292 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Ap2s1-204ENSMUST00000205607 372 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Cfd-202ENSMUST00000217837 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 AC164441.1-201ENSMUST00000221369 1004 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 AC154757.1-201ENSMUST00000228289 336 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 BC031181-201ENSMUST00000040284 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Mrgpra9-201ENSMUST00000098436 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Bicdl1-204ENSMUST00000121746 1568 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Gramd3-201ENSMUST00000070166 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Snx9-201ENSMUST00000002436 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Pick1-202ENSMUST00000053926 2415 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Mtx2-201ENSMUST00000028511 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Tox2-201ENSMUST00000099110 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13327-201ENSMUST00000133391 2741 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Pskh1-201ENSMUST00000049699 3255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Atxn7l3-201ENSMUST00000073234 3688 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Tcp11-202ENSMUST00000043925 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Adamts19-201ENSMUST00000052907 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Bend6-204ENSMUST00000129464 1750 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Cyp21a1-201ENSMUST00000025223 2058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Ankrd13b-201ENSMUST00000037593 3105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10505-201ENSMUST00000151398 1587 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Nt5c-202ENSMUST00000106530 836 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Gm4459-201ENSMUST00000118750 468 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16194-203ENSMUST00000141239 362 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Gm3336-201ENSMUST00000179347 1149 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Calcb-203ENSMUST00000182816 706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6550-201ENSMUST00000187574 993 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Pih1d1-206ENSMUST00000210139 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Gm3336-202ENSMUST00000213065 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 AV026068-213ENSMUST00000223675 1171 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 AC154222.1-201ENSMUST00000223882 475 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 1700021F07Rik-201ENSMUST00000029023 646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Anapc15-202ENSMUST00000035395 836 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Slbp-202ENSMUST00000075670 1027 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h2bg-201ENSMUST00000079251 618 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h2bn-201ENSMUST00000091709 381 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Pik3ip1-202ENSMUST00000093399 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Wscd1-203ENSMUST00000108511 2866 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Chaf1b-201ENSMUST00000023666 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Tuba8-201ENSMUST00000032233 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Cachd1-202ENSMUST00000097955 4277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Akp-ps1-202ENSMUST00000212812 1959 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Itgb4-201ENSMUST00000021107 6014 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Ranbp9-201ENSMUST00000144326 3371 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Adcy3-207ENSMUST00000152065 4728 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Pkn2-201ENSMUST00000043812 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Ubr2-201ENSMUST00000113335 5691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Coq6-202ENSMUST00000110276 1776 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Lmo4-202ENSMUST00000121112 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 A230072C01Rik-202ENSMUST00000136447 1412 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Aaed1-202ENSMUST00000220895 2858 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Scube3-201ENSMUST00000043503 6699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Zbtb11-201ENSMUST00000050248 4920 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26752-201ENSMUST00000181086 1537 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Gm40773-201ENSMUST00000218113 1502 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Ggnbp1-201ENSMUST00000053683 1525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Gnb2-212ENSMUST00000150063 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2j2-213ENSMUST00000166489 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ccdc3Q9D6Y1 Sirt6-202ENSMUST00000119324 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ccdc3Q9D6Y1 Chst13-201ENSMUST00000070890 1653 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ccdc3Q9D6Y1 Apoa5-202ENSMUST00000121598 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ccdc3Q9D6Y1 Rpl39l-202ENSMUST00000121292 550 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ccdc3Q9D6Y1 Ptpa-208ENSMUST00000131476 989 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ccdc3Q9D6Y1 Tex30-206ENSMUST00000133677 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ccdc3Q9D6Y1 BC048679-202ENSMUST00000144156 640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ccdc3Q9D6Y1 Egfl8-201ENSMUST00000015611 1150 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6736-201ENSMUST00000166583 948 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
Ccdc3Q9D6Y1 Dpf3-205ENSMUST00000177801 1092 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6089-201ENSMUST00000197666 938 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
Ccdc3Q9D6Y1 Fam83f-201ENSMUST00000023044 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ccdc3Q9D6Y1 Sod1-201ENSMUST00000023707 646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ccdc3Q9D6Y1 Egfl8-202ENSMUST00000097345 1064 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ccdc3Q9D6Y1 Ephb4-201ENSMUST00000061244 4340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ccdc3Q9D6Y1 Arhgef2-202ENSMUST00000107510 4390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ccdc3Q9D6Y1 Snx27-202ENSMUST00000107283 3531 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ccdc3Q9D6Y1 9930021J03Rik-204ENSMUST00000177155 6632 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ccdc3Q9D6Y1 Nlk-201ENSMUST00000142739 4444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Ccdc3Q9D6Y1 Mir22hg-202ENSMUST00000149940 1752 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.7 ms