Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Gm18115-201ENSMUST00000221209 621 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 AC154471.1-201ENSMUST00000224418 436 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Dnajc2-201ENSMUST00000030771 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Rpp25l-201ENSMUST00000038434 856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Insl6-201ENSMUST00000052380 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Pym1-201ENSMUST00000065210 1156 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Rnps1-203ENSMUST00000163717 1920 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Bdkrb1-202ENSMUST00000182899 1313 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Bdkrb1-201ENSMUST00000041229 1338 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Lrrc42-201ENSMUST00000030360 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Megf11-210ENSMUST00000164113 6018 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Snx17-201ENSMUST00000031029 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Rbm15-201ENSMUST00000061772 4343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Pfkfb4-203ENSMUST00000198140 3488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Naprt-201ENSMUST00000023237 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Hexb-201ENSMUST00000022169 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Phf7-203ENSMUST00000226565 1971 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Scube3-201ENSMUST00000043503 6699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Smyd4-201ENSMUST00000044530 3517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Zgpat-201ENSMUST00000029105 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Zbtb46-205ENSMUST00000180222 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gm38327-201ENSMUST00000195852 1755 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Prr3-209ENSMUST00000174849 581 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Flg-203ENSMUST00000178695 777 ntAPPRIS P5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Muc2-203ENSMUST00000179227 399 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Pigf-201ENSMUST00000024957 988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Mrps6-201ENSMUST00000047429 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Tfap2c-201ENSMUST00000030391 2838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Dctd-201ENSMUST00000033966 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gm10584-201ENSMUST00000207036 2628 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Cdk2-201ENSMUST00000026415 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Sil1-201ENSMUST00000025215 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Tulp3-201ENSMUST00000001562 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Miga1-205ENSMUST00000199397 2842 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Tenm3-204ENSMUST00000110346 2267 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Ewsr1-202ENSMUST00000073308 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Zkscan3-201ENSMUST00000070785 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gm13446-201ENSMUST00000124555 2033 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gm10489-201ENSMUST00000180511 1466 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Lrp8os3-201ENSMUST00000125464 1770 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Myrf-202ENSMUST00000186056 3636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 1700066M21Rik-201ENSMUST00000042734 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Mief1-202ENSMUST00000166030 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Asl-205ENSMUST00000161094 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Epb41l1-204ENSMUST00000103137 6490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gm26666-201ENSMUST00000180763 2461 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Wnt5b-201ENSMUST00000117171 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Lhx3-202ENSMUST00000054099 2184 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Pcdha2-201ENSMUST00000115662 5361 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Cutc-202ENSMUST00000112047 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gapdh-202ENSMUST00000117757 1273 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Hmga1-206ENSMUST00000119486 1003 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Fuz-206ENSMUST00000207485 1140 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Ocel1-201ENSMUST00000002469 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Yipf5-201ENSMUST00000025364 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Irf5-205ENSMUST00000167252 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Elavl3-201ENSMUST00000003501 5014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 T-201ENSMUST00000074667 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gm32996-201ENSMUST00000199828 1447 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Mrm2-201ENSMUST00000031536 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gm8258-201ENSMUST00000055593 1449 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Jph4-202ENSMUST00000124493 3200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Acbd5-204ENSMUST00000114529 3630 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Plk1-201ENSMUST00000033154 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Ruvbl2-201ENSMUST00000107771 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Sept6-203ENSMUST00000115239 1845 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Ripk3-203ENSMUST00000178399 1865 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Cdk16-201ENSMUST00000033380 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Safb-201ENSMUST00000095224 3106 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gnas-211ENSMUST00000109096 2465 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Slc45a4-204ENSMUST00000132607 2457 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 2610027K06Rik-203ENSMUST00000140673 2076 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Fam184a-201ENSMUST00000020003 4164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Dohh-202ENSMUST00000121047 946 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Mras-203ENSMUST00000122384 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Gm14453-201ENSMUST00000139677 553 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Gm26709-203ENSMUST00000223260 715 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Arhgef40-216ENSMUST00000182760 5130 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Cidec-202ENSMUST00000113089 1720 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Hps1-201ENSMUST00000026194 2647 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Xpo6-201ENSMUST00000009344 4455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Sgms1-201ENSMUST00000099514 3665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Ppp6r2-208ENSMUST00000228284 3297 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Tbc1d1-203ENSMUST00000119756 4760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Rabggta-205ENSMUST00000227061 2882 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Pld4-201ENSMUST00000063888 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Eme2-202ENSMUST00000121542 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Ginm1-201ENSMUST00000039763 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Faf1-201ENSMUST00000102724 4468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Tmtc2-201ENSMUST00000061506 5629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Nap1l4-209ENSMUST00000209098 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Kif12-201ENSMUST00000030042 2250 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Neu4-202ENSMUST00000190212 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Zfp655-206ENSMUST00000200039 1765 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Men1-201ENSMUST00000056391 2975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Rnf139-201ENSMUST00000036904 4348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Itpripl1-201ENSMUST00000110386 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Gm16061-201ENSMUST00000122167 857 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Gm16295-201ENSMUST00000139512 643 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col28a1Q2UY11 Psme2-208ENSMUST00000161807 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 48.7 ms