Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Fam133b-205ENSMUST00000197082 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp4f14-202ENSMUST00000179434 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp4f14-201ENSMUST00000054174 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd9-202ENSMUST00000128353 2577 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Ptpdc1-204ENSMUST00000222028 3164 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17271-201ENSMUST00000165535 355 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Rpph1-201ENSMUST00000175096 319 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10605-201ENSMUST00000182342 665 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 C1qa-201ENSMUST00000046285 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 C1qtnf2-201ENSMUST00000057679 1211 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Bnip2-202ENSMUST00000085393 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45244-201ENSMUST00000211328 2200 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 A230060F14Rik-202ENSMUST00000190739 1889 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 BC024978-204ENSMUST00000179391 1748 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Chst3-203ENSMUST00000167915 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 4933434E20Rik-204ENSMUST00000159064 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Ssu2-201ENSMUST00000060847 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 AC158804.1-201ENSMUST00000219046 541 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Mxi1-202ENSMUST00000025998 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc184-201ENSMUST00000031914 2329 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Galnt1-206ENSMUST00000170243 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Camk2b-205ENSMUST00000093355 1973 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Rasgrp2-205ENSMUST00000113471 535 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10499-201ENSMUST00000174094 934 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43397-201ENSMUST00000196422 481 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45091-201ENSMUST00000205799 504 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Emg1-201ENSMUST00000004379 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Lamtor4-201ENSMUST00000062067 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Rd3-203ENSMUST00000181512 1760 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Nexmif-201ENSMUST00000056502 5211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Samm50-201ENSMUST00000023071 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Rasgrp2-201ENSMUST00000035716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp13-202ENSMUST00000115516 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem164-201ENSMUST00000087333 5149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Tdg-201ENSMUST00000092266 2959 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13327-201ENSMUST00000133391 2741 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Igdcc3-201ENSMUST00000034961 3146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkn1b-203ENSMUST00000204807 1757 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr55-201ENSMUST00000112168 948 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Cby3-202ENSMUST00000164067 731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Bcl2l2-204ENSMUST00000172844 498 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Mir7036b-201ENSMUST00000184791 63 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Thap4-205ENSMUST00000189728 713 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Cldn25-ps-201ENSMUST00000197641 693 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Pnliprp2-201ENSMUST00000026081 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Aipl1-201ENSMUST00000048207 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Tnfsf13-202ENSMUST00000108648 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Golt1a-201ENSMUST00000094557 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Trip6-201ENSMUST00000024119 2168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Tcp1-209ENSMUST00000151287 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Ntng1-203ENSMUST00000106570 1386 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Uso1-204ENSMUST00000202155 3707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 AC130669.1-201ENSMUST00000228537 1672 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Yy1-201ENSMUST00000021692 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Snai1-201ENSMUST00000052631 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Bad-203ENSMUST00000113426 740 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11453-201ENSMUST00000117318 1007 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9385-201ENSMUST00000117563 472 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12008-201ENSMUST00000117791 755 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14722-201ENSMUST00000118943 689 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 5430405H02Rik-203ENSMUST00000185402 904 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Mlnr-ps-201ENSMUST00000208959 969 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf170-209ENSMUST00000209300 1881 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 4930448E22Rik-202ENSMUST00000215242 2102 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Wnt1-201ENSMUST00000023734 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20708-201ENSMUST00000132298 1780 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 A530084C06Rik-201ENSMUST00000170573 3200 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Acbd5-206ENSMUST00000155602 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Chst14-202ENSMUST00000110837 1991 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Epm2a-201ENSMUST00000069106 3287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Fiz1-202ENSMUST00000165320 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxa13-202ENSMUST00000114416 769 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Bnipl-204ENSMUST00000137250 1251 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Gm30684-201ENSMUST00000205632 600 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Calcb-201ENSMUST00000032902 962 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Pard6a-202ENSMUST00000098444 1273 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf122-205ENSMUST00000217278 1726 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Plekhh3-201ENSMUST00000043397 3056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Pskh1-201ENSMUST00000049699 3255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Anks6-202ENSMUST00000107747 3980 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Sertad4-204ENSMUST00000155579 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Tspan31-201ENSMUST00000060991 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Cr1l-208ENSMUST00000194111 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Max-202ENSMUST00000110395 1942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Styxl1-204ENSMUST00000111163 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13365-201ENSMUST00000121188 973 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Hddc3-206ENSMUST00000206074 565 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Cdipt-205ENSMUST00000206450 951 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr20-201ENSMUST00000064166 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr520-201ENSMUST00000098264 951 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Wasf1-202ENSMUST00000105509 2719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Irf1-201ENSMUST00000019043 2069 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Agpat3-203ENSMUST00000105388 3681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2109-201ENSMUST00000189326 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 AL691505.1-201ENSMUST00000219965 1618 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Trafd1-202ENSMUST00000120784 2425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Wnt5b-201ENSMUST00000117171 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Chst5-201ENSMUST00000034430 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Ltbp4-205ENSMUST00000121175 5118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Pitpnm1-201ENSMUST00000049658 4206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.2 ms