Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Jph4-201ENSMUST00000022819 4489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Acsl3-201ENSMUST00000035779 3950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Kdf1-201ENSMUST00000042919 1708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Tmem266-201ENSMUST00000034862 2408 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Cux2-201ENSMUST00000086317 5113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Slc24a4-202ENSMUST00000159329 4465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Spire2-202ENSMUST00000212404 2158 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Dnajc1-209ENSMUST00000166495 5497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Rogdi-207ENSMUST00000202281 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Nsfl1c-201ENSMUST00000028949 1364 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Zfp629-206ENSMUST00000132524 215 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gm14114-201ENSMUST00000139345 287 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 C130032M10Rik-201ENSMUST00000180393 728 ntAPPRIS P1 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gm4217-201ENSMUST00000182243 1002 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gm7791-201ENSMUST00000219066 539 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gng11-201ENSMUST00000031670 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Nthl1-201ENSMUST00000047611 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Lsm10-201ENSMUST00000055575 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Zfp689-202ENSMUST00000106299 1417 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gtf3a-201ENSMUST00000132102 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Trmt1-201ENSMUST00000001974 2567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Pdlim5-211ENSMUST00000198381 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Pcolce-202ENSMUST00000054564 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Smtn-201ENSMUST00000020718 1747 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Phf21b-203ENSMUST00000159939 3639 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gypc-203ENSMUST00000174459 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Zfp451-201ENSMUST00000019861 3958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Rcbtb1-201ENSMUST00000022551 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Med20-201ENSMUST00000024778 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Rab23-201ENSMUST00000088287 4322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 C2cd2-201ENSMUST00000170757 6555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Cyp2ab1-201ENSMUST00000023513 2720 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Rab32-201ENSMUST00000019974 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Casq1-201ENSMUST00000003554 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gm26752-201ENSMUST00000181086 1537 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Dlgap1-207ENSMUST00000133983 7173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Myo15b-202ENSMUST00000093911 9340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Tmem184b-201ENSMUST00000074991 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Akirin1-201ENSMUST00000102636 3052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Ptpa-203ENSMUST00000113603 2169 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Ppp1r12b-202ENSMUST00000086444 3137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 5730480H06Rik-205ENSMUST00000196950 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Pald1-201ENSMUST00000020289 4282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gm36967-201ENSMUST00000193814 266 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Efcab11-207ENSMUST00000223114 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Pldi-201ENSMUST00000036304 853 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Dnm2-211ENSMUST00000173397 3510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Secisbp2-202ENSMUST00000110044 1915 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gm14026-201ENSMUST00000120625 1789 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Tubb6-201ENSMUST00000001513 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Miip-206ENSMUST00000172710 1769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gm26697-201ENSMUST00000180898 1760 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Nr3c2-203ENSMUST00000109912 5675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Trim11-201ENSMUST00000093061 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Abraxas1-202ENSMUST00000055245 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gm26781-201ENSMUST00000181385 1477 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Rarb-201ENSMUST00000063750 3108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 1600020E01Rik-207ENSMUST00000204738 1997 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Slc22a1-201ENSMUST00000024596 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Mpdu1-201ENSMUST00000018905 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Tyro3-201ENSMUST00000028763 3989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Map3k7cl-201ENSMUST00000026700 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Cep44-201ENSMUST00000040330 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Slc29a1-222ENSMUST00000171847 2033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Ric8b-201ENSMUST00000038523 3069 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Syf2-201ENSMUST00000030622 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gbe1-203ENSMUST00000163832 2984 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Zfp264-201ENSMUST00000208656 1563 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Dmtn-201ENSMUST00000022694 5418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Rftn1-201ENSMUST00000044503 4029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Tfap2b-202ENSMUST00000064976 1946 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Rgp1-203ENSMUST00000117140 1635 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Prrg2-208ENSMUST00000210690 1623 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Rhot1-203ENSMUST00000077451 3297 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gm14641-201ENSMUST00000136486 452 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Steap1-201ENSMUST00000015796 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gm25016-201ENSMUST00000158399 131 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Samd13-205ENSMUST00000197989 591 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Ube2t-201ENSMUST00000027687 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Kazn-201ENSMUST00000036476 3843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Ly6h-202ENSMUST00000065417 985 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Col2a1-201ENSMUST00000023123 5104 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Rnf13-205ENSMUST00000198214 2027 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Sp8-201ENSMUST00000063918 4478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 C2cd2l-206ENSMUST00000214602 2808 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gpr37l1-201ENSMUST00000027682 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Mff-211ENSMUST00000161648 1715 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gm26904-201ENSMUST00000181301 1742 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Ppp3cb-206ENSMUST00000161989 2322 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Rps6kl1-201ENSMUST00000019379 2304 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Agbl3-204ENSMUST00000115016 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Klf15-204ENSMUST00000203607 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Barhl1-201ENSMUST00000050776 3666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Ggnbp2-211ENSMUST00000168434 3056 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Erf-201ENSMUST00000045847 3505 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Slc5a5-201ENSMUST00000000809 2928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Hnrnpul1-205ENSMUST00000206832 3784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Pde4a-201ENSMUST00000003395 2524 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 Gm7284-201ENSMUST00000131667 944 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Col28a1Q2UY11 4930544D05Rik-204ENSMUST00000180052 755 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.8 ms