Protein–RNA interactions for Protein: O55017

Cacna1b, Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B, mousemouse

Predictions only

Length 2,327 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cacna1bO55017 Dhx15-201ENSMUST00000031061 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Wnk2-201ENSMUST00000035538 6630 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Rarb-207ENSMUST00000225921 2756 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Gm43767-201ENSMUST00000198933 381 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 1700080E11Rik-201ENSMUST00000035180 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Rnaseh2a-201ENSMUST00000065049 1006 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Dph5-204ENSMUST00000189799 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Plppr5-201ENSMUST00000039564 4670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Hoxb4-201ENSMUST00000049241 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Sigirr-206ENSMUST00000210167 1897 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Letm1-201ENSMUST00000005431 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Gpr146-201ENSMUST00000051293 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Vac14-201ENSMUST00000034190 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Qprt-201ENSMUST00000032912 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Rbpms-201ENSMUST00000033994 2375 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Man2a1-201ENSMUST00000086723 6991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Zkscan2-203ENSMUST00000128217 2218 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Camsap2-201ENSMUST00000048309 7823 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Traf2-202ENSMUST00000114234 2151 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 D430001F17Rik-201ENSMUST00000141344 1858 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Tubb4b-201ENSMUST00000043584 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Gm7336-201ENSMUST00000107041 1232 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Zfp715-201ENSMUST00000012796 907 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Ybx1-ps2-201ENSMUST00000201305 957 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 AC124732.2-201ENSMUST00000221977 316 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Yipf4-201ENSMUST00000024873 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 A230072E10Rik-203ENSMUST00000175942 2940 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Mycbpap-201ENSMUST00000040692 1512 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Appl2-201ENSMUST00000020500 3020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Gm45844-202ENSMUST00000209325 2450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Ppp2r1b-206ENSMUST00000175645 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Clasrp-201ENSMUST00000086041 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Adra2a-201ENSMUST00000036700 3801 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Tmem237-201ENSMUST00000087475 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 AC126250.1-201ENSMUST00000228343 1768 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Adk-201ENSMUST00000045376 1782 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Shroom4-202ENSMUST00000103005 4839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Trav3-1-201ENSMUST00000103569 385 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Trav3-4-201ENSMUST00000103670 458 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Erp29-201ENSMUST00000052590 1123 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Chst3-203ENSMUST00000167915 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Cxcl12-202ENSMUST00000112866 1878 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Rab3a-202ENSMUST00000110090 1375 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Rab34-201ENSMUST00000002128 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Fbxw11-203ENSMUST00000109366 3821 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Rps6ka3-201ENSMUST00000033671 7244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Pex1-202ENSMUST00000121291 4555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Cacna1bO55017 Zfp119b-201ENSMUST00000056147 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Hist1h2br-202ENSMUST00000110476 381 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Wdr38-202ENSMUST00000112872 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Gm11788-201ENSMUST00000142520 562 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 A530058N18Rik-205ENSMUST00000143993 550 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 A930006K02Rik-201ENSMUST00000149172 776 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Gm17399-201ENSMUST00000181824 1181 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Hrasls5-201ENSMUST00000025929 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Crygn-201ENSMUST00000047119 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Hist1h2bq-201ENSMUST00000078156 381 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Nectin3-202ENSMUST00000023335 9116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Slc39a14-201ENSMUST00000022688 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Tmco4-202ENSMUST00000050949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Zfp648-201ENSMUST00000086195 1892 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Cd164-201ENSMUST00000019962 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Simc1-202ENSMUST00000121401 4819 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Mdh2-201ENSMUST00000019323 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Hist1h3e-201ENSMUST00000105107 836 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Zfp637-202ENSMUST00000112859 421 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 1700016B15Rik-201ENSMUST00000209027 733 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Tpd52l1-202ENSMUST00000213528 969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Tex12-201ENSMUST00000034568 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 2900055J20Rik-201ENSMUST00000096572 723 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Vegfa-201ENSMUST00000024747 2765 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Rps6kb2-202ENSMUST00000118483 1409 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Arhgef7-205ENSMUST00000110909 4926 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 1700010B13Rik-202ENSMUST00000189435 1549 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Cnot9-201ENSMUST00000087215 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Zbtb22-201ENSMUST00000053429 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Slc22a3-201ENSMUST00000024595 3501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Gm12355-201ENSMUST00000104933 1311 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Rps7-ps2-201ENSMUST00000219719 1347 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Pfkfb4-203ENSMUST00000198140 3488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 4930544D05Rik-203ENSMUST00000144960 624 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Cfdp1-201ENSMUST00000034432 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Tssk3-201ENSMUST00000000421 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Kif7-201ENSMUST00000059836 4521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Xpo4-209ENSMUST00000174545 8680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Nkiras2-201ENSMUST00000017981 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Crhbp-202ENSMUST00000221025 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Prkag1-201ENSMUST00000168846 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Tbp-201ENSMUST00000014911 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Mtmr3-202ENSMUST00000109943 5674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Syngr3-201ENSMUST00000007236 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Ifna12-201ENSMUST00000102806 797 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Mdk-204ENSMUST00000111309 771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Gm11724-201ENSMUST00000125577 472 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Ccl25-205ENSMUST00000127460 867 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Dusp3-205ENSMUST00000143177 391 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Gm11515-201ENSMUST00000150818 701 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Gm16163-201ENSMUST00000161868 1119 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Cox6b2-203ENSMUST00000182111 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Cacna1bO55017 Gm39228-201ENSMUST00000212456 301 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.8 ms