Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Vamp8-201ENSMUST00000059983 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 4933433G15Rik-201ENSMUST00000180533 1481 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Tbp-201ENSMUST00000014911 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Hnrnpl-202ENSMUST00000172529 1898 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Sirt6-201ENSMUST00000042923 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Col11a2-201ENSMUST00000087497 6048 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Shank1-201ENSMUST00000107934 6477 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Add1-204ENSMUST00000114338 4007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Snx8-204ENSMUST00000196130 2547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Dvl2-201ENSMUST00000019362 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Fam76a-202ENSMUST00000097856 1863 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Megf11-210ENSMUST00000164113 6018 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Tssc4-206ENSMUST00000177841 1364 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Mif4gd-201ENSMUST00000021087 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Csrp3-202ENSMUST00000167786 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7230-201ENSMUST00000173026 815 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Ccnd3-208ENSMUST00000182539 931 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Gm5264-201ENSMUST00000190584 848 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 AC159093.1-201ENSMUST00000227779 380 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 6030408B16Rik-201ENSMUST00000071328 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Psma5-201ENSMUST00000090569 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Ints8-201ENSMUST00000044616 3433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Sgpp1-201ENSMUST00000021450 3323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Nes-201ENSMUST00000090973 6126 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Rbm47-203ENSMUST00000113724 2186 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Chst5-201ENSMUST00000034430 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Cnih1-201ENSMUST00000015903 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Inhba-202ENSMUST00000164993 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Zswim1-201ENSMUST00000017908 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 P2rx4-201ENSMUST00000031429 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Slc35f1-201ENSMUST00000105473 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Seh1l-201ENSMUST00000025421 3516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Heyl-201ENSMUST00000040821 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43072-201ENSMUST00000200283 1671 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 C2cd2-201ENSMUST00000170757 6555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13283-201ENSMUST00000191112 1463 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Fbrsl1-201ENSMUST00000056124 2700 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Tjap1-214ENSMUST00000225413 2189 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Stxbp3-201ENSMUST00000102621 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Higd1b-202ENSMUST00000107072 497 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Higd1b-203ENSMUST00000107073 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Trappc6a-202ENSMUST00000108455 651 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Gm20878-206ENSMUST00000153997 903 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7507-201ENSMUST00000183053 1008 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Gm44107-201ENSMUST00000203242 573 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 1300002E11Rik-207ENSMUST00000211443 767 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Higd1b-201ENSMUST00000021302 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Nek4-204ENSMUST00000226833 1252 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Lsmem1-201ENSMUST00000095760 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Dok3-202ENSMUST00000223563 1644 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Hpcal1-201ENSMUST00000071858 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc71l-201ENSMUST00000172332 4240 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Nadk-203ENSMUST00000105613 3152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Actr8-201ENSMUST00000016115 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Tmed9-201ENSMUST00000109905 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Ado-201ENSMUST00000075686 4445 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Bend4-201ENSMUST00000169190 7935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Clcn3-203ENSMUST00000093490 5518 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Kcmf1-201ENSMUST00000068697 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Syt6-202ENSMUST00000117221 4394 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Sphk1-201ENSMUST00000063396 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Bpifb3-201ENSMUST00000088950 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Spef1-201ENSMUST00000028801 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Prkcb-201ENSMUST00000064921 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Slc6a1-204ENSMUST00000204074 1740 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Cdh24-201ENSMUST00000067784 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Kat2a-202ENSMUST00000103118 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Vegfa-201ENSMUST00000024747 2765 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Gm17200-201ENSMUST00000170214 2022 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Degs1-201ENSMUST00000035295 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Sox1ot-201ENSMUST00000080795 5064 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Dtx2-202ENSMUST00000111142 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Commd6-201ENSMUST00000100339 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 1700008O03Rik-201ENSMUST00000107933 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11779-201ENSMUST00000118541 368 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12480-201ENSMUST00000129576 774 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11750-201ENSMUST00000146016 583 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 1700023H06Rik-201ENSMUST00000161006 1044 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Rps13-ps1-201ENSMUST00000183478 538 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Gm44264-201ENSMUST00000203049 742 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Psmb5-202ENSMUST00000227257 622 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Rbpms-202ENSMUST00000033995 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Apof-201ENSMUST00000050901 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Hbb-bt-201ENSMUST00000098192 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Galnt13-203ENSMUST00000112635 7531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Dtx2-204ENSMUST00000111145 2493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Anapc7-201ENSMUST00000031422 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Caln1-203ENSMUST00000111288 9327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Mapk1ip1-203ENSMUST00000119664 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Rps6kb2-201ENSMUST00000025749 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 2810039B14Rik-201ENSMUST00000183928 1459 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Dnal4-201ENSMUST00000023055 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Trpc1-204ENSMUST00000189137 4559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.06
Ccdc3Q9D6Y1 Sfmbt1-201ENSMUST00000054230 7837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Sh3yl1-201ENSMUST00000020997 1750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Cdkn1a-201ENSMUST00000023829 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Pgc-201ENSMUST00000024782 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Phax-201ENSMUST00000008445 1942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Mvk-201ENSMUST00000043760 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Ccdc3Q9D6Y1 Ankrd23-201ENSMUST00000054665 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 65.4 ms