Protein–RNA interactions for Protein: Q5I043

Usp28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, mousemouse

Predictions only

Length 1,051 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp28Q5I043 Atp5g2-201ENSMUST00000075630 441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Hmbs-201ENSMUST00000077353 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 B4galt3-201ENSMUST00000064272 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Gm16201-202ENSMUST00000139218 2330 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Dnajc3-201ENSMUST00000022734 5141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Ptpro-203ENSMUST00000167679 5096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Antxr1-205ENSMUST00000205033 3160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Mier2-212ENSMUST00000172158 1400 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Rpl5-201ENSMUST00000082223 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Dcaf5-201ENSMUST00000054145 5706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Ap1s1-201ENSMUST00000111080 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Dusp12-201ENSMUST00000027970 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Nap1l4-209ENSMUST00000209098 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Cnot11-203ENSMUST00000161515 3482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Igfbp2-201ENSMUST00000047328 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Slc35f4-205ENSMUST00000146164 2480 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Myod1-201ENSMUST00000072514 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Ubtf-205ENSMUST00000107119 3013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Gdpd2-202ENSMUST00000113744 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Gm10013-201ENSMUST00000106074 672 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Gfod2-203ENSMUST00000155038 951 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Grtp1-204ENSMUST00000209691 1030 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Rasgrp1-201ENSMUST00000102534 5229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Naa50-203ENSMUST00000159514 3756 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Papolb-201ENSMUST00000099400 4239 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Eif4g3-202ENSMUST00000084214 6139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Gm12866-201ENSMUST00000128998 1671 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Prex1-201ENSMUST00000036719 6533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Tmem266-201ENSMUST00000034862 2408 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 P2ry2-206ENSMUST00000208340 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Ovca2-201ENSMUST00000071562 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Soga3-201ENSMUST00000092629 4105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Mon2-202ENSMUST00000073792 9301 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Akap1-201ENSMUST00000018572 3758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Des-201ENSMUST00000027409 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Med7-203ENSMUST00000109232 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Prkab1-202ENSMUST00000111999 2026 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Layn-204ENSMUST00000217212 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Sigirr-201ENSMUST00000097958 1990 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Zfp64-202ENSMUST00000109161 1009 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Pdxdc1-203ENSMUST00000115803 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Gm6623-201ENSMUST00000173570 544 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Pagr1a-203ENSMUST00000206416 558 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Snapc3-202ENSMUST00000071544 942 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Rpl21-202ENSMUST00000075453 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Rab10-201ENSMUST00000021001 3513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Dhodh-209ENSMUST00000143900 1455 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Fgf17-201ENSMUST00000022697 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Selplg-201ENSMUST00000100874 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Erlec1-201ENSMUST00000073192 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Snrpd2-201ENSMUST00000049294 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 H2-K1-201ENSMUST00000025181 1605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Rflnb-201ENSMUST00000021207 3512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 BC037039-201ENSMUST00000192003 2205 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Itm2c-201ENSMUST00000027425 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Gna15-201ENSMUST00000043709 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Pld4-201ENSMUST00000063888 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Tsc22d2-203ENSMUST00000199164 4659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Bud23-202ENSMUST00000085984 1516 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Abraxas1-202ENSMUST00000055245 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Osbpl1a-206ENSMUST00000121774 2931 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Emx2-201ENSMUST00000062216 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Usp6nl-202ENSMUST00000114937 7484 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Svip-201ENSMUST00000098414 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Kcnd3-202ENSMUST00000098761 7169 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Mafg-202ENSMUST00000106180 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Mafg-204ENSMUST00000106182 1104 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Bola2-203ENSMUST00000130498 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 2410004I01Rik-201ENSMUST00000138424 1187 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Gm37280-201ENSMUST00000194583 375 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 AC122465.1-201ENSMUST00000220813 1209 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 D230030E09Rik-201ENSMUST00000222459 884 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Atp23-201ENSMUST00000026504 903 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Tbc1d10b-201ENSMUST00000120705 3614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Tll1-201ENSMUST00000066166 4767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Enah-204ENSMUST00000111030 2844 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Mri1-203ENSMUST00000126435 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Unc5a-201ENSMUST00000026994 3995 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Elmo2-202ENSMUST00000074046 3502 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Trim54-202ENSMUST00000202769 1408 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Tango6-202ENSMUST00000211979 2722 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Ppp6r2-208ENSMUST00000228284 3297 ntAPPRIS P1 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Rfx5-201ENSMUST00000029772 4189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Spag16-201ENSMUST00000065425 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Sik2-201ENSMUST00000041375 3552 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Pcdhgc4-203ENSMUST00000195239 2272 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Rassf3-201ENSMUST00000026902 3522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Crem-239ENSMUST00000165086 2778 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Ctnna2-205ENSMUST00000161846 4018 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Coro1c-201ENSMUST00000004646 3491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Cep57-201ENSMUST00000034398 2523 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Spire2-202ENSMUST00000212404 2158 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Trpc3-201ENSMUST00000029271 3694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Gm9013-201ENSMUST00000132939 882 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Gm17178-201ENSMUST00000163273 357 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Samd4-204ENSMUST00000125688 1773 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Sacs-204ENSMUST00000121091 4581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Sptbn4-203ENSMUST00000108363 4724 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Sptbn4-204ENSMUST00000108364 4740 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Npas3-201ENSMUST00000101432 5879 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.1 ms