RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000486404.5

CHMP3-208, Transcript of charged multivesicular body protein 3, human

TSL 3

Gene CHMP3, Length 650 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CHMP3-208	ENST00000486404	SMYD4	Q8IYR2	804 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	STKLD1	Q8NE28	680 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	TMC2	Q8TDI7	906 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	TMEM174	Q8WUU8	243 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF516	Q92618	1163 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	MRPS31	Q92665	395 aa	Known RBP	13.77	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	IRF7	Q92985	503 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	PKMYT1	Q99640	499 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	MRPL45	Q9BRJ2	306 aa	Known RBP	13.77	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	PLA2G2F	Q9BZM2	168 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	FOXQ1	Q9C009	403 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	ANAPC1	Q9H1A4	1944 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	SMYD3	Q9H7B4	428 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	TRPV4	Q9HBA0	871 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	MAGEC2	Q9UBF1	373 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	ZMYM5	Q9UJ78	669 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	HEPACAM2	A8MVW5	462 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404		A8MXQ7	604 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF263	O14978	683 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	MAPK13	O15264	365 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	ATP2C2	O75185	946 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	CST3	P01034	146 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	EPB41	P11171	864 aa	Known RBP	13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	TRIM21	P19474	475 aa	Known RBP	13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	LMO2	P25791	158 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	PSMC2	P35998	433 aa	Known RBP	13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	AVPR1A	P37288	418 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	ANP32A	P39687	249 aa	Known RBP	13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	MAGEA11	P43364	429 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	VAMP7	P51809	220 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	DLG4	P78352	724 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	TCF15	Q12870	199 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	STIM1	Q13586	685 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	UBXN2B	Q14CS0	331 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	NFIL3	Q16649	462 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	DDR2	Q16832	855 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	SLC44A4	Q53GD3	710 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	LIMS2	Q7Z4I7	341 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	CCDC150	Q8NCX0	1101 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	PJA1	Q8NG27	643 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	ATOH1	Q92858	354 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	GSDMA	Q96QA5	445 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	GTPBP4	Q9BZE4	634 aa	Known RBP	13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	XYLT2	Q9H1B5	865 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	TASP1	Q9H6P5	420 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	MMRN2	Q9H8L6	949 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	CRTAC1	Q9NQ79	661 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	SIT1	Q9Y3P8	196 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	KANSL1L	A0AUZ9	987 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	SLC38A8	A6NNN8	435 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	TRIM66	O15016	1216 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	PI15	O43692	258 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	AKAP3	O75969	853 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	NOL4	O94818	638 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	TRIM49	P0CI25	452 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	TRIM49C	P0CI26	452 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	BDNF	P23560	247 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	DDX6	P26196	483 aa	Known RBP eCLIP	13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	GRIK1	P39086	918 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	NLRP12	P59046	1061 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	STARD6	P59095	220 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	CLDN10	P78369	228 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	ADAM9	Q13443	819 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	EDRF1	Q3B7T1	1238 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	ZACN	Q401N2	412 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF658	Q5TYW1	1059 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	POTEH	Q6S545	545 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	VSTM1	Q6UX27	236 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	ARID3B	Q8IVW6	561 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	MFSD6L	Q8IWD5	586 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	DTWD2	Q8NBA8	298 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	B3GALNT2	Q8NCR0	500 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	MYCBPAP	Q8TBZ2	947 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	CSGALNACT1	Q8TDX6	532 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	PCED1B	Q96HM7	432 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	TIGD1	Q96MW7	591 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	ELOVL4	Q9GZR5	314 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	IL21	Q9HBE4	155 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	TRPC7	Q9HCX4	862 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	HEBP1	Q9NRV9	189 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	MRPS17	Q9Y2R5	130 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404		H0Y858	1186 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	IKBKB	O14920	756 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	CETN3	O15182	167 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	PRAMEF12	O95522	483 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	C4BPA	P04003	597 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	DCN	P07585	359 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	FAM163B	P0C2L3	166 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	RAP1GAP	P47736	663 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	GCLM	P48507	274 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	SGSM1	Q2NKQ1	1148 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	FAM171B	Q6P995	826 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF852	Q6ZMS4	543 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	GPIHBP1	Q8IV16	184 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	MAB21L3	Q8N8X9	362 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	ENGASE	Q8NFI3	743 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	TAF4B	Q92750	862 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	TRMT2B	Q96GJ1	504 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	TNIP3	Q96KP6	325 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CHMP3-208	ENST00000486404	MED10	Q9BTT4	135 aa		13.74	□□□□□ -0.21

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