RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	FDCSP	Q8NFU4	85 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	OR13C9	Q8NGT0	318 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	KCNG3	Q8TAE7	436 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	FNDC9	Q8TBE3	224 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247		Q8TCH9	128 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	APH1A	Q96BI3	265 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	SEH1L	Q96EE3	360 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	CPNE2	Q96FN4	548 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	RNF170	Q96K19	258 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	ALKBH3	Q96Q83	286 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	TM2D1	Q9BX74	207 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	ALX4	Q9H161	411 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	ZMAT3	Q9HA38	289 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	NEK6	Q9HC98	313 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	MCUB	Q9NWR8	336 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC2A8	Q9NY64	477 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	B3GNT2	Q9NY97	397 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	KLK11	Q9UBX7	282 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF221	Q9UK13	617 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	CLEC4A	Q9UMR7	237 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	LIPG	Q9Y5X9	500 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	NPTN	Q9Y639	398 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	EP300	Q09472	2414 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	FREM3	P0C091	2139 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	WDFY4	Q6ZS81	3184 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	KIAA1549	Q9HCM3	1950 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	hCG_38984	A0A1B0GV85	526 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A1W2PRX2	142 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	SNRPGP15	A8MWD9	76 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247		F5H5K5	113 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	XRCC2	O43543	280 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	GMDS	O60547	372 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	SERPINA5	P05154	406 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	AKAIN1	P0CW23	69 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC2A1	P11166	492 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	B4GALT1	P15291	398 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	PRKACB	P22694	351 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	GIF	P27352	417 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	MPG	P29372	298 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	AGTR1	P30556	359 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	RCVRN	P35243	200 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	ARR3	P36575	388 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	RFC3	P40938	356 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	PMEL	P40967	661 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	OR3A2	P47893	321 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	HTR5A	P47898	357 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	EIF2B2	P49770	351 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	GZMK	P49863	264 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	TAS2R19	P59542	299 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	ZP1	P60852	638 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	RPS27A	P62979	156 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	ARF1	P84077	181 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	GALK2	Q01415	458 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	RIPPLY1	Q0D2K3	151 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	MRPL49	Q13405	166 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	TNK1	Q13470	666 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	ARL6IP1	Q15041	203 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	PPA1	Q15181	289 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	KISS1	Q15726	138 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	UBE2V2	Q15819	145 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	PNLIPRP3	Q17RR3	467 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	SNAI3	Q3KNW1	292 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	TBRG1	Q3YBR2	411 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	PABPC1L2A	Q5JQF8	200 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM255A	Q5JRV8	349 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF774	Q6NX45	483 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	NAA40	Q86UY6	237 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	GLCCI1	Q86VQ1	547 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	TUSC5	Q8IXB3	177 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC36	Q8IYA8	594 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	UBE2J2	Q8N2K1	259 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	LRRC18	Q8N456	261 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	ZBTB8B	Q8NAP8	495 aa	Predicted RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	SEMA6D	Q8NFY4	1073 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	OR10R2	Q8NGX6	335 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	FGFBP3	Q8TAT2	258 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	AKAP1	Q92667	903 aa	Known RBP eCLIP	4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	PIGT	Q969N2	578 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM46B	Q96A09	425 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	REEP6	Q96HR9	211 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	GMPPA	Q96IJ6	420 aa	Predicted RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM71F1	Q96KD3	344 aa	Predicted RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	LPAR5	Q9H1C0	372 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	C20orf85	Q9H1P6	137 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	ATG5	Q9H1Y0	275 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	OPA3	Q9H6K4	179 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	NUDT15	Q9NV35	164 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	PTTG3P	Q9NZH4	202 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	IL36G	Q9NZH8	169 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	MRPS28	Q9Y2Q9	187 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	N6AMT1	Q9Y5N5	214 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	LOC100509620	A0A075B734	347 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A0A6YYD4	124 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC22A20	A6NK97	555 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247		A6NL46	340 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	CEACAM18	A8MTB9	384 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	PRSS44	E7EML9	344 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247		H3BSH0	61 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	F2RL2	O00254	374 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG4A-208	ENST00000489247	MFNG	O00587	321 aa		4.78	□□□□□ -1.64

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 65.2 ms