Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Rgl3-201ENSMUST00000045726 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Sox13-205ENSMUST00000153799 3693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Srrm3-204ENSMUST00000144211 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Ccdc154-202ENSMUST00000182292 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Tbc1d1-203ENSMUST00000119756 4760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Slc45a4-204ENSMUST00000132607 2457 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Spsb2-203ENSMUST00000112473 1322 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 5830415G21Rik-201ENSMUST00000192543 1332 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 4930448E22Rik-201ENSMUST00000181712 1581 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Saysd1-201ENSMUST00000059666 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Stx6-201ENSMUST00000027743 4589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Cep170b-211ENSMUST00000222711 6566 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Barhl1-201ENSMUST00000050776 3666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 4931440P22Rik-202ENSMUST00000147424 2430 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Tomm70a-201ENSMUST00000166897 3778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Zkscan6-202ENSMUST00000071465 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Ndufs2-202ENSMUST00000111318 1545 ntTSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Atg5-201ENSMUST00000039286 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Flrt2-202ENSMUST00000110117 3223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Fbxo28-201ENSMUST00000051431 4925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Dcxr-202ENSMUST00000106148 830 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Zfp64-202ENSMUST00000109161 1009 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 4930526A20Rik-201ENSMUST00000134228 941 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Ccl27a-219ENSMUST00000173865 657 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Flg-203ENSMUST00000178695 777 ntAPPRIS P5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 AC159205.6-201ENSMUST00000224935 887 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Sec11c-201ENSMUST00000025394 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Mrps28-201ENSMUST00000042148 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
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Ddx28Q9CWT6 Lrch3-210ENSMUST00000170201 2902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Coro1a-202ENSMUST00000106364 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Kif7-203ENSMUST00000183846 4577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Kdm6b-201ENSMUST00000094077 6654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Cdk9-202ENSMUST00000120105 1565 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Gpd1l-204ENSMUST00000146623 4391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Cdkn1b-201ENSMUST00000003115 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Klhl40-201ENSMUST00000098272 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Six4-201ENSMUST00000043208 6402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Mid1ip1-202ENSMUST00000115524 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Asph-210ENSMUST00000108337 2836 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Zar1-201ENSMUST00000073528 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Coil-202ENSMUST00000107898 3120 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
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Ddx28Q9CWT6 Acot7-206ENSMUST00000167926 1505 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Actl10-202ENSMUST00000226583 1501 ntBASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Tmem229b-201ENSMUST00000056660 3860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Pqlc1-205ENSMUST00000131780 2080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 A4galt-201ENSMUST00000049530 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Dlg5-203ENSMUST00000090398 7851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Tns1-222ENSMUST00000212888 5643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Pigw-202ENSMUST00000108080 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Gm6433-201ENSMUST00000118634 875 ntBASIC14.93□□□□□ -0.02
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Ddx28Q9CWT6 Zfpl1-201ENSMUST00000025707 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Gm16759-201ENSMUST00000126238 1393 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Tcf25-205ENSMUST00000212470 2572 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Mfge8-201ENSMUST00000032825 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Zpbp2-203ENSMUST00000107509 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Gm15582-201ENSMUST00000132849 1581 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Gm26568-201ENSMUST00000180496 1594 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Slco3a1-201ENSMUST00000026897 4589 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
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Ddx28Q9CWT6 Med14-202ENSMUST00000096495 6963 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Pdgfa-202ENSMUST00000076095 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Lrrfip1-212ENSMUST00000189617 2155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Adipor1-201ENSMUST00000027727 3123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Ppp1r12b-202ENSMUST00000086444 3137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Gtf3a-201ENSMUST00000132102 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
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Ddx28Q9CWT6 Zfp326-201ENSMUST00000031227 2667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Olfr1372-ps1-202ENSMUST00000203403 9812 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Ccnj-202ENSMUST00000119316 3763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Mphosph8-201ENSMUST00000116468 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Ablim1-204ENSMUST00000111524 1251 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Pgpep1-208ENSMUST00000211715 676 ntTSL 3 BASIC14.92□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Atp23-201ENSMUST00000026504 903 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Prok1-201ENSMUST00000049852 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Psmd6-201ENSMUST00000022256 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Dusp12-201ENSMUST00000027970 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Sema6d-201ENSMUST00000051419 4503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Pcolce-202ENSMUST00000054564 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Tubb6-201ENSMUST00000001513 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Snx1-201ENSMUST00000034946 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Adam23-205ENSMUST00000114107 6110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Mief2-201ENSMUST00000018743 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Irf3-201ENSMUST00000003284 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Hoxd3-203ENSMUST00000111983 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Krt84-201ENSMUST00000023720 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Rab7-203ENSMUST00000113597 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Pacs2-202ENSMUST00000220541 3101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Nisch-221ENSMUST00000171735 1763 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Tra2a-201ENSMUST00000031841 1799 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Nupl2-201ENSMUST00000049887 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Nisch-208ENSMUST00000165981 2415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Cpeb2-205ENSMUST00000169035 7050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Ankra2-204ENSMUST00000150352 2217 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Atp5g1-202ENSMUST00000107684 596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 1810062O18Rik-202ENSMUST00000128848 745 ntTSL 3 BASIC14.91□□□□□ -0.02
Ddx28Q9CWT6 Gm18115-201ENSMUST00000221209 621 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 45.9 ms