Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Nudt16l1-201ENSMUST00000050881 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Bloc1s3-201ENSMUST00000077408 3188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Pofut1-203ENSMUST00000099192 1385 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Syn1-201ENSMUST00000081893 3209 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Ttc13-203ENSMUST00000118134 3277 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 4933434E20Rik-209ENSMUST00000162114 1411 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Cbx8-201ENSMUST00000026663 3580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Ghrhr-201ENSMUST00000063578 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Vill-207ENSMUST00000141185 1645 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Zfp219-212ENSMUST00000228580 2812 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Arntl-201ENSMUST00000047321 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Simc1-202ENSMUST00000121401 4819 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Prmt1-203ENSMUST00000207370 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Knl1-201ENSMUST00000028799 5527 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Nefh-201ENSMUST00000093369 3994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Pde4d-208ENSMUST00000120671 2455 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Nploc4-201ENSMUST00000044271 4121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Galnt18-201ENSMUST00000049430 2575 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Robo3-202ENSMUST00000115038 4797 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Zic5-201ENSMUST00000039118 4767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Nhsl1-209ENSMUST00000207038 4854 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Smad3-201ENSMUST00000034973 5090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Cpd-201ENSMUST00000021201 7946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Rnf181-203ENSMUST00000114095 869 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Gm13830-201ENSMUST00000124378 417 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Mrps12-204ENSMUST00000171183 883 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Gm29246-201ENSMUST00000189221 349 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Pabpn1l-202ENSMUST00000212966 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Tctex1d4-201ENSMUST00000062206 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Pdgfa-203ENSMUST00000110896 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Ubp1-206ENSMUST00000216558 1623 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Ilvbl-204ENSMUST00000218271 1606 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Pak1ip1-201ENSMUST00000046951 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Snx17-201ENSMUST00000031029 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Rbck1-201ENSMUST00000028964 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Hspa1b-201ENSMUST00000172753 2803 ntAPPRIS P1 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Crocc-203ENSMUST00000102491 6582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Shroom3-201ENSMUST00000113051 6435 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Casp2-201ENSMUST00000031895 3529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Btbd1-201ENSMUST00000026093 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Anapc7-203ENSMUST00000122010 2950 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Gbe1-203ENSMUST00000163832 2984 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Snx8-201ENSMUST00000031539 2627 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
Trim58Q5NCC9 Camk2d-221ENSMUST00000171289 2217 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Tpm2-201ENSMUST00000030184 2175 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Zfp13-202ENSMUST00000115516 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Dmrtb1-201ENSMUST00000069271 1861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 B4galt2-203ENSMUST00000106421 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Tsc22d2-203ENSMUST00000199164 4659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Fmnl3-202ENSMUST00000088233 4423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Mtcl1-201ENSMUST00000086693 7221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Cklf-208ENSMUST00000212433 1304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Gm16181-201ENSMUST00000118793 567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Gm11729-201ENSMUST00000124901 713 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Cdpf1-204ENSMUST00000144067 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Gm27742-201ENSMUST00000184667 60 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Icam4-202ENSMUST00000215077 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Hist1h2af-201ENSMUST00000073261 399 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Arhgef2-202ENSMUST00000107510 4390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Arhgef10l-203ENSMUST00000097820 4382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Tmem170-201ENSMUST00000034431 3878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Hist3h2a-201ENSMUST00000108817 2146 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Tcf3-203ENSMUST00000105339 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Fam133b-205ENSMUST00000197082 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Slc25a11-201ENSMUST00000014750 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Lgr6-202ENSMUST00000137968 2820 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Igfbp1-201ENSMUST00000020704 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Bcam-201ENSMUST00000003061 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Rnf14-203ENSMUST00000171461 3351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Sap18-202ENSMUST00000111268 662 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Sec61g-206ENSMUST00000166950 754 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Sec61g-207ENSMUST00000178855 779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 1700022H01Rik-201ENSMUST00000219142 387 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 3830406C13Rik-207ENSMUST00000223927 1010 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Romo1-201ENSMUST00000088610 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Sh3glb1-202ENSMUST00000198254 5945 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 She-201ENSMUST00000050401 5733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Slc8a3-202ENSMUST00000085238 4927 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Cnot10-206ENSMUST00000216785 1723 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Mycbp-201ENSMUST00000030400 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Pla2g2c-201ENSMUST00000030530 1618 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Snn-201ENSMUST00000089011 2902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Mau2-204ENSMUST00000212308 2887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Tmem184b-201ENSMUST00000074991 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Zfp740-202ENSMUST00000119168 3932 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Gm16759-204ENSMUST00000191455 4272 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Cachd1-202ENSMUST00000097955 4277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Arfgap2-202ENSMUST00000080008 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 1810041L15Rik-203ENSMUST00000189248 5296 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Nectin3-202ENSMUST00000023335 9116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Fgf11-202ENSMUST00000102585 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Rab34-201ENSMUST00000002128 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Khdc1c-201ENSMUST00000070223 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Tm9sf1-204ENSMUST00000121937 2398 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Rps6kl1-201ENSMUST00000019379 2304 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Klk12-202ENSMUST00000107970 1115 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Gm16272-201ENSMUST00000128218 388 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Gm25406-201ENSMUST00000157599 105 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 1700001G17Rik-201ENSMUST00000191779 889 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
Trim58Q5NCC9 Vegfc-203ENSMUST00000210831 555 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.3 ms