Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 6430573P05Rik-202ENSMUST00000192648 597 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Tdrkh-208ENSMUST00000200486 1231 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Pts-206ENSMUST00000214873 511 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Magohb-201ENSMUST00000032307 767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Ptprcap-201ENSMUST00000061086 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Gm8189-202ENSMUST00000211035 2039 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Slc9a6-202ENSMUST00000114784 4449 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxl21-203ENSMUST00000121871 1963 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Nrxn1-216ENSMUST00000174331 6282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Hnrnpa1-202ENSMUST00000087351 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Stradb-201ENSMUST00000027185 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Hivep3-201ENSMUST00000084306 2973 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Jade2-201ENSMUST00000020655 6273 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Eml2-201ENSMUST00000048502 2275 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Krt28-201ENSMUST00000006963 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Ebf1-203ENSMUST00000109268 2864 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Cadps2-201ENSMUST00000018122 4723 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Znfx1-201ENSMUST00000048988 7218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Plcl1-201ENSMUST00000042986 6580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Susd1-201ENSMUST00000040166 3295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Sppl3-201ENSMUST00000031530 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxl19-204ENSMUST00000188580 2601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Pld2-201ENSMUST00000018429 3659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Ero1lb-203ENSMUST00000221560 1964 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Tgfb1i1-205ENSMUST00000165667 1812 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Lrig2-207ENSMUST00000199070 5991 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Rhoc-202ENSMUST00000106787 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Olfr1564-201ENSMUST00000112162 1091 ntAPPRIS P2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Ascl2-202ENSMUST00000121862 814 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Plpp7-202ENSMUST00000140762 634 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem208-201ENSMUST00000015000 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf170-208ENSMUST00000153528 1026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Mtus2-201ENSMUST00000071878 1211 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Methig1-201ENSMUST00000075675 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Stum-201ENSMUST00000136521 6506 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Fhdc1-205ENSMUST00000194027 1648 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Bud23-201ENSMUST00000071677 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Fiz1-201ENSMUST00000077385 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Mgat1-201ENSMUST00000081794 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Ano8-204ENSMUST00000213382 3785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Dnase2a-202ENSMUST00000109744 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26795-201ENSMUST00000180993 1952 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Cyp2w1-201ENSMUST00000031521 1512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Stxbp6-201ENSMUST00000053768 4553 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Klhdc10-201ENSMUST00000068240 3951 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2e1-201ENSMUST00000022296 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Aqp1-201ENSMUST00000004774 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Hsd3b2-201ENSMUST00000107021 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Ch25h-201ENSMUST00000050562 1350 ntAPPRIS P1 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Psip1-201ENSMUST00000030207 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Mff-211ENSMUST00000161648 1715 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Klhdc4-201ENSMUST00000045884 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Sdf4-203ENSMUST00000105578 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Vamp4-203ENSMUST00000132158 2752 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Mettl21a-202ENSMUST00000114079 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Prodh-201ENSMUST00000003620 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Tpt1-201ENSMUST00000110894 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 H2-Bl-201ENSMUST00000173080 1138 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Gm25745-201ENSMUST00000174945 133 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 H2-Bl-204ENSMUST00000184502 862 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Gm8000-201ENSMUST00000188378 592 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Ten1-201ENSMUST00000021130 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Pdcd6-201ENSMUST00000022060 1131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Cda-201ENSMUST00000030535 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Ccdc3Q9D6Y1 Sh2b1-202ENSMUST00000205340 3366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Cfap206-201ENSMUST00000029971 2246 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Sphk1-206ENSMUST00000106388 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Gnb3-201ENSMUST00000024206 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Nr3c2-203ENSMUST00000109912 5675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Slc25a20-201ENSMUST00000035222 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Zbtb7c-201ENSMUST00000058997 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Arpc1b-211ENSMUST00000196111 1394 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Snupn-201ENSMUST00000068856 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Miga1-205ENSMUST00000199397 2842 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Ykt6-201ENSMUST00000002818 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Sbk2-202ENSMUST00000182214 2236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Nipsnap1-201ENSMUST00000038570 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Wdr26-207ENSMUST00000162819 6619 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Ret-202ENSMUST00000088790 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Enah-202ENSMUST00000111024 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 A230065H16Rik-201ENSMUST00000150384 670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Ccl27a-217ENSMUST00000155240 343 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Gm5364-201ENSMUST00000216789 889 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Rbfox2-207ENSMUST00000227533 1041 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Apopt1-201ENSMUST00000040519 1065 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Sf3b6-201ENSMUST00000046207 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 AC115863.1-201ENSMUST00000214815 1813 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Gramd4-204ENSMUST00000138134 4292 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Zdhhc2-201ENSMUST00000049389 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Gm14317-201ENSMUST00000151754 1464 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Dnajb14-201ENSMUST00000090178 9477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Gm32996-201ENSMUST00000199828 1447 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxo9-202ENSMUST00000085311 2155 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Ptn-201ENSMUST00000101534 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Acap3-201ENSMUST00000079031 4301 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 A830073O21Rik-202ENSMUST00000205693 3096 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Il3ra-203ENSMUST00000224163 2315 ntAPPRIS P2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Krt23-201ENSMUST00000006969 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Inpp5e-202ENSMUST00000114090 2790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Nipal3-201ENSMUST00000102549 5153 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.1 ms