Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Rasgrp2-201ENSMUST00000035716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Mfsd4b1-201ENSMUST00000163705 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Gpr137b-201ENSMUST00000021738 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Abhd5-204ENSMUST00000156520 3157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Slc35f2-201ENSMUST00000048670 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 A930003O13Rik-203ENSMUST00000199056 1955 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Tnfsf14-201ENSMUST00000005976 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Gm9889-202ENSMUST00000206983 1577 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Gm16976-202ENSMUST00000127408 1515 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Gm26718-201ENSMUST00000181048 1378 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Ms4a6d-202ENSMUST00000125291 679 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 1810062O18Rik-203ENSMUST00000129237 647 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 2210408F21Rik-210ENSMUST00000151076 539 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Gm15598-201ENSMUST00000156965 763 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Psma6-204ENSMUST00000163070 787 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Gm27321-201ENSMUST00000185021 205 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 H2-Bl-209ENSMUST00000194244 862 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 H2-K1-202ENSMUST00000087189 579 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Ngly1-201ENSMUST00000022310 2935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Gdpd5-201ENSMUST00000037528 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Fbxl19-204ENSMUST00000188580 2601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Slc16a7-205ENSMUST00000210780 2562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Sox14-201ENSMUST00000054819 2065 ntAPPRIS P1 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Mid1ip1-201ENSMUST00000008179 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Alcam-201ENSMUST00000023312 6036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Fam3a-206ENSMUST00000114143 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Isl2-201ENSMUST00000034869 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Wdr41-205ENSMUST00000160801 3062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Wdr41-201ENSMUST00000056512 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 F830208F22Rik-202ENSMUST00000143732 2891 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Sik3-204ENSMUST00000126865 6287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Rab27b-202ENSMUST00000117692 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Sema6c-214ENSMUST00000202315 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Cadps2-212ENSMUST00000163871 4969 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Mbp-201ENSMUST00000047865 2492 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Pqlc2-205ENSMUST00000172747 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Dohh-201ENSMUST00000072751 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Col6a1Q04857 Kcnq2-201ENSMUST00000016491 3067 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Naa10-203ENSMUST00000114387 979 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Nup188-205ENSMUST00000138666 534 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Gm44945-201ENSMUST00000206764 1187 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Batf-201ENSMUST00000040536 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Lhb-201ENSMUST00000072453 678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 2610301B20Rik-201ENSMUST00000080517 2116 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Slc29a1-202ENSMUST00000064889 1988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Hbs1l-203ENSMUST00000092674 2625 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Gas6-201ENSMUST00000033828 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Mepce-201ENSMUST00000031740 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Pex5-202ENSMUST00000080557 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Lrp5-201ENSMUST00000025856 5161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Map4k5-201ENSMUST00000049239 4452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Pld2-203ENSMUST00000108557 3655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Gm36447-201ENSMUST00000201101 1978 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Rbm12b1-202ENSMUST00000069128 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Eda-203ENSMUST00000113776 5105 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 4930455H04Rik-201ENSMUST00000117592 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Gm11873-201ENSMUST00000117877 1304 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Dio1-202ENSMUST00000106748 396 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Gm13216-201ENSMUST00000117145 591 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Oip5-202ENSMUST00000123818 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Arpp19-210ENSMUST00000170308 429 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 D030044L04Rik-201ENSMUST00000204220 1291 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Tspan18-201ENSMUST00000028646 1203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Gm9949-201ENSMUST00000067743 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Chchd2-201ENSMUST00000094280 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Rab11fip5-202ENSMUST00000204087 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Cend1-201ENSMUST00000084436 1672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 A830073O21Rik-202ENSMUST00000205693 3096 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Apbb1-205ENSMUST00000187057 1630 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Gm26803-201ENSMUST00000181705 2011 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Stambpl1-201ENSMUST00000054956 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Abcd4-201ENSMUST00000021666 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Scamp3-203ENSMUST00000120697 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Dnal4-201ENSMUST00000023055 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Borcs5-201ENSMUST00000062755 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Gm26774-201ENSMUST00000181534 2401 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Mettl21a-202ENSMUST00000114079 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Mir6956-201ENSMUST00000183598 62 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Gm37171-201ENSMUST00000192636 1185 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Gm38708-201ENSMUST00000203855 677 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Stum-205ENSMUST00000211561 1063 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Gm9172-201ENSMUST00000212092 954 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Aga-201ENSMUST00000033920 1181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Aqp12-201ENSMUST00000059676 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 9430038I01Rik-201ENSMUST00000068996 1126 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Crb3-201ENSMUST00000071826 1194 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Zic3-202ENSMUST00000088629 1951 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Rhot1-201ENSMUST00000017831 3029 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Igf2-205ENSMUST00000121128 4722 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Gatc-201ENSMUST00000139167 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Pdgfa-202ENSMUST00000076095 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Cacna2d2-203ENSMUST00000164988 5542 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Atp8b1-201ENSMUST00000025482 6440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Tmprss5-201ENSMUST00000070390 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Cope-201ENSMUST00000066469 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Sh2b1-202ENSMUST00000205340 3366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Lrrc45-201ENSMUST00000026139 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Ptges2-201ENSMUST00000028162 4978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Asphd1-202ENSMUST00000106339 518 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Col6a1Q04857 Caly-202ENSMUST00000166758 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.7 ms