Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 SNORD118-201ENST00000363593 134 ntBASIC0.41□□□□□ -2.34
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-260P-201ENST00000384092 107 ntBASIC0.41□□□□□ -2.34
HERPUD2Q9BSE4 MIR652-201ENST00000385278 98 ntBASIC0.41□□□□□ -2.34
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-863P-201ENST00000515989 104 ntBASIC0.41□□□□□ -2.34
HERPUD2Q9BSE4 RNA5SP134-201ENST00000516492 96 ntBASIC0.4□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 MIR4460-201ENST00000577862 86 ntBASIC0.4□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 MIR6509-201ENST00000614603 85 ntBASIC0.4□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 AC069503.3-201ENST00000618674 145 ntBASIC0.4□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 AC090617.8-201ENST00000623339 167 ntBASIC0.4□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 U6.111-201ENST00000636093 83 ntBASIC0.4□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-681P-201ENST00000364012 104 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 VTRNA1-3-201ENST00000365645 89 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 SNORA2A-201ENST00000383885 135 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 SNORA49-201ENST00000386157 136 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 MIR548E-201ENST00000408287 88 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 AC006210.1-201ENST00000424882 111 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 AL691482.2-201ENST00000457453 84 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 snoU13.13-201ENST00000458842 104 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 RNA5SP227-201ENST00000516184 113 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-752P-201ENST00000516376 102 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 MIR6739-201ENST00000622461 75 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 SNORD44.1-201ENST00000363202 61 ntBASIC0.38□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-800P-201ENST00000384473 103 ntBASIC0.38□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-663P-201ENST00000391105 106 ntBASIC0.38□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 AC010487.4-201ENST00000637027 61 ntBASIC0.38□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 AC073869.9-201ENST00000641610 120 ntBASIC0.38□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-1327P-201ENST00000365302 105 ntBASIC0.37□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 MIR154-201ENST00000385243 84 ntBASIC0.37□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-380P-201ENST00000410207 107 ntBASIC0.37□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 RNU7-74P-201ENST00000459104 62 ntBASIC0.37□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-274P-201ENST00000459566 107 ntBASIC0.37□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 RNA5SP147-201ENST00000516493 109 ntBASIC0.37□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-175P-201ENST00000516896 107 ntBASIC0.37□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 MIR103A1-201ENST00000362165 78 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 SNORA2.1-201ENST00000363089 137 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-645P-201ENST00000364649 106 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-590P-201ENST00000365039 107 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 Y_RNA.443-201ENST00000384135 111 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-649P-201ENST00000384463 107 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 MIR216B-201ENST00000390186 82 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 MIR501-201ENST00000390204 84 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 SNORD110-201ENST00000408189 75 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 MIR548AG1-201ENST00000579932 66 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 MIR4473-201ENST00000583731 91 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 MIR3925-201ENST00000584674 77 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-1216P-201ENST00000362590 107 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 Y_RNA.125-201ENST00000363371 111 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-471P-201ENST00000383944 106 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 MIR9-2-201ENST00000384838 87 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-337P-201ENST00000391243 106 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-630P-201ENST00000391258 106 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 SNORD30.1-201ENST00000391309 70 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 MIR548L-201ENST00000408303 86 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 SCARNA17.3-201ENST00000516381 125 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 CEP290-203ENST00000547691 5968 ntTSL 1 (best) BASIC0.35□□□□□ -2.35
HERPUD2Q9BSE4 Y_RNA.205-201ENST00000364128 113 ntBASIC0.34□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 SNORA33.1-201ENST00000364957 130 ntBASIC0.34□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 Y_RNA.375-201ENST00000365625 101 ntBASIC0.34□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 MIR193B-201ENST00000384907 83 ntBASIC0.34□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 MIR548H2-201ENST00000408874 88 ntBASIC0.34□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 MIR4677-201ENST00000584153 80 ntBASIC0.34□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 MIR8053-201ENST00000613344 75 ntBASIC0.34□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 RN7SL660P-201ENST00000614852 299 ntBASIC0.34□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 UBL4A-207ENST00000630530 102 ntTSL 5 BASIC0.34□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 RNA5SP62-201ENST00000363457 110 ntBASIC0.33□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 Y_RNA.407-201ENST00000383986 113 ntBASIC0.33□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 MIR7-2-201ENST00000384970 110 ntBASIC0.33□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-871P-201ENST00000516122 100 ntBASIC0.33□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 MIR548AD-201ENST00000584780 82 ntBASIC0.33□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 U2.7-201ENST00000619197 100 ntBASIC0.33□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 Y_RNA.423-201ENST00000384057 113 ntBASIC0.32□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 MIR521-2-201ENST00000384818 87 ntBASIC0.32□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 MIR516B1-201ENST00000385211 90 ntBASIC0.32□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 AC110620.1-201ENST00000416042 228 ntBASIC0.32□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 MIR5706-201ENST00000579841 80 ntBASIC0.32□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 SNORA25.4-201ENST00000363666 124 ntBASIC0.31□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 RNU7-174P-201ENST00000516248 59 ntBASIC0.31□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 MIR4511-201ENST00000582784 87 ntBASIC0.31□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 U4.4-201ENST00000620626 117 ntBASIC0.31□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 TRAJ9-201ENST00000390528 61 ntAPPRIS P1 BASIC0.3□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 SNORA75.1-201ENST00000391130 148 ntBASIC0.3□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-1089P-201ENST00000516473 104 ntBASIC0.3□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 RNU7-188P-201ENST00000517063 64 ntBASIC0.3□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 MIR499B-201ENST00000636498 73 ntBASIC0.3□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 Y_RNA.340-201ENST00000365330 92 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-815P-201ENST00000384080 113 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-1246P-201ENST00000391064 107 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 MIR876-201ENST00000401147 81 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 AC108740.1-201ENST00000498629 225 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-848P-201ENST00000515948 107 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-617P-201ENST00000516147 107 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-473P-201ENST00000516164 107 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-1049P-201ENST00000516414 107 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 MIR1273G-201ENST00000577677 100 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 uc_338.10-201ENST00000621872 182 ntBASIC0.29□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-446P-201ENST00000362827 106 ntBASIC0.28□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 Y_RNA.250-201ENST00000364542 110 ntBASIC0.28□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 SNORA63.6-201ENST00000364921 119 ntBASIC0.28□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-669P-201ENST00000365575 107 ntBASIC0.28□□□□□ -2.36
HERPUD2Q9BSE4 RNU6-895P-201ENST00000384125 103 ntBASIC0.28□□□□□ -2.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 181.3 ms