Protein–RNA interactions for Protein: Q9QXK7

Cpsf3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, mousemouse

Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cpsf3Q9QXK7 Foxq1-201ENSMUST00000042118 4843 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Rps6kb2-201ENSMUST00000025749 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 A230072E10Rik-203ENSMUST00000175942 2940 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Slc27a4-201ENSMUST00000080065 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Npcd-202ENSMUST00000089299 1453 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Zfp367-202ENSMUST00000117241 2753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gm14066-201ENSMUST00000134801 2057 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 9530059O14Rik-202ENSMUST00000181682 2093 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Rhot2-201ENSMUST00000043897 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Mta1-201ENSMUST00000009099 2826 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Fnbp1-204ENSMUST00000100208 1859 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Sart3-201ENSMUST00000019118 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gm29629-201ENSMUST00000187926 386 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 4930448E22Rik-202ENSMUST00000215242 2102 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Ptprcap-201ENSMUST00000061086 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 B4galt7-201ENSMUST00000064701 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Manbal-201ENSMUST00000081202 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Pola2-202ENSMUST00000165143 2397 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Sf1-203ENSMUST00000113488 2282 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Carmil2-201ENSMUST00000062574 2526 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Plekhh3-206ENSMUST00000164474 3010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 9930021J03Rik-204ENSMUST00000177155 6632 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Zkscan3-202ENSMUST00000116433 1421 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Zfp446-202ENSMUST00000108535 2594 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Prlhr-201ENSMUST00000051277 1572 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Rbm3-206ENSMUST00000115621 1338 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Zrsr2-202ENSMUST00000112289 2735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Prdm12-201ENSMUST00000113470 2471 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Sphk1-206ENSMUST00000106388 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Yipf2-202ENSMUST00000078572 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Cadm3-201ENSMUST00000005470 2518 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Mms22l-202ENSMUST00000108222 4478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Bpifb5-201ENSMUST00000045959 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 B4galnt4-201ENSMUST00000048002 3556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gda-201ENSMUST00000087600 5428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gtf3c4-204ENSMUST00000171404 7127 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Igfbp1-201ENSMUST00000020704 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Ebf1-203ENSMUST00000109268 2864 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Podnl1-201ENSMUST00000093380 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 4933405L10Rik-201ENSMUST00000013302 1214 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Cabp2-205ENSMUST00000162908 911 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Lrig2-207ENSMUST00000199070 5991 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gm6277-201ENSMUST00000180860 1839 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Mcfd2-201ENSMUST00000024963 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Bpifb3-202ENSMUST00000109760 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Mapk1ip1-203ENSMUST00000119664 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Hey2-201ENSMUST00000019924 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Wasf1-202ENSMUST00000105509 2719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Znfx1-201ENSMUST00000048988 7218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Ckb-201ENSMUST00000001304 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Hmga1b-201ENSMUST00000105046 1626 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Bnip2-201ENSMUST00000034754 2464 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Shh-201ENSMUST00000002708 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Mrps27-201ENSMUST00000052249 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Kif21a-205ENSMUST00000109288 6142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Tsacc-202ENSMUST00000107556 584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Traf2-202ENSMUST00000114234 2151 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Naa10-206ENSMUST00000114391 834 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gm17178-201ENSMUST00000163273 357 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Pnkp-202ENSMUST00000098478 1550 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Col17a1-201ENSMUST00000026045 5588 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Sucla2-203ENSMUST00000160507 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Zfp385b-202ENSMUST00000111829 2073 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Cmc2-205ENSMUST00000148235 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Mettl7a2-202ENSMUST00000176287 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Mettl7a2-201ENSMUST00000088142 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gmppa-202ENSMUST00000113584 1692 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Sptbn4-202ENSMUST00000108362 4861 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Mettl21a-201ENSMUST00000053469 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Slc25a11-201ENSMUST00000014750 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Acvr2a-201ENSMUST00000063886 5686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Glis1-201ENSMUST00000046005 2906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Pqlc2-205ENSMUST00000172747 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Adam33-201ENSMUST00000052104 2795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Rhoc-202ENSMUST00000106787 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Btn1a1-202ENSMUST00000110434 1077 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gm4459-201ENSMUST00000118750 468 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gm11767-201ENSMUST00000129379 493 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gm12497-201ENSMUST00000138778 237 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gm17112-201ENSMUST00000163194 432 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gm44357-201ENSMUST00000195897 142 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gm19658-201ENSMUST00000196231 138 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gm44367-201ENSMUST00000196836 138 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gm44350-201ENSMUST00000197197 138 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gm44390-201ENSMUST00000197533 144 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gm44313-201ENSMUST00000198018 138 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gm44486-201ENSMUST00000198508 138 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gm44314-201ENSMUST00000199263 138 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gm44394-201ENSMUST00000199558 138 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gm44484-201ENSMUST00000199873 138 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gm44466-201ENSMUST00000200264 138 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Gm44359-201ENSMUST00000200671 138 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Hmgb1-rs17-201ENSMUST00000210634 972 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 E130307A14Rik-213ENSMUST00000155482 2803 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Rbfox2-206ENSMUST00000227314 1810 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Taok3-202ENSMUST00000111975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Tjap1-214ENSMUST00000225413 2189 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Dtwd2-203ENSMUST00000163590 2857 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 Marveld1-201ENSMUST00000061111 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Cpsf3Q9QXK7 T-201ENSMUST00000074667 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 38.3 ms