Protein–RNA interactions for Protein: P28700

Rxra, Retinoic acid receptor RXR-alpha, mousemouse

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Length 467 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RxraP28700 Mark2-209ENSMUST00000165965 2874 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RxraP28700 Sgpp1-202ENSMUST00000220285 3200 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RxraP28700 Cep44-201ENSMUST00000040330 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RxraP28700 Bpnt1-202ENSMUST00000110965 1046 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RxraP28700 Gm11950-201ENSMUST00000121615 838 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
RxraP28700 AA414768-201ENSMUST00000121924 1257 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
RxraP28700 Oip5-202ENSMUST00000123818 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RxraP28700 Gm6345-202ENSMUST00000180900 204 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
RxraP28700 Cd70-201ENSMUST00000019633 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RxraP28700 Taar2-201ENSMUST00000079134 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RxraP28700 Grm4-201ENSMUST00000118161 4537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RxraP28700 Sf1-203ENSMUST00000113488 2282 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RxraP28700 Ttc13-203ENSMUST00000118134 3277 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RxraP28700 Slc39a7-201ENSMUST00000025186 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RxraP28700 Bud23-202ENSMUST00000085984 1516 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RxraP28700 Irf2bpl-201ENSMUST00000038422 4098 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RxraP28700 Mios-201ENSMUST00000040017 3710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RxraP28700 Wscd1-202ENSMUST00000108510 2956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
RxraP28700 Mettl21a-202ENSMUST00000114079 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RxraP28700 Tcf3-206ENSMUST00000105342 2928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RxraP28700 Pde8b-202ENSMUST00000067082 2598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
RxraP28700 Xrcc1-205ENSMUST00000205573 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RxraP28700 Zfp995-205ENSMUST00000190066 2221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
RxraP28700 Derl3-201ENSMUST00000009236 1321 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RxraP28700 Dcaf17-203ENSMUST00000112159 2490 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RxraP28700 Ginm1-201ENSMUST00000039763 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RxraP28700 Gm15295-201ENSMUST00000139874 488 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
RxraP28700 Ctsg-201ENSMUST00000015583 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RxraP28700 Cnn1-203ENSMUST00000214601 1225 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RxraP28700 Fars2-201ENSMUST00000021857 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RxraP28700 Dmgdh-201ENSMUST00000048001 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RxraP28700 Rpl21-202ENSMUST00000075453 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RxraP28700 St8sia1-201ENSMUST00000032421 8991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RxraP28700 Pgap2-203ENSMUST00000120119 1979 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RxraP28700 Pacs1-201ENSMUST00000025786 4339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RxraP28700 Renbp-202ENSMUST00000116578 1418 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RxraP28700 Sh3glb1-205ENSMUST00000199854 1416 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
RxraP28700 Trim54-202ENSMUST00000202769 1408 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
RxraP28700 Snrpd2-201ENSMUST00000049294 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RxraP28700 Casq1-201ENSMUST00000003554 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RxraP28700 Pgm2l1-202ENSMUST00000084935 8834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RxraP28700 Dnah9-202ENSMUST00000108691 2671 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RxraP28700 Smim1-205ENSMUST00000131325 842 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
RxraP28700 Snhg4-201ENSMUST00000181664 1190 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RxraP28700 Rnf13-209ENSMUST00000199041 1062 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RxraP28700 1810010D01Rik-204ENSMUST00000208788 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RxraP28700 Gm45328-201ENSMUST00000210942 917 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
RxraP28700 Psma6-201ENSMUST00000021412 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RxraP28700 AC125350.1-201ENSMUST00000225115 903 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
RxraP28700 Fthl17f-201ENSMUST00000097029 847 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
RxraP28700 Slc35f1-201ENSMUST00000105473 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RxraP28700 Nlk-201ENSMUST00000142739 4444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RxraP28700 Nkx1-2-201ENSMUST00000054562 3264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RxraP28700 Disc1-206ENSMUST00000118942 2860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RxraP28700 Gm9889-202ENSMUST00000206983 1577 ntBASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Tubb4b-201ENSMUST00000043584 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Pnkp-202ENSMUST00000098478 1550 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 4933427J07Rik-201ENSMUST00000156275 1533 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Trpc1-204ENSMUST00000189137 4559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Lhx8-205ENSMUST00000205251 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Taf5l-201ENSMUST00000093039 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Nrxn1-216ENSMUST00000174331 6282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Rab33b-201ENSMUST00000054387 3492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Chpf-202ENSMUST00000094818 3065 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Mier2-203ENSMUST00000165028 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Chga-201ENSMUST00000021610 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Sil1-201ENSMUST00000025215 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Olah-202ENSMUST00000115087 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
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RxraP28700 Gm17808-201ENSMUST00000200859 894 ntBASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 AC158538.1-201ENSMUST00000225870 294 ntBASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Odf3b-201ENSMUST00000049968 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 C1qbp-201ENSMUST00000078528 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Fam171a1-203ENSMUST00000091505 3449 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Rgl1-201ENSMUST00000027760 4572 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Mbd6-201ENSMUST00000026476 4165 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Cobl-203ENSMUST00000109651 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Phkg2-202ENSMUST00000121004 1840 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Calb2-201ENSMUST00000003754 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Cd164-201ENSMUST00000019962 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Clvs2-201ENSMUST00000019920 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Rd3-203ENSMUST00000181512 1760 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Sh3yl1-201ENSMUST00000020997 1750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Ankrd50-202ENSMUST00000120875 4945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Kif7-201ENSMUST00000059836 4521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RxraP28700 Mars-201ENSMUST00000037290 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RxraP28700 Kcnn1-208ENSMUST00000212611 2528 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RxraP28700 Coq8b-201ENSMUST00000003860 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RxraP28700 Emilin3-202ENSMUST00000109454 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
RxraP28700 Tfeb-204ENSMUST00000113288 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RxraP28700 Tmem50b-201ENSMUST00000023686 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RxraP28700 Ppp2r2a-204ENSMUST00000225380 1988 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
RxraP28700 Nxt1-202ENSMUST00000109961 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
RxraP28700 Hist1h2bj-201ENSMUST00000110452 463 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
RxraP28700 Hist1h2bp-202ENSMUST00000110473 621 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RxraP28700 Naa10-204ENSMUST00000114389 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RxraP28700 Lyzl4-202ENSMUST00000120918 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RxraP28700 Cdpf1-204ENSMUST00000144067 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
RxraP28700 E2f7-205ENSMUST00000173634 827 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
RxraP28700 Gm37280-201ENSMUST00000194583 375 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.8 ms