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| UPP1 | Q16831 | RNU6-922P-201 | ENST00000516753 | 99 nt | BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| UPP1 | Q16831 | MIR4762-201 | ENST00000585261 | 75 nt | BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
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| UPP1 | Q16831 | AC055733.2-201 | ENST00000504737 | 340 nt | TSL 2 BASIC | 1.17 | □□□□□ -2.22 | | |
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| UPP1 | Q16831 | RNU6-969P-201 | ENST00000383900 | 105 nt | BASIC | 1.16 | □□□□□ -2.22 | | |
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| UPP1 | Q16831 | RNU6-651P-201 | ENST00000411040 | 105 nt | BASIC | 1.16 | □□□□□ -2.22 | | |
| UPP1 | Q16831 | AL135923.1-201 | ENST00000413066 | 196 nt | TSL 3 BASIC | 1.16 | □□□□□ -2.22 | | |
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| UPP1 | Q16831 | FAM106DP-201 | ENST00000586416 | 501 nt | BASIC | 1.16 | □□□□□ -2.22 | | |
| UPP1 | Q16831 | MIR335-201 | ENST00000362173 | 94 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | RNU6-211P-201 | ENST00000384047 | 107 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | MIR150-201 | ENST00000385048 | 84 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | SNORD41-201 | ENST00000386967 | 70 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | MIR1298-201 | ENST00000408783 | 112 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | AC017015.2-201 | ENST00000497946 | 376 nt | TSL 2 BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | Y_RNA.714-201 | ENST00000517065 | 90 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | AC090049.2-201 | ENST00000550377 | 109 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | CYP3A52P-201 | ENST00000563326 | 91 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | AC012433.1-201 | ENST00000588916 | 398 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | KCNQ1OT1_5.1-201 | ENST00000621902 | 226 nt | BASIC | 1.15 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | LRRIQ1-202 | ENST00000393217 | 5394 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | MIR367-201 | ENST00000362299 | 68 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | SNORA2.2-201 | ENST00000365473 | 135 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | MIR222-201 | ENST00000384992 | 110 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | AL451046.2-201 | ENST00000403074 | 277 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | MTND3P2-201 | ENST00000438452 | 342 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | SNORD11-201 | ENST00000459124 | 84 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | snoU13.18-201 | ENST00000459483 | 104 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | MIR3664-201 | ENST00000579074 | 99 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | MIR2681-201 | ENST00000581814 | 105 nt | BASIC | 1.14 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | Y_RNA.54-201 | ENST00000362766 | 105 nt | BASIC | 1.13 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | SNORD14E-201 | ENST00000364009 | 85 nt | BASIC | 1.13 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | Y_RNA.288-201 | ENST00000364854 | 92 nt | BASIC | 1.13 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | RNU6-144P-201 | ENST00000383951 | 107 nt | BASIC | 1.13 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | Y_RNA.518-201 | ENST00000384552 | 113 nt | BASIC | 1.13 | □□□□□ -2.23 | | |
| UPP1 | Q16831 | MIR452-201 | ENST00000385020 | 85 nt | BASIC | 1.13 | □□□□□ -2.23 | | |