Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 G0s2-201ENSMUST00000009777 871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Olfr1214-201ENSMUST00000099804 936 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Nespas-203ENSMUST00000151472 2248 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm8131-201ENSMUST00000213783 1570 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Fntb-206ENSMUST00000137826 1442 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Fggy-202ENSMUST00000079223 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Cables2-201ENSMUST00000108891 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Chrna4-202ENSMUST00000108851 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Cd151-201ENSMUST00000058746 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm5184-201ENSMUST00000220417 1702 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm14285-201ENSMUST00000146049 380 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm12091-201ENSMUST00000146791 830 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Il11-202ENSMUST00000163481 990 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Erdr1-204ENSMUST00000179483 688 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm42722-201ENSMUST00000198855 940 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Ucn-201ENSMUST00000043475 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Uqcr10-201ENSMUST00000058407 434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Ccdc30-201ENSMUST00000044781 1464 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm16499-203ENSMUST00000204633 2177 ntBASIC21.83■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Pomgnt2-206ENSMUST00000216669 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Chchd7-207ENSMUST00000121210 548 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Gm5149-201ENSMUST00000199768 620 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Timm9-206ENSMUST00000221367 836 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Hdhd3-201ENSMUST00000037820 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Igsf8-201ENSMUST00000039506 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Sigirr-206ENSMUST00000210167 1897 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Dact2-201ENSMUST00000053218 2808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Sec11a-202ENSMUST00000117383 1094 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Sec11a-203ENSMUST00000119980 903 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Gm26839-201ENSMUST00000180686 842 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Gm18827-201ENSMUST00000188341 790 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Pdlim7-203ENSMUST00000069968 1006 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Lenep-201ENSMUST00000057431 1806 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Ldhal6b-201ENSMUST00000189788 1445 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Mdm1-208ENSMUST00000219087 1318 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 AC025913.2-201ENSMUST00000220136 1766 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Ddx39-201ENSMUST00000019576 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Dio3-202ENSMUST00000173014 2030 ntAPPRIS P1 BASIC21.81■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Gm29667-201ENSMUST00000190817 490 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Gm9908-201ENSMUST00000211534 448 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Mrpl36-201ENSMUST00000022098 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Dvl3-204ENSMUST00000171774 2319 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Sumf1-201ENSMUST00000032191 2593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Gm6263-201ENSMUST00000120029 1342 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Tulp2-205ENSMUST00000107762 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Napa-201ENSMUST00000006181 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Bola2-202ENSMUST00000106369 642 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Gm27533-201ENSMUST00000183800 152 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Hsd17b14-205ENSMUST00000210300 797 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 1700128F08Rik-202ENSMUST00000213708 717 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 1700001O22Rik-201ENSMUST00000050003 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Aurkc-204ENSMUST00000208049 1401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Asic1-205ENSMUST00000228185 1818 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Smarcd2-201ENSMUST00000021052 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Gm20708-201ENSMUST00000132298 1780 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Six3-203ENSMUST00000176081 3680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Defb30-203ENSMUST00000111208 503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Defb30-204ENSMUST00000111209 721 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Kctd10-201ENSMUST00000001125 1026 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Tnfrsf12a-202ENSMUST00000167059 858 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Isca2-201ENSMUST00000021667 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Tnfrsf12a-201ENSMUST00000024698 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Hmga1-201ENSMUST00000114888 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Ttc39a-201ENSMUST00000064129 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Sorbs1-225ENSMUST00000226047 2582 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Mfge8-201ENSMUST00000032825 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Tmem123-201ENSMUST00000052865 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Rnf122-205ENSMUST00000217278 1726 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Luc7l-203ENSMUST00000119928 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Ube2e1-201ENSMUST00000022296 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Pla2g2e-202ENSMUST00000105803 381 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 2810408I11Rik-202ENSMUST00000150749 711 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Gm13568-201ENSMUST00000156099 446 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Gm36979-201ENSMUST00000193616 539 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Gm37267-201ENSMUST00000194222 681 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Gm19710-202ENSMUST00000200320 493 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Spata33-205ENSMUST00000212523 486 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Papola-212ENSMUST00000168186 2436 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Aldh1a3-203ENSMUST00000174209 1496 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Rnf25-201ENSMUST00000027357 1479 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Ube2w-201ENSMUST00000117146 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Rasgrp2-224ENSMUST00000167240 2192 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Gale-201ENSMUST00000102540 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Klhl33-202ENSMUST00000170855 1422 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Klrg1-201ENSMUST00000032207 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Olfr55-201ENSMUST00000112168 948 ntAPPRIS P1 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 E130201H02Rik-201ENSMUST00000123576 851 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Gm10535-201ENSMUST00000182275 915 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Gm4129-201ENSMUST00000220083 625 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Clec4g-202ENSMUST00000062037 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Olfr1272-201ENSMUST00000099750 927 ntAPPRIS P1 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Slc23a4-205ENSMUST00000201355 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Ttc9c-201ENSMUST00000088092 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Rxrb-201ENSMUST00000044858 2623 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Myl3-203ENSMUST00000136695 614 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Atad3aos-201ENSMUST00000067628 971 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Rhox9-201ENSMUST00000089062 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Mast4-202ENSMUST00000164111 2350 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 D030062O11Rik-201ENSMUST00000192660 2806 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
Scn4aQ9ER60 Atat1-203ENSMUST00000077494 1340 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27 ms