Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Sirt6-201ENSMUST00000042923 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Mettl7a1-201ENSMUST00000067752 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10532-201ENSMUST00000181913 2301 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28265-201ENSMUST00000188201 2319 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Sfxn4-203ENSMUST00000135808 1309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Washc1-202ENSMUST00000116556 2887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18489-201ENSMUST00000172565 551 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43438-201ENSMUST00000198133 379 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gm19164-201ENSMUST00000210667 640 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Msantd1-204ENSMUST00000212362 798 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 2210406O10Rik-201ENSMUST00000044964 937 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Pnkp-202ENSMUST00000098478 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Ddn-201ENSMUST00000075444 3740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Nrbf2-201ENSMUST00000077839 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Dok1-201ENSMUST00000089651 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Bicdl1-201ENSMUST00000055408 3026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 A230072E10Rik-203ENSMUST00000175942 2940 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Cygb-201ENSMUST00000021166 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 AC119177.1-201ENSMUST00000227647 1332 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Terf1-201ENSMUST00000027057 1581 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 E430018J23Rik-201ENSMUST00000074249 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Evx1-202ENSMUST00000129243 1034 ntTSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 AC155714.1-201ENSMUST00000214033 956 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Tspan18-201ENSMUST00000028646 1203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Ykt6-201ENSMUST00000002818 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Pla2g16-203ENSMUST00000136756 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Vgf-204ENSMUST00000190827 2834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo45-201ENSMUST00000042732 4179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Rapgef1-201ENSMUST00000091146 6212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16867-201ENSMUST00000179116 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Eif5-201ENSMUST00000050993 1969 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Rmnd5b-201ENSMUST00000001081 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Bola3-202ENSMUST00000120040 583 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gssos1-201ENSMUST00000142509 716 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Znrf1-213ENSMUST00000174333 515 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Ints10-203ENSMUST00000110241 2322 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Taok3-202ENSMUST00000111975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Pard6g-201ENSMUST00000070219 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Klf14-201ENSMUST00000101589 3056 ntAPPRIS P1 BASIC25.95■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Wrb-201ENSMUST00000023913 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Snx16-201ENSMUST00000029047 2288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Cd2bp2-201ENSMUST00000035771 1309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Tead3-206ENSMUST00000156862 2573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Kctd10-201ENSMUST00000001125 1026 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Chchd6-202ENSMUST00000113550 1042 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Caly-202ENSMUST00000166758 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Chchd6-201ENSMUST00000032172 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Erp27-201ENSMUST00000032343 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14221-202ENSMUST00000209603 1437 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Was-201ENSMUST00000033505 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Dph5-204ENSMUST00000189799 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Nrip2-201ENSMUST00000001561 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Scrt1-202ENSMUST00000164703 3478 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Fuz-213ENSMUST00000209039 1453 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Parp6-201ENSMUST00000026267 2709 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Gm36972-201ENSMUST00000194000 676 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Nxnl2-201ENSMUST00000021828 1167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Chchd1-203ENSMUST00000224633 557 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Gchfr-201ENSMUST00000057454 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15500-202ENSMUST00000071641 1019 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Tmco1-204ENSMUST00000195015 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Fhl1-203ENSMUST00000114769 2770 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Glt28d2-201ENSMUST00000033643 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2h-202ENSMUST00000102993 4657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 9130401M01Rik-201ENSMUST00000100655 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Arfip1-203ENSMUST00000143514 1343 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufs7-202ENSMUST00000105364 983 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Fis1-202ENSMUST00000111094 948 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Zglp1-201ENSMUST00000115494 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Plpp2-205ENSMUST00000218241 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.93■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Ammecr1-201ENSMUST00000041317 5437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Cnppd1-208ENSMUST00000190679 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Rara-202ENSMUST00000107473 3238 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Trim39-203ENSMUST00000113706 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Raver2-201ENSMUST00000038463 4045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Stk3-201ENSMUST00000018476 2914 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Irf3-202ENSMUST00000107834 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Zfand5-201ENSMUST00000025659 2834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Tmsb4x-201ENSMUST00000112172 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Rasd2-201ENSMUST00000132133 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Fam241b-208ENSMUST00000142796 1135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Pabpn1l-202ENSMUST00000212966 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Pts-201ENSMUST00000034570 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h3c-201ENSMUST00000091752 630 ntAPPRIS P1 BASIC25.92■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Hist2h3b-201ENSMUST00000098843 488 ntAPPRIS P1 BASIC25.92■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Pkd2-201ENSMUST00000086831 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Denr-201ENSMUST00000023869 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Ppil1-201ENSMUST00000024802 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Gjb1-202ENSMUST00000119080 1513 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Psmd12-203ENSMUST00000106752 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Rhox7b-201ENSMUST00000115156 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Slc38a6-204ENSMUST00000126488 589 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Mymx-202ENSMUST00000169137 616 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Spr-201ENSMUST00000045986 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Rhox7a-201ENSMUST00000096454 983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Fam171a2-201ENSMUST00000049057 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Fam78b-205ENSMUST00000165874 4986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Fbrsl1-201ENSMUST00000056124 2700 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Dmkn-203ENSMUST00000085688 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Ccdc88bQ4QRL3 Rbpms-203ENSMUST00000053251 2466 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.4 ms