Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Slc12a5-201ENSMUST00000099092 6028 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lire1P11260 2610011E03Rik-201ENSMUST00000200128 2235 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Tbx20-202ENSMUST00000166018 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Ccna2-201ENSMUST00000029270 2965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Igsf23-201ENSMUST00000043440 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Chst5-201ENSMUST00000034430 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Gm7284-201ENSMUST00000131667 944 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Cdc34-202ENSMUST00000166603 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Tctex1d4-201ENSMUST00000062206 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Pym1-201ENSMUST00000065210 1156 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Cebpg-201ENSMUST00000070191 914 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Manbal-201ENSMUST00000081202 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Znhit1-202ENSMUST00000085941 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Ggn-202ENSMUST00000098609 2653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Rnf138-202ENSMUST00000072847 3002 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Chn1-209ENSMUST00000166199 3876 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Ttc39a-201ENSMUST00000064129 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Ptges3l-202ENSMUST00000103102 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Fam53a-201ENSMUST00000045329 2346 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Dpysl3-204ENSMUST00000121805 5484 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Mag-201ENSMUST00000040548 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Gm43272-201ENSMUST00000200599 1584 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Casp8ap2-201ENSMUST00000029950 6799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Faf1-201ENSMUST00000102724 4468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Gk-201ENSMUST00000026039 4340 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Scarf1-202ENSMUST00000118243 2617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Runx2-202ENSMUST00000113571 5898 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Lrrc32-203ENSMUST00000205956 4576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 1700024G13Rik-201ENSMUST00000100723 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Pabpc1l2b-ps-201ENSMUST00000124538 690 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Psmg4-201ENSMUST00000124996 474 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Gm13025-201ENSMUST00000141469 1163 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Surf1-201ENSMUST00000015934 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Gm4217-201ENSMUST00000182243 1002 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 AC154471.1-201ENSMUST00000224418 436 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Il17a-201ENSMUST00000027061 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Ube2t-201ENSMUST00000027687 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Krtap1-5-201ENSMUST00000054532 1041 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Mtnr1b-201ENSMUST00000057920 1095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Rad54l2-201ENSMUST00000046502 9305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Actn3-201ENSMUST00000006626 2880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Gm9774-202ENSMUST00000192538 1392 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Gm10489-201ENSMUST00000180511 1466 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Adgrb2-208ENSMUST00000121049 4871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Fbxl3-206ENSMUST00000145693 3352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Nipsnap3b-201ENSMUST00000015391 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Klhl42-201ENSMUST00000036003 6267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Golph3-201ENSMUST00000059680 2652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Rnf103-202ENSMUST00000114178 3431 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Klk7-201ENSMUST00000032955 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Cab39-202ENSMUST00000113360 3805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Dnm1-216ENSMUST00000201494 2732 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Zdhhc24-201ENSMUST00000006632 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Cdk17-201ENSMUST00000069965 3615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Mrap2-203ENSMUST00000179313 2039 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Nmnat3-203ENSMUST00000112938 848 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Gm27704-201ENSMUST00000185094 107 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Gm44973-201ENSMUST00000207050 1003 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Gm7791-201ENSMUST00000219066 539 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 1700022H01Rik-201ENSMUST00000219142 387 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Dctn3-201ENSMUST00000030158 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Was-201ENSMUST00000033505 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Nthl1-201ENSMUST00000047611 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Lrig3-201ENSMUST00000074807 4016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Itga6-201ENSMUST00000028522 4310 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Gm11748-201ENSMUST00000153825 1498 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Las1l-201ENSMUST00000079987 2530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Arf3-201ENSMUST00000053183 3579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Dmap1-201ENSMUST00000102687 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Matr3-214ENSMUST00000190029 2845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Slc25a29-201ENSMUST00000021693 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Traf5-201ENSMUST00000085573 1964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Gm16401-202ENSMUST00000197463 2074 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Glg1-204ENSMUST00000169020 7021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Tmem2-201ENSMUST00000025663 6585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Sppl2b-201ENSMUST00000035597 2869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Gm6093-201ENSMUST00000221792 1623 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Mrpl9-201ENSMUST00000029786 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Fam151a-201ENSMUST00000047620 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Ift74-201ENSMUST00000030311 2139 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 P2rx4-201ENSMUST00000031429 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Pgbd5-201ENSMUST00000052580 2824 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Col7a1-202ENSMUST00000112070 9250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Kbtbd2-201ENSMUST00000114321 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Anks1-203ENSMUST00000114842 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Hmga1-204ENSMUST00000118570 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Zscan25-201ENSMUST00000094116 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Tgds-201ENSMUST00000022727 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Sirt7-202ENSMUST00000106183 427 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Gm14464-201ENSMUST00000119658 1254 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Pdxk-ps-203ENSMUST00000183934 680 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 4933406B15Rik-201ENSMUST00000220065 1182 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Il3ra-202ENSMUST00000223589 738 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 D17Wsu92e-202ENSMUST00000114859 3522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Alx4-201ENSMUST00000042078 5253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Mipep-201ENSMUST00000063562 3015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Axin1-202ENSMUST00000118904 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Pak2-201ENSMUST00000023467 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Cmip-202ENSMUST00000166750 2408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lire1P11260 Cables1-202ENSMUST00000171109 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24 ms