Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 RNU6-1115P-201ENST00000362490 106 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 U8.1-201ENST00000362843 134 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 Y_RNA.123-201ENST00000363338 102 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 Y_RNA.148-201ENST00000363557 117 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU4-76P-201ENST00000364509 141 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 Y_RNA.326-201ENST00000365176 113 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU5E-7P-201ENST00000365290 117 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 SNORA22B-201ENST00000383876 138 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 Y_RNA.384-201ENST00000383909 102 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU6-1013P-201ENST00000384180 107 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU6-622P-201ENST00000384272 103 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 Y_RNA.480-201ENST00000384364 102 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 Y_RNA.482-201ENST00000384377 111 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU6-790P-201ENST00000384479 105 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AC244636.1-201ENST00000421152 228 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 FO680682.1-201ENST00000421261 345 ntTSL 3 BASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 LINC01870-201ENST00000427042 390 ntTSL 3 BASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AL354949.1-201ENST00000446438 170 ntTSL 2 BASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AC013470.1-201ENST00000453438 462 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AC079354.2-201ENST00000453523 154 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 SNORD5.1-201ENST00000458800 75 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU7-152P-201ENST00000458982 64 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RPL30P1-201ENST00000488676 339 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 HMGB1P30-201ENST00000492455 606 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 TMEM132D-AS1-202ENST00000510001 293 ntTSL 1 (best) BASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AC096721.1-201ENST00000513540 552 ntTSL 4 BASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU6-612P-201ENST00000516909 102 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU6-586P-201ENST00000517265 104 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AC100830.2-201ENST00000581636 240 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RPL30P11-203ENST00000598995 310 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AC073410.2-201ENST00000603240 332 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 MIR1244-1-201ENST00000612829 85 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AL773524.1-201ENST00000614065 229 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 MIR1244-3-201ENST00000635744 85 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 MIR1244-2-201ENST00000636449 85 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 MIR1244-4-202ENST00000636813 85 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 MIR6767-201ENST00000637302 66 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RBBP8P1-201ENST00000449447 1844 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU6-99P-201ENST00000364721 107 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU4-42P-201ENST00000364738 142 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 Y_RNA.393-201ENST00000383936 102 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU6-214P-201ENST00000384130 107 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 Y_RNA.460-201ENST00000384255 102 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 Y_RNA.463-201ENST00000384271 102 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 SNORA8-201ENST00000384574 139 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNA5SP465-201ENST00000391195 109 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AC008267.5-201ENST00000424928 265 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 LINC00459-201ENST00000431656 376 ntTSL 2 BASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AL589935.1-209ENST00000432050 418 ntTSL 5 BASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AC007969.2-201ENST00000441891 191 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AL137792.2-201ENST00000443484 235 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AC025918.1-201ENST00000452467 383 ntTSL 3 BASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 PCMTD1P1-201ENST00000455560 355 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 ELOCP24-201ENST00000456370 334 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 snoU13.6-201ENST00000458785 104 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 Y_RNA.639-201ENST00000458981 102 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 MTCO1P29-201ENST00000496868 288 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AC022493.2-201ENST00000506122 481 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AC097473.1-201ENST00000508142 408 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU6-1046P-201ENST00000516538 107 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AL022345.1-201ENST00000607292 135 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 SMAD5-AS1_4.1-201ENST00000615561 167 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AL450472.1-202ENST00000637286 180 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AC008781.2-201ENST00000502205 2480 ntTSL 1 (best) BASIC1.49□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AL161668.1-201ENST00000320322 358 ntTSL 1 (best) BASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 Y_RNA.11-201ENST00000362375 109 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNA5SP276-201ENST00000362580 94 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 SNORD32A-201ENST00000364805 84 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU6-128P-201ENST00000383976 107 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU6-1227P-201ENST00000383981 107 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU6-611P-201ENST00000384276 104 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNA5SP494-201ENST00000410653 129 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AC074117.2-201ENST00000417130 397 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 LINC01509-202ENST00000423523 408 ntTSL 3 BASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 LINC02336-201ENST00000434117 330 ntTSL 3 BASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RPL23AP6-201ENST00000446637 472 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 Y_RNA.653-201ENST00000459091 95 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AF186996.7-201ENST00000492781 209 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 HYDIN2-201ENST00000493714 554 ntTSL 4 BASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AC008243.1-201ENST00000504955 389 ntTSL 3 BASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AC111194.2-201ENST00000511222 455 ntTSL 5 BASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU6-377P-201ENST00000515965 102 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 SNORA31.16-201ENST00000516773 139 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 Y_RNA.708-201ENST00000516950 96 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 Y_RNA.711-201ENST00000516993 102 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 CR936218.1-201ENST00000570454 304 ntTSL 2 BASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 IST1-227ENST00000626438 126 ntTSL 5 BASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 AC095038.3-201ENST00000634439 195 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
SHHQ15465 XRCC4-202ENST00000338635 1579 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC1.47□□□□□ -2.17
SHHQ15465 HFM1-201ENST00000370425 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.47□□□□□ -2.17
SHHQ15465 PPP1R3A-201ENST00000284601 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.47□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU6-222P-201ENST00000362438 107 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU6-527P-201ENST00000363425 104 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
SHHQ15465 Y_RNA.197-201ENST00000364004 102 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU6-450P-201ENST00000364654 107 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU6-1032P-201ENST00000384100 107 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RNU6-1011P-201ENST00000384668 107 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
SHHQ15465 MIR544A-201ENST00000384855 91 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
SHHQ15465 Y_RNA.645-201ENST00000391229 102 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
SHHQ15465 RPS29P13-201ENST00000402041 169 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
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